PDB-6zf9: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zf9

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX with compound SSR4

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

CELL CYCLE / BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4 ISOFORM LONG / BRD4 / BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4 / CAP / HUNK1 / MCAP / MITOTIC CHROMOSOME ASSOCIATED PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Krojer, T. / Martinez-Cartro, M. / Picaud, S. / Filippakopoulos, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Barril, X. / von Delft, F. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX with compound SSR4
著者: Martinez-Cartro, M. / Barril, X.

履歴

登録	2020年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zf9.cif.gz	73.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zf9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zf9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zf9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mxfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5f62-d 4uyd-d 6yqz-d 6prt-d 3jvk-d 6uvj-d 6ps9-d 3u5l-d 4meo-d 5fbx-d 4meq-d 6uvm-d 6swq-d 4qb3-d 5hq5-d 6g0p-d 5lj1-d 4mr4-d 5ti6-d 3svf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.360, 44.130, 77.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-QHE / 3-ethyl-5-phenyl-[1,3]thiazolo[2,3-c][1,2,4]triazole 分子量: 229.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁N₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% w/v MMW PgSm, 100mM MES pH 6, 150 mM Ammonium nitrate, 5% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→77.79 Å / Num. obs: 39219 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / Num. unique obs: 1272 / CC_1/2: 0.961

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3MXF

3mxf

解像度: 1.2→38.895 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 0.809 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1485	1963	5.013 %
R_work	0.1235	37192	-
all	0.125	-	-
obs	-	39155	95.507 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.616 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.398 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.655 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.256 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→38.895 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1046	0	28	215	1289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.61	1.656	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.557	1.583	2406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.061	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.473	25.556	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.762	15	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.331	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	956
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.11	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.873	0.771	522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.872	0.771	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.172	1.161	656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.176	1.166	657
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.488	0.963	608
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.487	0.963	609
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.715	1.377	885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.714	1.377	886
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.945	11.197	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.939	11.137	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.318	3	2157

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.211	106	0.191	1876	0.192	2963	0.963	0.969	66.8917	0.174
1.231-1.265	0.18	123	0.132	2285	0.134	2906	0.972	0.98	82.863	0.118
1.265-1.301	0.142	116	0.105	2543	0.107	2832	0.977	0.982	93.8912	0.097
1.301-1.341	0.136	132	0.103	2531	0.105	2779	0.976	0.982	95.8258	0.096
1.341-1.385	0.14	147	0.096	2489	0.098	2679	0.979	0.985	98.3949	0.09
1.385-1.434	0.116	138	0.087	2426	0.089	2569	0.984	0.988	99.8054	0.081
1.434-1.488	0.129	123	0.089	2385	0.091	2510	0.982	0.988	99.9203	0.085
1.488-1.549	0.107	103	0.085	2299	0.086	2402	0.987	0.989	100	0.082
1.549-1.617	0.104	125	0.092	2190	0.093	2317	0.988	0.988	99.9137	0.092
1.617-1.696	0.123	106	0.094	2125	0.095	2232	0.983	0.986	99.9552	0.095
1.696-1.788	0.125	98	0.102	1993	0.103	2094	0.982	0.985	99.8567	0.107
1.788-1.896	0.137	102	0.105	1905	0.106	2009	0.979	0.985	99.9005	0.111
1.896-2.027	0.154	97	0.118	1795	0.119	1894	0.975	0.982	99.8944	0.129
2.027-2.188	0.138	70	0.112	1693	0.113	1765	0.983	0.985	99.8867	0.127
2.188-2.397	0.16	103	0.122	1531	0.124	1637	0.973	0.98	99.8167	0.14
2.397-2.678	0.168	65	0.138	1435	0.139	1503	0.973	0.977	99.8004	0.164
2.678-3.09	0.162	64	0.145	1254	0.145	1318	0.97	0.975	100	0.181
3.09-3.779	0.156	75	0.149	1063	0.15	1141	0.974	0.975	99.7371	0.189
3.779-5.319	0.163	44	0.159	856	0.16	902	0.974	0.975	99.7783	0.216
5.319-38.895	0.239	26	0.231	518	0.231	545	0.964	0.961	99.8165	0.312

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関連情報:EMDBヘッダ

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