PDB-6zf8: Keap1 kelch domain bound to a small molecule inhibitor of the Kea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zf8

タイトル

Keap1 kelch domain bound to a small molecule inhibitor of the Keap1-Nrf2 protein-protein interaction

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Keap1 / Nrf2 / Oxidative stress / Small molecule complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Narayanan, D. / Bach, A. / Gajhede, M.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Deconstructing Noncovalent Kelch-like ECH-Associated Protein 1 (Keap1) Inhibitors into Fragments to Reconstruct New Potent Compounds.
著者: Pallesen, J.S. / Narayanan, D. / Tran, K.T. / Solbak, S.M.O. / Marseglia, G. / Sorensen, L.M.E. / Hoj, L.J. / Munafo, F. / Carmona, R.M.C. / Garcia, A.D. / Desu, H.L. / Brambilla, R. / ...

履歴

登録	2020年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6zf8.ent.gz	146.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6zf8_validation.pdf.gz	819.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zf8_full_validation.pdf.gz	823.1 KB	表示
XML形式データ	6zf8_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	6zf8_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zf8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zewC 6zexC 6zeyC 6zezC 6zf0C 6zf1C 6zf2C 6zf3C 6zf4C 6zf5C 6zf6C 6zf7C 5fnuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zf2-d 5fnt-d 1zgk-d 6zf3-d 5who-1 7k2r-1 6zf6-d 4zy3-2 5wfv-2 7k2h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.350, 103.350, 55.019
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 分子量: 33362.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-QHZ / 1-[3-[2-hydroxy-2-oxoethyl-(3-methoxyphenyl)sulfonyl-amino]phenyl]-5-[(1~{S},2~{S})-2-phenylcyclopropyl]pyrazole-4-carboxylic acid 分子量: 547.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₅N₃O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 1.0 M Lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976253 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日 / 詳細: KB mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976253 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→44.75 Å / Num. obs: 65841 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.34 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06087 / R_pim(I) all: 0.01992 / R_rim(I) all: 0.06409 / Net I/σ(I): 24.17
反射シェル	解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.1476 / Mean I/σ(I) obs: 7.26 / Num. unique obs: 6254 / CC_1/2: 0.981 / R_pim(I) all: 0.0731 / R_rim(I) all: 0.1656 / % possible all: 94.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	v Mar 15, 2019	データ削減
XDS	v Mar 15, 2019	データスケーリング
PHASER	1.13-2998	位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FNU

5fnu

解像度: 1.75→44.75 Å / SU ML: 0.1294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.06 / 位相誤差: 17.3616 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1696	3150	4.78 %	Random
R_work	0.1457	62686	-	-
obs	0.1469	65836	99.37 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2229	0	105	190	2524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2388
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0303	3243
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0656	334
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4638	1343

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.78	0.2053	98	0.1516	2553	X-RAY DIFFRACTION	91.45
1.78-1.8	0.1991	160	0.1529	2586	X-RAY DIFFRACTION	96.76
1.8-1.83	0.1576	142	0.1445	2691	X-RAY DIFFRACTION	98.54
1.83-1.87	0.1751	130	0.1588	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.87-1.9	0.2149	124	0.157	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.9-1.94	0.2051	134	0.1406	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.94-1.98	0.1616	148	0.1452	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.98-2.02	0.1736	156	0.1417	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.07	0.1748	110	0.1348	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.12	0.1849	152	0.1481	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.1837	122	0.1365	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.1663	176	0.135	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.24-2.31	0.169	156	0.14	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.31-2.39	0.199	74	0.1489	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.49	0.1882	134	0.1517	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.6	0.1992	140	0.1589	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.6-2.74	0.2155	146	0.1614	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.91	0.162	142	0.1479	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.14	0.1928	104	0.1632	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.45	0.1662	192	0.1519	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.95	0.1629	117	0.1372	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.97	0.1167	145	0.1132	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.97-44.75	0.1706	148	0.1697	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.878715906451	-0.224852885807	0.528227636285	2.63321440809	0.673315099131	2.08970538931	-0.0858724262149	-0.0584659286686	0.128206409339	0.290982015104	0.0772071897767	-0.370709729014	-0.0274249341001	0.0633989933653	-0.0111914973581	0.213140115684	0.0107985867709	-0.0610992124093	0.183183535026	-0.0143030709655	0.276984637013	38.6641626331	26.9836321383	12.3431589974
2	1.84099907831	-0.296058554509	-0.514955067461	2.1707264795	0.784397812428	2.74830109931	0.0394759630659	-0.0694627176019	-0.0214319399642	0.0191642727241	0.219226671211	-0.392346928116	0.0429442204653	0.209245749704	-0.229186248212	0.169757230484	-0.000297650807089	-0.0151037725057	0.171490743711	-0.0349405129873	0.198560289625	33.7214806135	17.7770998927	6.17431182805
3	1.21678945708	0.0420846257678	0.666373258586	1.3103033501	0.12810598724	1.01345911705	0.00902281699841	-0.142425007785	-0.0147705817544	0.190426759319	0.0266081987675	-0.0599931543693	0.038378457384	-0.10478685495	-0.0443079791089	0.212392166679	0.0164658293006	0.00831654884376	0.17344899481	-0.00774907112258	0.152152506892	26.7291887817	18.3099509459	9.99536073076
4	1.65917893242	-0.290661774255	0.782305398773	2.06271957111	0.102247681302	1.65720903791	0.017526689225	-0.08288445338	-0.163702378408	0.0786500991071	0.0122137679126	0.0896598635176	0.0755287826698	-0.141106041875	-0.0161727011288	0.173382140406	0.000914283167712	0.0110276104171	0.141016608223	0.0086724145827	0.155419788721	21.0448573751	14.3900027503	3.11516981465
5	0.989937053997	0.263865226985	0.140662946672	1.60989649771	-0.427366238376	0.908753243274	0.0234855973647	0.0239125871118	-0.00781933598388	-0.210052742169	-0.0347222323837	0.100223017503	0.0515384033913	0.0232168727096	0.00571571657015	0.178486779423	0.0124529033638	0.000726456355757	0.171215322309	-0.00857459531272	0.154454275162	17.6422435981	25.7985061897	-5.32903798533
6	1.79459813822	0.319314480166	0.507794994484	2.13284950708	-0.15803328287	0.91239387443	0.0324188871563	0.0729506049701	0.206256445515	-0.179779976704	-0.00298871820817	-0.0833633540895	-0.0492389919916	0.00640920247085	-0.0394862692534	0.1965255267	0.0037070630984	0.0278203622564	0.172235363859	0.020128354074	0.168614910694	24.8116736641	37.9488907765	-5.76368660941
7	1.46137107969	-0.708655703789	-0.544298149084	1.75822991814	-0.325280351439	2.70082807149	-0.0526247256108	-0.078949552956	0.156472984168	0.238089521624	-0.0269301497137	-0.303730496016	-0.150155661039	0.0908771655268	0.0267423624531	0.19559922958	-0.012753656159	-0.0144371616633	0.181752630732	-0.018059645085	0.201700876759	33.5234366637	38.6407962927	3.4663909881
8	1.24453550474	-0.0944837355449	0.742979091608	1.43282177147	-0.674502157377	0.952923078214	0.013790160364	0.194459901106	0.21981759995	0.0371987466388	-0.117313174149	-0.578140556443	-0.0847526144941	0.112547765654	0.109360575368	0.193689467849	0.000815845298615	0.0109643799456	0.226781569344	0.0326207657054	0.289928549881	37.8758350583	39.3460100268	1.21808995607
9	0.867260191452	-0.653139260943	0.531935386979	2.01730834023	-0.00474124739024	0.447030024629	-0.0427213326498	-0.126838577704	0.219868558341	0.288809763592	0.0106320203474	-0.499274170538	-0.110601983594	0.114688590831	0.00527110391603	0.240667542896	-0.0147196332464	-0.0420912646169	0.225088288091	-0.0529340355001	0.305725492062	37.3315351232	34.9058239385	9.66861674045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 323 through 365 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 366 through 389 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 390 through 428 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 429 through 452 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 453 through 500 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 501 through 547 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 548 through 569 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 570 through 589 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 590 through 612 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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