PDB-6zdw: Crystal structure of the ribonuclease core of R3B2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zdw

タイトル

Crystal structure of the ribonuclease core of R3B2

要素

DRBM domain-containing protein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Ribonuclease III domain RNA processing

機能・相同性

Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / RNA binding / DRBM domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Mucor lusitanicus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Canovas-Marquez, J.T. / Garre, V. / Falk, S.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: An RNase III ribonuclease has evolved in early-diverging fungi to cut single-stranded RNA
著者: Canovas-Marquez, J.T. / Falk, S. / Nicolas, F.E. / Padmanabhan, S. / Zapata-Perez, R. / Sanchez-Ferrer, A. / Navarro, E. / Garre, V.

履歴

登録	2020年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zdw.cif.gz	233.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zdw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zdw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zdw_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zdw_full_validation.pdf.gz	431.3 KB	表示
XML形式データ	6zdw_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	6zdw_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zdw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6bru-3 6vxu-3 3ocj-d 3e2v-1 5usy-2 6cmm-3 6cnx-4 4tz7-d 1tyb-d 4o91-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: DRBM domain-containing protein

BBB: DRBM domain-containing protein

61.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Dimerization is supported by: Yeast-two hybrid and Gelfiltration in combinaion with Static Light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.910, 80.759, 83.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DRBM domain-containing protein 分子量: 30899.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mucor lusitanicus (菌類) / 遺伝子: MUCCIDRAFT_80729 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star pRARE / 参照: UniProt: A0A162MUP0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100 mM Hepes/NaOH pH 7.0, 200 mM L-proline and 12% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X10SA	1	1
シンクロトロン	SLS	X10SA	2	2

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M-F	1	PIXEL	2018年9月7日
DECTRIS PILATUS 6M-F	2	PIXEL	2018年9月7日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	2	1

反射

解像度: 1.65→37.95 Å / Num. obs: 62534 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 21.8

反射シェル

解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 9.1 % / Num. unique obs: 2937 / CC_1/2: 0.594 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	1.0.2	データ削減
AutoSol	1.17.1	位相決定
DIALS	1.0.2	data processing
Aimless	1.0.2	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.65→37.953 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.191 / WR_factor R_work: 0.165 / SU B: 4.679 / SU ML: 0.062 / Average fsc free: 0.9509 / Average fsc overall: 0.9062 / Average fsc work: 0.9048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1824	1917	3.07 %
R_work	0.1621	60536	-
all	0.163	-	-
obs	-	62453	99.725 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.541 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.397 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.376 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.978 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→37.953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2282	0	0	246	2528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.283	1.637	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.297	1.569	5102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.868	5	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.685	23.364	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.614	15	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.052	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	478
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	911
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.01	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.13	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.158	2.732	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.151	2.73	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.044	4.095	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.044	4.098	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.537	3.098	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.532	3.093	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.175	4.507	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.176	4.507	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.476	34.289	2757
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.357	33.866	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.22	3	4540

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work	Fsc free
1.65-1.693		0	0.28	4430	0.28	4551	0.81	97.3412	0.274
1.693-1.739		0	0.264	4463	0.264	4469	0.795	99.8657	0.248
1.739-1.789		0	0.247	4319	0.247	4320	0.804	99.9769	0.226
1.789-1.844		0	0.235	4211	0.235	4213	0.816	99.9525	0.211
1.844-1.905		0	0.221	4066	0.221	4068	0.846	99.9508	0.196
1.905-1.971	0.236	122	0.198	3835	0.199	3960	0.893	99.9242	0.173	0.888
1.971-2.046	0.184	170	0.179	3662	0.179	3832	0.926	100	0.157	0.93
2.046-2.129	0.2	187	0.164	3486	0.166	3673	0.942	100	0.145	0.935
2.129-2.223	0.156	160	0.149	3377	0.149	3537	0.957	100	0.135	0.956
2.223-2.331	0.181	168	0.148	3209	0.15	3377	0.963	100	0.135	0.955
2.331-2.457	0.175	164	0.138	3072	0.14	3236	0.967	100	0.132	0.96
2.457-2.605	0.179	172	0.142	2886	0.144	3058	0.965	100	0.138	0.951
2.605-2.784	0.184	148	0.151	2746	0.152	2894	0.966	100	0.151	0.957
2.784-3.006	0.186	126	0.149	2563	0.15	2689	0.97	100	0.153	0.959
3.006-3.291	0.178	129	0.149	2360	0.15	2489	0.973	100	0.159	0.966
3.291-3.676	0.145	111	0.15	2162	0.15	2273	0.979	100	0.165	0.974
3.676-4.238	0.155	106	0.141	1916	0.142	2022	0.982	100	0.162	0.979
4.238-5.174	0.171	44	0.14	1678	0.14	1722	0.983	100	0.168	0.975
5.174-7.25	0.293	79	0.206	1293	0.211	1372	0.964	100	0.241	0.947
7.25-37.953	0.187	31	0.195	803	0.195	835	0.971	99.8802	0.242	0.981

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8484	1.1904	-0.3522	3.5191	-0.1078	2.2775	0.0252	-0.0388	-0.0078	-0.0295	-0.0236	-0.3124	0.0007	0.1704	-0.0016	0.0066	0.0049	0.0094	0.0852	-0.0163	0.0434	48.3903	27.2773	54.2548
2	2.3954	1.3749	0.5834	4.956	0.7988	1.685	0.0807	-0.2061	0.0453	0.1549	-0.0726	0.2334	0.0821	-0.1485	-0.0081	0.0188	0.0009	0.0044	0.1297	0.0052	0.0127	25.5401	17.0043	56.5556

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	5 - 250
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	4 - 294

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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