PDB-6zda: Crystal structure of YTHDC1 M438A mutant complex with m6A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zda

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 M438A mutant complex with m6A

要素

YTHDC1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / m6A / complex / inhibitor

機能・相同性

N-methyladenosine

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Bedi, R.K. / Li, Y. / Caflisch, A.

資金援助

スイス,

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: J Chem Theory Comput / 年: 2021
タイトル: Atomistic and Thermodynamic Analysis of N6-Methyladenosine (m 6 A) Recognition by the Reader Domain of YTHDC1.
著者: Li, Y. / Bedi, R.K. / Wiedmer, L. / Sun, X. / Huang, D. / Caflisch, A.

履歴

登録	2020年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zda.cif.gz	110.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zda.ent.gz	67.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zda.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zda_validation.pdf.gz	965.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zda_full_validation.pdf.gz	966.3 KB	表示
XML形式データ	6zda_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	6zda_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zda	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ynnC 6ynoC 6zcmC 6zcnC 6zd3C 6zd4C 6zd5C 6zd7C 6zd8C 6zd9C 4r3hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6szx-1 6t08-2 6t08-1 6t07-2 6ym2-1 6zcn-1 6sz7-1 6ynl-1 6t09-1 6ykj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTHDC1

B: YTHDC1

ヘテロ分子

43 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTHDC1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTHDC1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.090, 103.330, 42.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.928, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YTHDC1 分子量: 20907.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-6MD / N-methyladenosine / N⁶-メチルアデノシン分子量: 281.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M bis-tris, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→40.72 Å / Num. obs: 80684 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.48 % / B_iso Wilson estimate: 18.33 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.78
反射シェル	解像度: 1.3→1.38 Å / Num. unique obs: 12941 / CC_1/2: 0.629

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1_3660	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4r3h

4r3h

解像度: 1.3→40.72 Å / SU ML: 0.1689 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.4346
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	4023	5 %
R_work	0.2041	76433	-
obs	0.2049	80456	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→40.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2543	0	75	437	3055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0053	2703
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7721	3672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0777	404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	453
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.0256	350

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.32	0.4155	134	0.3773	2547	X-RAY DIFFRACTION	96.09
1.32-1.33	0.3459	137	0.355	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.06
1.33-1.35	0.3888	138	0.3487	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.35-1.37	0.3399	138	0.3347	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.37-1.39	0.3232	138	0.3225	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.39-1.41	0.3024	137	0.3146	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.41-1.43	0.3082	140	0.2996	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.43-1.45	0.318	137	0.2983	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.45-1.47	0.3144	140	0.2864	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.47-1.5	0.2426	138	0.2732	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.5-1.53	0.3026	138	0.2563	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.53-1.56	0.2535	138	0.2561	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.56-1.59	0.2867	139	0.2445	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.59-1.62	0.2508	139	0.2313	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.62-1.66	0.2477	140	0.2254	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.66-1.7	0.2541	139	0.2269	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.7-1.75	0.2326	138	0.2294	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.75-1.8	0.2633	138	0.2335	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.8-1.86	0.2488	140	0.2337	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.86-1.92	0.2717	140	0.2159	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.92-2	0.2504	139	0.2175	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2-2.09	0.2583	138	0.2087	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.09-2.2	0.2024	140	0.2043	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.2-2.34	0.2253	140	0.1995	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.34-2.52	0.233	140	0.2004	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.52-2.77	0.2372	138	0.207	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.77-3.17	0.1916	139	0.1928	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.17-4	0.184	141	0.1713	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4-40.72	0.1594	142	0.1576	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.72

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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