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万見
- PDB-6zcw: Crystal structure of lanthanide-dependent alcohol dehydrogenase P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zcw
タイトルCrystal structure of lanthanide-dependent alcohol dehydrogenase PedH from Pseudomonas putida KT2440
要素Quinoprotein ethanol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (cytochrome c) activity / Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With a cytochrome as acceptor / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
PQQ-dependent type I alcohol dehydrogenase / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A ...PQQ-dependent type I alcohol dehydrogenase / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / PRASEODYMIUM ION / Quinoprotein alcohol dehydrogenase PedH
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bange, G. / Lepak, A. / Elsayed, E.M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Engineered PQQ-Dependent Alcohol Dehydrogenase for the Oxidation of 5-(Hydroxymethyl)furoic Acid
著者: Wehrmann, M. / Elsayed, E.M. / Kobbing, S. / Bendz, L. / Lepak, A. / Schwabe, J. / Wierckx, N. / Bange, G. / Klebensberger, J.
履歴
登録2020年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quinoprotein ethanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5603
ポリマ－63,0891
非ポリマー4712
水10,287571
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.280, 105.280, 187.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1680-

HOH

21A-1869-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Quinoprotein ethanol dehydrogenase


分子量: 63089.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
遺伝子: qedH-II, PP_2679 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q88JH0, alcohol dehydrogenase (cytochrome c)
#2: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.07 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.25 mM PedH with equimolar concentration of PQQ and metal of interest in 0.1 M sodium acetate pH 4.6 and 30 % (w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47.81 Å / Num. obs: 126727 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 26.7 % / Biso Wilson estimate: 22.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.044088 / Rrim(I) all: 0.2122 / Net I/σ(I): 14.27
反射 シェル解像度: 1.65→1.709 Å / Num. unique obs: 12456 / CC1/2: 0.525

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FLG

1flg


解像度: 1.65→47.08 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1717 --
Rwork0.1559 --
obs-126444 99.89 %
原子変位パラメータBiso mean: 28.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→47.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4354 0 25 571 4950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00654612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88316285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0602634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.55751642

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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