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- PDB-6zci: Crystal structure of BRD4-BD1 in complex with NVS-BET-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zci
タイトルCrystal structure of BRD4-BD1 in complex with NVS-BET-1
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードTRANSCRIPTION / chromatin binding / bromodomain / acetylated histone binding / transcription regulation
機能・相同性Amanitin/phalloidin toxin / Bromodomain / toxin activity / Chem-QFN / Alpha-amanitin proprotein 1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.976 Å
データ登録者Faller, M.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: BET bromodomain inhibitors regulate keratinocyte plasticity.
著者: Schutzius, G. / Kolter, C. / Bergling, S. / Tortelli, F. / Fuchs, F. / Renner, S. / Guagnano, V. / Cotesta, S. / Rueeger, H. / Faller, M. / Bouchez, L. / Salathe, A. / Nigsch, F. / Richards, ...著者: Schutzius, G. / Kolter, C. / Bergling, S. / Tortelli, F. / Fuchs, F. / Renner, S. / Guagnano, V. / Cotesta, S. / Rueeger, H. / Faller, M. / Bouchez, L. / Salathe, A. / Nigsch, F. / Richards, S.M. / Louis, M. / Gruber, V. / Aebi, A. / Turner, J. / Grandjean, F. / Li, J. / Dimitri, C. / Thomas, J.R. / Schirle, M. / Blank, J. / Drueckes, P. / Vaupel, A. / Tiedt, R. / Manley, P.W. / Klopp, J. / Hemmig, R. / Zink, F. / Leroy, N. / Carbone, W. / Roma, G. / Keller, C.G. / Dales, N. / Beyerbach, A. / Zimmerlin, A. / Bonenfant, D. / Terranova, R. / Berwick, A. / Sahambi, S. / Reynolds, A. / Jennings, L.L. / Ruffner, H. / Tarsa, P. / Bouwmeester, T. / Driver, V. / Frederiksen, M. / Lohmann, F. / Kirkland, S.
履歴
登録2020年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9802
ポリマ－17,5711
非ポリマー4091
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)38.615, 44.058, 80.552
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 17571.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-QFN / (4~{R})-4-(4-chlorophenyl)-1-cyclopropyl-5-(1,5-dimethyl-6-oxidanylidene-pyridin-3-yl)-3-methyl-4~{H}-pyrrolo[3,4-c]pyrazol-6-one


分子量: 408.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21ClN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.92 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 200 mM Sodium Malonate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→38.65 Å / Num. obs: 8489 / % possible obs: 83.62 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.03401 / Net I/σ(I): 10.73
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / Num. unique obs: 822 / CC1/2: 0.904

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (3-OCT-2019)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MXF

3mxf


解像度: 1.976→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU R Cruickshank DPI: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.273 / SU Rfree Blow DPI: 0.219 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.208
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2738 408 -RANDOM
Rwork0.2153 ---
obs0.2179 8490 83.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4277 Å20 Å20 Å2
2---6.6245 Å20 Å2
3---10.0522 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.976→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数994 0 29 104 1127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0071057HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.781455HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d331SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes173HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1057HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion140SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact909SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.68
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4472 21 -
Rwork0.2703 --
obs0.2781 425 99.54 %
精密化 TLSOrigin x: -11.6128 Å / Origin y: 2.6071 Å / Origin z: -9.4903 Å
111213212223313233
T-0.0492 Å20.034 Å2-0.025 Å2--0.0648 Å2-0.0217 Å2---0.0982 Å2
L2.7308 °2-0.0651 °20.9972 °2-2.317 °2-0.9082 °2--3.6144 °2
S0.0642 Å °-0.0756 Å °-0.1715 Å °-0.0756 Å °-0.1498 Å °-0.001 Å °-0.1715 Å °-0.001 Å °0.0856 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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