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- PDB-6zbu: Crystal structure of an NCoR1BBD2-BCL6BTB chimera in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zbu
タイトルCrystal structure of an NCoR1BBD2-BCL6BTB chimera in complex with the NcoR1 BBD1 corepressor peptide
要素
  • Nuclear receptor corepressor 1
  • Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein
キーワードTRANSCRIPTION / BCL6 / NCoR1.
機能・相同性
機能・相同性情報


NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of androgen receptor signaling pathway ...NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of cell motility / nuclear thyroid hormone receptor binding / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of fatty acid metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / regulation of T cell proliferation / regulation of cell differentiation / negative regulation of Notch signaling pathway / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / Notch-HLH transcription pathway / B cell proliferation / locomotor rhythm / negative regulation of cellular senescence / histone deacetylase complex / Rho protein signal transduction / Regulation of MECP2 expression and activity / regulation of immune response / spindle assembly / erythrocyte development / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of B cell proliferation / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / regulation of cytokine production / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / cell motility / nuclear receptor binding / HDACs deacetylate histones / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / cell morphogenesis / negative regulation of cell growth / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / heterochromatin formation / mitotic spindle / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Nuclear Receptor transcription pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein localization / Circadian Clock / chromatin organization / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / chromatin
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor corepressor 1 / B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Zacharchenko, T. / Wright, S.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Kay Kendall Leukaemia FundKKLF1047 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Functionalization of the BCL6 BTB domain into a noncovalent crystallization chaperone.
著者: Zacharchenko, T. / Wright, S.
履歴
登録2020年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein
B: Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein
C: Nuclear receptor corepressor 1
D: Nuclear receptor corepressor 1
E: Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein
F: Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein
G: Nuclear receptor corepressor 1
I: Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein
J: Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein
K: Nuclear receptor corepressor 1
L: Nuclear receptor corepressor 1
H: Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,33044
ポリマ－105,27212
非ポリマー3,05832
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38660 Å2
ΔGint-552 kcal/mol
Surface area38980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.575, 198.575, 113.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
12
22
32
42
52
62

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERARGARG(chain 'A' and (resid -4 through 1 or resid 6...AA-4 - 14 - 9
121ASPASPILEILE(chain 'A' and (resid -4 through 1 or resid 6...AA6 - 3014 - 38
131THRTHRTHRTHR(chain 'A' and (resid -4 through 1 or resid 6...AA32 - 9240 - 100
141LEULEUPHEPHE(chain 'A' and (resid -4 through 1 or resid 6...AA95 - 124103 - 132
251SERSERARGARG(chain 'B' and (resid -4 through 1 or resid 6...BB-4 - 14 - 9
261ASPASPILEILE(chain 'B' and (resid -4 through 1 or resid 6...BB6 - 3014 - 38
271THRTHRTHRTHR(chain 'B' and (resid -4 through 1 or resid 6...BB32 - 9240 - 100
281LEULEUPHEPHE(chain 'B' and (resid -4 through 1 or resid 6...BB95 - 124103 - 132
391SERSERARGARG(chain 'E' and (resid -4 through 1 or resid 6...EE-4 - 14 - 9
3101ASPASPILEILE(chain 'E' and (resid -4 through 1 or resid 6...EE6 - 3014 - 38
3111THRTHRTHRTHR(chain 'E' and (resid -4 through 1 or resid 6...EE32 - 9240 - 100
3121LEULEUPHEPHE(chain 'E' and (resid -4 through 1 or resid 6...EE95 - 124103 - 132
4131SERSERARGARG(chain 'F' and (resid -4 through 1 or resid 6...FF-4 - 14 - 9
4141ASPASPILEILE(chain 'F' and (resid -4 through 1 or resid 6...FF6 - 3014 - 38
4151THRTHRTHRTHR(chain 'F' and (resid -4 through 1 or resid 6...FF32 - 9240 - 100
4161LEULEUPHEPHE(chain 'F' and (resid -4 through 1 or resid 6...FF95 - 124103 - 132
5171SERSERARGARG(chain 'I' and (resid -4 through 1 or resid 6...IH-4 - 14 - 9
5181ASPASPILEILE(chain 'I' and (resid -4 through 1 or resid 6...IH6 - 3014 - 38
5191THRTHRTHRTHR(chain 'I' and (resid -4 through 1 or resid 6...IH32 - 9240 - 100
5201LEULEUPHEPHE(chain 'I' and (resid -4 through 1 or resid 6...IH95 - 124103 - 132
6211SERSERARGARG(chain 'J' and (resid -4 through 1 or resid 6...JI-4 - 14 - 9
6221ASPASPILEILE(chain 'J' and (resid -4 through 1 or resid 6...JI6 - 3014 - 38
6231THRTHRTHRTHR(chain 'J' and (resid -4 through 1 or resid 6...JI32 - 9240 - 100
6241LEULEUPHEPHE(chain 'J' and (resid -4 through 1 or resid 6...JI95 - 124103 - 132
1252THRTHRARGARGchain 'C'CC1342 - 13563 - 17
2262THRTHRARGARG(chain 'D' and resid 1342 through 1356)DD1342 - 13563 - 17
3272THRTHRARGARGchain 'G'GG1342 - 13563 - 17
4282THRTHRARGARG(chain 'H' and resid 1342 through 1356)HL1342 - 13563 - 17
5292THRTHRARGARGchain 'K'KJ1342 - 13563 - 17
6302THRTHRARGARG(chain 'L' and resid 1342 through 1356)LK1342 - 13563 - 17

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein / N-CoR1 / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain- ...N-CoR1 / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 15602.981 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOR1, KIAA1047, BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75376, UniProt: P41182
#2: タンパク質・ペプチド
Nuclear receptor corepressor 1 / N-CoR1


分子量: 1942.288 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75376
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.29 Å3/Da
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.34M Ammonium sulfate 0.67%(v/v) MPD 0.1M HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→98.32 Å / Num. obs: 82349 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 48.21 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.46→2.52 Å / 冗長度: 5.9 % / Num. unique obs: 6006 / CC1/2: 0.345 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XYX

6xyx


解像度: 2.46→88.81 Å / SU ML: 0.3787 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.3545
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 4013 4.89 %
Rwork0.2243 78060 -
obs0.226 82073 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→88.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7112 0 164 120 7396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15819941
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06491140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00731248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.32442769
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.490.37471300.3812630X-RAY DIFFRACTION98.92
2.49-2.520.42331240.36762676X-RAY DIFFRACTION99.86
2.52-2.550.37121320.36252659X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.580.38711450.34692641X-RAY DIFFRACTION99.75
2.58-2.620.40551430.34722667X-RAY DIFFRACTION99.93
2.62-2.650.3691400.34032652X-RAY DIFFRACTION99.71
2.65-2.690.3471420.32132675X-RAY DIFFRACTION99.68
2.69-2.740.31181300.31572649X-RAY DIFFRACTION99.96
2.74-2.780.27321320.29362683X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.830.34011470.29052684X-RAY DIFFRACTION99.86
2.83-2.880.35841420.28972652X-RAY DIFFRACTION99.86
2.88-2.940.33371330.26312676X-RAY DIFFRACTION99.61
2.94-30.30811470.25412658X-RAY DIFFRACTION99.75
3-3.060.28931280.24832697X-RAY DIFFRACTION99.72
3.06-3.130.2651490.23482655X-RAY DIFFRACTION99.82
3.13-3.210.25481330.24012684X-RAY DIFFRACTION99.93
3.21-3.30.27181250.24112692X-RAY DIFFRACTION99.96
3.3-3.390.26391250.23742702X-RAY DIFFRACTION99.86
3.39-3.50.26371430.2262688X-RAY DIFFRACTION99.72
3.5-3.630.23441290.23732718X-RAY DIFFRACTION99.72
3.63-3.770.33361490.25662684X-RAY DIFFRACTION99.86
3.77-3.950.2371450.20072692X-RAY DIFFRACTION99.96
3.95-4.150.21521310.18342730X-RAY DIFFRACTION99.62
4.15-4.410.18921500.1612689X-RAY DIFFRACTION99.96
4.41-4.760.24381350.16362749X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.230.1761390.16132733X-RAY DIFFRACTION99.62
5.23-5.990.23611500.19542758X-RAY DIFFRACTION99.9
5.99-7.550.22991480.20242797X-RAY DIFFRACTION99.93
7.55-88.810.18511470.17012790X-RAY DIFFRACTION94.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.807020620821.07745288725-2.081807439841.62460250228-1.884002072733.999907447110.0601782782448-0.0659927822838-0.07603659441590.366379608270.01171933333150.146369057647-0.0529374659143-0.101026705095-0.04890852959460.504691636452-0.05687909579990.003592138013150.4831217665940.0261985500160.2270006460797.4044817330485.2172034772-50.1398670816
20.9910589963370.889964372592-1.391666416471.86616081771-1.594521718884.03003132015-0.08511976384260.2135416044360.0232571772394-0.09651959184340.0647155537819-0.072280987416-0.2104390146860.03223879514150.01017618376550.475956849167-0.03383772880370.03840666135860.5038555146950.005630219082210.21553766916213.836311089790.8737520026-64.1509637503
36.85217145945-3.589581982924.771287924888.356767677-4.416595912128.18693437595-0.131195225920.214608552244-0.893007411853-0.1024257751070.2036566769570.05092416062840.95873249036-0.009719649627090.1105665353520.60364610326-0.02287926257290.08276650902040.6061538950650.02336055675720.29534742052810.471814515474.8942199347-52.989554651
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid -7 through 129)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid -7 through 129)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1342 through 1356)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1341 through 1356)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid -4 through 127)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid -5 through 125)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 1342 through 1356)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'I' and resid -4 through 127)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'J' and resid -7 through 124)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'K' and resid 1342 through 1356)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'L' and resid 1341 through 1356)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'H' and resid 1341 through 1356)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る