PDB-6zbp: H11-H4 complex with SARS-CoV-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zbp

タイトル

H11-H4 complex with SARS-CoV-2

要素

H11-H4
Spike glycoproteinスパイクタンパク質

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN /

Complex /

llama (リャマ) /

nanobody (ナノボディ) /

antibody (抗体) /

SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2)

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Naismith, J.H. / Huo, J. / Mikolajek, H. / Ward, P. / Dumoux, M. / Owens, R.J. / LeBas, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: H11-D4 complex with SARS-CoV-2 RBD
著者: Naismith, J.H.

履歴

登録	2020年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zbp.cif.gz	246.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zbp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zbp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zbp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yz5SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yz5-d 11978 4kzg-7 2wqv-2 5h28-d 1xmx-d 4ckt-d 6f5g-d 4kzg-6 2wqv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (2)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

EEE: Spike glycoprotein

FFF: H11-H4

ヘテロ分子

39.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.150, 73.150, 131.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	EEE-763- HOH

#1: タンパク質

Spike glycoprotein /

スパイクタンパク質 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein

分子量: 23716.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

#2: 抗体

H11-H4

分子量: 15045.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Lama glama (ラマ) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystals were grown at using the sitting drop vapor diffusion method by mixing 0.2 uL of the 18 mg/mL H11-H4 RBD complex with 0.1 uL of the crystallization buffer containing 0.2 M Sodium ...詳細: Crystals were grown at using the sitting drop vapor diffusion method by mixing 0.2 uL of the 18 mg/mL H11-H4 RBD complex with 0.1 uL of the crystallization buffer containing 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M MES pH 6.0, 20 % w/v PEG 8000. The crystals grew overnight and were flash cooled in a solution containing the mother liquor with 30 % (v/v) ethylene glycol.

結晶

マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.12 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals were grown at using the sitting drop vapor diffusion method by mixing 0.2 uL of the 18 mg/mL H11-H4 RBD complex with 0.1 uL of the crystallization buffer containing 0.2 M Sodium ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid N2 / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→57.151 Å / Num. obs: 35506 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 19.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 20.9 % / R_merge(I) obs: 2.05 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2585 / CC_1/2: 0.7 / R_pim(I) all: 0.46 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XSCALE		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YZ5

6yz5

解像度: 1.85→57.151 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 7.218 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2169	1808	5.097 %
R_work	0.185	33664	-
all	0.187	-	-
obs	-	35472	99.733 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.736 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.091 Å²	1.046 Å²	0 Å²
2-	-	2.091 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.784 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→57.151 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2546	0	19	103	2668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.682	1.656	3680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.405	1.58	5454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	17.387	5.303	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.74	21.69	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.462	15	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	24.12	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.664	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.146	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.082	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.014	2.519	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.006	2.516	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.896	3.761	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.895	3.765	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.612	3.06	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.553	3.052	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.874	4.396	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.777	4.381	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.797	29.077	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.808	28.929	2851

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.333	125	0.3	2460	X-RAY DIFFRACTION	99.4231
1.898-1.95	0.277	135	0.272	2377	X-RAY DIFFRACTION	99.2493
1.95-2.006	0.258	136	0.233	2306	X-RAY DIFFRACTION	99.511
2.006-2.068	0.248	123	0.21	2248	X-RAY DIFFRACTION	99.6218
2.068-2.136	0.233	130	0.196	2166	X-RAY DIFFRACTION	99.6528
2.136-2.211	0.188	109	0.192	2148	X-RAY DIFFRACTION	99.6908
2.211-2.294	0.225	107	0.177	2053	X-RAY DIFFRACTION	99.9075
2.294-2.388	0.212	111	0.172	1960	X-RAY DIFFRACTION	99.8072
2.388-2.494	0.236	73	0.173	1926	X-RAY DIFFRACTION	99.8003
2.494-2.615	0.243	104	0.195	1841	X-RAY DIFFRACTION	99.8973
2.615-2.756	0.207	129	0.206	1691	X-RAY DIFFRACTION	99.9451
2.756-2.923	0.212	78	0.194	1664	X-RAY DIFFRACTION	99.8281
2.923-3.125	0.223	74	0.198	1560	X-RAY DIFFRACTION	99.8778
3.125-3.374	0.226	86	0.178	1435	X-RAY DIFFRACTION	99.8687
3.374-3.695	0.234	70	0.185	1356	X-RAY DIFFRACTION	100
3.695-4.13	0.208	69	0.166	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.765	0.157	36	0.142	1107	X-RAY DIFFRACTION	99.9126
4.765-5.828	0.171	55	0.169	937	X-RAY DIFFRACTION	99.8993
5.828-8.207	0.243	34	0.197	756	X-RAY DIFFRACTION	100
8.207-57.151	0.255	24	0.221	450	X-RAY DIFFRACTION	99.3711

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5606	-0.4707	0.9316	1.258	-0.4326	3.8177	0.1069	0.0558	-0.2388	0.0292	-0.1307	-0.4566	0.5136	0.5094	0.0238	0.163	0.0535	-0.0221	0.1136	0.0008	0.5533	32.463	-0.342	-8.231
2	2.3523	-0.3272	0.1284	3.9846	-0.4168	3.0845	0.0138	-0.1013	-0.1228	0.2361	0.0284	0.1443	0.2202	-0.1345	-0.0422	0.1163	-0.0155	-0.0271	0.0108	0.0228	0.3363	22.43	2.08	-7.989
3	2.1007	-0.8653	2.0231	2.7011	-1.5163	3.9669	0.0566	0.0398	-0.0184	0.0742	0.0313	0.1065	-0.0486	-0.0898	-0.0879	0.0369	0.0137	0.0448	0.0107	-0.0004	0.3513	17.757	10.896	-14.166
4	9.0909	0.7373	-5.0952	6.2173	1.2884	7.6775	-0.0084	1.0655	0.1477	-0.4062	0.0862	0.7049	-0.1427	-0.9554	-0.0777	0.1365	0.0677	0.0088	0.1951	0.0864	0.5116	5.969	24.838	-26.58
5	1.4569	-0.5379	0.7988	1.9709	-0.4844	3.4643	-0.0512	0.0221	-0.0177	0.5467	0.0427	-0.2737	0.0484	0.1856	0.0085	0.1734	0.0166	-0.0395	0.0249	0.0005	0.4177	25.972	5.787	-9.96
6	1.6596	0.1038	-0.5454	3.2321	-0.6823	2.5488	0.1427	-0.0138	0.1451	0.4101	-0.151	-0.2293	-0.4317	0.0791	0.0083	0.1329	-0.0069	0.0014	0.029	0.0332	0.4167	22.899	38.325	-27.586
7	4.2503	-3.7509	1.0647	9.6934	-1.5301	4.31	0.1348	0.1012	0.0269	-0.1012	-0.163	0.1411	-0.1626	-0.2529	0.0282	0.0429	0.0259	0.0259	0.0915	0.0227	0.3381	19.463	37.762	-34.082
8	1.4474	1.1916	-0.8304	5.1929	-1.6301	1.7619	0.1433	0.0167	0.1004	0.7147	-0.1484	0.0523	-0.6497	0.0484	0.0051	0.3294	-0.0148	-0.0099	0.0189	0.0146	0.4264	21.378	39.426	-23.651

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	EEE	334 - 387
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	EEE	388 - 417
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	EEE	418 - 479
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	EEE	480 - 488
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EEE	489 - 528
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FFF	1 - 64
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	FFF	65 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	FFF	89 - 128

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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