PDB-6zb9: Exo-beta-1,3-glucanase from moose rumen microbiome, wild type

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zb9

タイトル

Exo-beta-1,3-glucanase from moose rumen microbiome, wild type

要素

Exo-beta-1,3-glucanase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase / exo-beta-1 / 3-glucanase / family GH5_44

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kalyani, D.C. / Reichenbach, T. / Aspeborg, H. / Divne, C.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Enzyme.Microb.Technol. / 年: 2021
タイトル: A homodimeric bacterial exo-beta-1,3-glucanase derived from moose rumen microbiome shows a structural framework similar to yeast exo-beta-1,3-glucanases.
著者: Kalyani, D.C. / Reichenbach, T. / Aspeborg, H. / Divne, C.

履歴

登録	2020年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zb9.cif.gz	159 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zb9.ent.gz	126.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zb9_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zb9_full_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示
XML形式データ	6zb9_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	6zb9_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zb8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zb8-d 4j3r-1 2brv-d 4cpz-1 1w3y-d 1a4g-d 2brp-d 5h2q-d 1esm-1 4h52-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exo-beta-1,3-glucanase

B: Exo-beta-1,3-glucanase

90.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The dimeric state was confirmed deduced from gel filtration, chemical cross-linking, ThermoFluor, PISA analysis and from the crystal-structure analysis.

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.580, 88.040, 70.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Exo-beta-1,3-glucanase 分子量: 45381.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: An active-site loop is disordered in the model and has therefore not been modeled. 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T1R / 参照: glucan 1,3-beta-glucosidase

#1: タンパク質

Exo-beta-1,3-glucanase

分子量: 45381.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: An active-site loop is disordered in the model and has therefore not been modeled.
由来: (組換発現)

uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET-11a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T1R / 参照: glucan 1,3-beta-glucosidase

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgCl2, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.072897 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.072897 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→47.55 Å / Num. obs: 44159 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 4164 / CC_1/2: 0.359

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAD-generated model

解像度: 2.5→47.547 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 31.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2726	3889	8.81 %
R_work	0.197	-	-
obs	0.2036	44152	96.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.547 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6088	0	0	0	6088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6304
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.029	8535
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.105	5215
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	868
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1084

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5001-2.5305	0.3778	109	0.3291	1168	X-RAY DIFFRACTION	77
2.5305-2.5626	0.3898	117	0.3267	1176	X-RAY DIFFRACTION	82
2.5626-2.5963	0.4028	121	0.3202	1256	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5963-2.6319	0.3493	142	0.3142	1455	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6319-2.6695	0.3892	140	0.3071	1446	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6695-2.7093	0.3439	143	0.3104	1461	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7093-2.7516	0.388	148	0.3047	1510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7516-2.7967	0.3834	139	0.302	1479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7967-2.845	0.3622	143	0.279	1479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-2.8967	0.3385	140	0.2838	1476	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8967-2.9524	0.363	136	0.2649	1443	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9524-3.0126	0.2707	138	0.2411	1442	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0126-3.0781	0.3151	140	0.2353	1469	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0781-3.1497	0.3001	142	0.2306	1476	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1497-3.2285	0.2922	143	0.2361	1474	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2285-3.3157	0.3478	140	0.2248	1435	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3157-3.4133	0.3182	147	0.2273	1493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4133-3.5234	0.3251	145	0.1936	1487	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5234-3.6493	0.2603	144	0.1862	1480	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6493-3.7954	0.2569	136	0.1674	1416	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7954-3.968	0.2662	142	0.1548	1476	X-RAY DIFFRACTION	99
3.968-4.1771	0.2314	143	0.1508	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1771-4.4386	0.2382	140	0.1429	1454	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4386-4.781	0.2067	145	0.1381	1474	X-RAY DIFFRACTION	99
4.781-5.2616	0.2453	141	0.1411	1454	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2616-6.0217	0.228	141	0.1546	1471	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0217-7.5817	0.1815	142	0.1652	1459	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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