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Yorodumi- PDB-4cpz: Structure of the Neuraminidase from the B/Lyon/CHU/15.216/2011 vi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cpz | |||||||||
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Title | Structure of the Neuraminidase from the B/Lyon/CHU/15.216/2011 virus in complex with Zanamivir | |||||||||
Components | NEURAMINIDASE | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / NEURAMINIDASE INHIBITOR / RELENZA | |||||||||
Function / homology | Function and homology information exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | INFLUENZA B VIRUS | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Vachieri, S.G. / Collins, P.J. / Escuret, V. / Casalegno, J.S. / Cattle, N. / Ferraris, O. / Sabatier, M. / Frobert, E. / Caro, V. / Skehel, J.J. ...Vachieri, S.G. / Collins, P.J. / Escuret, V. / Casalegno, J.S. / Cattle, N. / Ferraris, O. / Sabatier, M. / Frobert, E. / Caro, V. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J. / Valla, F. / Valette, M. / Ottmann, M. / McCauley, J.W. / Daniels, R.S. / Lina, B. | |||||||||
Citation | Journal: J.Infect.Dis. / Year: 2014 Title: A Novel I221 L Substitution in Neuraminidase Confers High Level Resistance to Oseltamivir in Influenza B Viruses. Authors: Escuret, V. / Collins, P.J. / Casalegno, J. / Vachieri, S.G. / Cattle, N. / Ferraris, O. / Sabatier, M. / Frobert, E. / Caro, V. / Skehel, J.J. / Gamblin, S. / Valla, F. / Valette, M. / ...Authors: Escuret, V. / Collins, P.J. / Casalegno, J. / Vachieri, S.G. / Cattle, N. / Ferraris, O. / Sabatier, M. / Frobert, E. / Caro, V. / Skehel, J.J. / Gamblin, S. / Valla, F. / Valette, M. / Ottmann, M. / Mccauley, J.W. / Daniels, R.S. / Lina, B. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4cpz.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4cpz.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4cpz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4cpz_validation.pdf.gz | 5.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4cpz_full_validation.pdf.gz | 5.4 MB | Display | |
Data in XML | 4cpz_validation.xml.gz | 121 KB | Display | |
Data in CIF | 4cpz_validation.cif.gz | 165.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/4cpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/4cpz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4cplC 4cpmC 4cpnC 4cpoSC 4cpyC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 51234.223 Da / Num. of mol.: 8 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) INFLUENZA B VIRUS / Strain: B/LYON/CHU/15.216/2011 / References: UniProt: U5XBU0*PLUS, exo-alpha-sialidase |
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-Sugars , 4 types, 23 molecules
#2: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ChemComp-NAG / #6: Sugar | ChemComp-ZMR / |
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-Non-polymers , 3 types, 1283 molecules
#4: Chemical | ChemComp-CA / #7: Chemical | ChemComp-EDO / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE SEQUENCE FOR B/LYON/CHU/15.216/2011 NEURAMINIDASE IS AVAILABLE THROUGH THE GLOBAL INITIATIVE ON ...THE SEQUENCE FOR B/LYON/CHU/15.216/2011 NEURAMINID |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.68 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 25% PEG 1500, 0.1M SUCCINIC ACID PH 9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.92 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→48.5 Å / Num. obs: 164411 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4CPO Resolution: 2.2→48.503 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→48.503 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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