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- PDB-6zb6: Crystal structure of Lolium rigidum GSTF in complex with S-(p-nit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zb6
タイトルCrystal structure of Lolium rigidum GSTF in complex with S-(p-nitrobenzyl) glutathione
要素Glutathione transferase
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE / DETOXIFICATION / XENOBIOTICS / HERBCIDE RESISTANCE / STRESS
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferases Phi, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferases Phi, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Lolium rigidum (ボウムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Papageorgiou, A.C. / Poudel, N.
資金援助 ギリシャ, 1件
組織認可番号国
Hellenic Foundation for Research and Innovation (HFRI)8904/22-09-2017 ギリシャ
引用ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2021
タイトル: Phi class glutathione transferases as molecular targets towards multiple-herbicide resistance: Inhibition analysis and pharmacophore design.
著者: Georgakis, N. / Poudel, N. / Vlachakis, D. / Papageorgiou, A.C. / Labrou, N.E.
履歴
登録2020年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione transferase
C: Glutathione transferase
E: Glutathione transferase
B: Glutathione transferase
F: Glutathione transferase
D: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,26931
ポリマ－155,6226
非ポリマー3,64725
水19,3301073
1
A: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6337
ポリマ－25,9371
非ポリマー6966
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4944
ポリマ－25,9371
非ポリマー5583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4713
ポリマ－25,9371
非ポリマー5352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7948
ポリマ－25,9371
非ポリマー8577
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
F: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5175
ポリマ－25,9371
非ポリマー5814
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
D: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3594
ポリマ－25,9371
非ポリマー4223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.562, 98.500, 95.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.126, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ACEBFD

#1: タンパク質
Glutathione transferase


分子量: 25936.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lolium rigidum (ボウムギ) / 遺伝子: GST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M5BPX4

-
非ポリマー , 5種, 1098分子

#2: 化合物
ChemComp-GTB / S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE


分子量: 442.444 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N4O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1073 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 % / 解説: Thin rods
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% w/v Sokalan PA 25CL, 0.1 M Hepes, 0.1 M Sodium tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→66.7 Å / Num. obs: 126047 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 21.15 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5801 / CC1/2: 0.843 / Rpim(I) all: 0.583 / Rrim(I) all: 0.862 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1bye

1bye


解像度: 1.9→66.68 Å / SU ML: 0.1784 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7889
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2029 1829 1.45 %
Rwork0.1643 123982 -
obs0.1649 125811 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→66.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10508 0 239 1073 11820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006711026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.832114932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05171601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.08661471
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.31141340.28378946X-RAY DIFFRACTION92.72
1.95-2.010.35771400.2369558X-RAY DIFFRACTION98.74
2.01-2.070.2571460.21519517X-RAY DIFFRACTION98.4
2.07-2.150.26051440.19639562X-RAY DIFFRACTION98.87
2.15-2.230.2221300.18789543X-RAY DIFFRACTION98.68
2.23-2.340.21831400.17649509X-RAY DIFFRACTION98.27
2.34-2.460.18111400.1639608X-RAY DIFFRACTION99.4
2.46-2.610.20291420.16749570X-RAY DIFFRACTION99.17
2.61-2.810.23631490.16729594X-RAY DIFFRACTION98.61
2.81-3.10.19431410.16839534X-RAY DIFFRACTION98.47
3.1-3.550.18341370.15849618X-RAY DIFFRACTION98.76
3.55-4.470.16951440.13049688X-RAY DIFFRACTION99.44
4.47-66.680.17831420.14549735X-RAY DIFFRACTION98.47
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.838884587132-0.333076892302-0.4229079421480.679318266330.2144380293540.8160643163750.0265525125690.0505986433480.0100120262293-0.103736215648-0.0220575678438-0.0529344122523-0.07901208988330.09221632575645.34708304986E-60.161677601603-0.00849059846352-0.003522064620750.15475391719-0.01236775545910.168163853183-14.5765106983-22.0772942223129.481616517
20.97745125544-0.0775162176987-0.5132475694020.4370133819470.04987013655331.190686339790.06877204946580.117130669757-0.02186388461030.00894675824537-0.05362637675510.100345122103-0.0918634531712-0.2868277711470.0007768429807740.1645464453070.003239067898950.009981902476860.174700132382-0.009893535474180.165342629193-3.8097733351314.432584475971.6936755744
30.998150936042-0.207222563174-0.04840862788180.5845956286820.09665187500050.580112863650.0186079075312-1.57987651761E-5-0.05625442447040.113238581406-0.05441774775580.05239477678290.0670691414008-0.101817512064-0.0003873358658560.1803701985240.02141640735620.01250645559520.1819289324530.001002538594720.172605409159-34.23188441989.81520376303116.456846275
41.2351723320.118906500236-0.5200727394470.575143926223-0.1859841560441.198598235370.006682546991750.216704710227-0.0637722564735-0.0258124781558-0.03048851100930.05156421630140.0409666064994-0.2446514001490.0007393742678170.1593874927830.0259242289536-0.0009405236140160.167454820563-0.0133440396090.16863794303910.5709154063-37.6290350256104.71606992
50.8636047687540.0880201765195-0.4186885253110.838301302154-0.2906036589921.18112232285-0.0405026356625-0.235321563251-0.221648272770.0297385611478-0.08658478507130.01139539558990.09423321911490.043628053997-0.06139119318220.140869895503-0.01541545291990.006482295033830.1713694386550.05165393538020.199743016307-21.3912888363-35.675302469148.094358238
61.004886515620.129774998526-0.3665216310380.635483350552-0.09252651079641.011417485880.1558521780670.1714240207230.229133395265-0.02631431656970.0118645427157-0.0116123309182-0.252942001598-0.09514208198050.1699261808980.2107180867180.06309347573820.04756340446630.1756975848420.03501988364220.174916119589-25.51856004227.2982058937101.719274015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 222)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 215)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 227)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 215)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 1 through 215)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 1 through 215)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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