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- PDB-6zap: Isopenicillin N synthase in complex with Fe, O2 and ACV under cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zap
タイトルIsopenicillin N synthase in complex with Fe, O2 and ACV under cryo conditions.
要素Isopenicillin N synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / oxygen binding / XFEL / time-resolved crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopenicillin N synthase signature 1. / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / : / OXYGEN MOLECULE / Isopenicillin N synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. ...Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. / Brem, J. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Pettinati, I. / Clifton, I.J. / Alonso-Mori, R. / Gul, S. / Young, I. / Kim, I. / Bhowmick, A. / ORiordan, L. / Brewster, A.S. / Claridge, T.D.W. / Sauter, N.K. / Yachandra, V. / Yano, J. / Kern, J.F. / Orville, A.M. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 7件
組織認可番号国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)106244/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust210734/Z/18/Z 英国
Royal SocietyRSWF/R2/182017 英国
Wellcome Trust102593 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council102593 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/S50676X/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: X-ray free-electron laser studies reveal correlated motion during isopenicillin N synthase catalysis.
著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / ...著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / Brem, J. / Gul, S. / Fuller, F.D. / Kim, I.S. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Bhowmick, A. / Young, I.D. / O'Riordan, L. / Brewster, A.S. / Pettinati, I. / Doyle, M. / Joti, Y. / Owada, S. / Tono, K. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Bergmann, U. / Owen, R.L. / Sauter, N.K. / Claridge, T.D.W. / Robinson, C.V. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kern, J.F. / Orville, A.M. / Schofield, C.J.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopenicillin N synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2076
ポリマ－37,5641
非ポリマー6435
水7,008389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.518, 74.460, 101.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Isopenicillin N synthase / IPNS


分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

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非ポリマー , 5種, 394分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACV / L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / δ-(L-α-アミノアジポイル)-L-システイニル-D-バリン


分子量: 363.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.86 % / 解説: needles
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 / 詳細: 1.7M Li2SO4, 0.1M TRIS pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→74.47 Å / Num. obs: 68190 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 13.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 871404 / Scaling rejects: 684
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.36-1.412.92.3816426849790.5260.6792.478199.9
6.08-74.4712.60.044111368860.9990.0120.04536.9100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BLZ

1blz


解像度: 1.36→59.95 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 3338 4.9 %
Rwork0.161 --
obs0.1626 68060 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.72 Å2 / Biso mean: 20.426 Å2 / Biso min: 7.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.36→59.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2615 0 69 401 3085
Biso mean--30.89 31.49 -
残基数----329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9694105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7481091
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.36-1.37930.33581490.305262898
1.3793-1.39990.3471270.29442629100
1.3999-1.42180.30871450.28422682100
1.4218-1.44510.28311510.27272636100
1.4451-1.470.29571160.26322691100
1.47-1.49680.27121230.25092667100
1.4968-1.52560.27561420.23092665100
1.5256-1.55670.21991420.21812656100
1.5567-1.59060.23371260.20452693100
1.5906-1.62760.23781640.19552625100
1.6276-1.66830.22941320.18172691100
1.6683-1.71340.23961380.17672670100
1.7134-1.76380.21251390.17042687100
1.7638-1.82070.19521580.16542673100
1.8207-1.88580.21511390.15282697100
1.8858-1.96130.18081380.14722687100
1.9613-2.05060.17521490.13572662100
2.0506-2.15870.1661250.13372721100
2.1587-2.2940.18111260.12992736100
2.294-2.47110.18161290.1342738100
2.4711-2.71980.17371270.13752743100
2.7198-3.11330.16651430.14352744100
3.1133-3.92230.15541450.13292796100
3.9223-59.950.16891650.15372905100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.38980.55710.69951.81991.35043.47930.0533-0.0739-0.04640.0317-0.05780.0390.052-0.19940.01810.10890.00360.01610.07530.02770.1041-15.9813-4.125914.83
20.98330.107-0.35610.04620.15463.25190.03480.0376-0.0206-0.00220.02620.0874-0.304-0.4442-0.06380.10790.031-0.00120.0898-0.00650.1235-23.32471.9026-2.3874
37.24361.4522-3.5183.0745-0.83444.08570.11940.24980.1611-0.03310.02420.229-0.4017-0.2207-0.10840.19540.0199-0.01960.0746-0.00740.11-13.46416.0751-23.2319
41.01090.630.0981.4428-0.32912.3172-0.04140.16220.0603-0.0990.1071-0.0493-0.5690.0957-0.01610.2317-0.01460.01660.07460.01910.1158-9.63279.976-14.1414
50.7244-0.94241.03931.2817-1.81653.82180.0179-0.03460.0958-0.02940.02210.0377-0.4534-0.2272-0.01960.21040.03580.00710.07160.0160.1349-15.04749.07633
6-0.0214-0.05840.00681.2937-2.52385.20490.0061-0.00440.02820.14920.0025-0.0864-0.93370.45590.04610.2246-0.04860.00330.1057-0.01320.1315-4.897710.27279.013
70.8088-0.17650.45140.65070.01881.80660.0270.0136-0.1052-0.08910.0080.02670.1171-0.0204-0.03620.1005-0.00390.01650.05120.00590.1217-12.6601-8.5926-3.9785
81.77850.7267-1.03452.427-0.90722.7520.0822-0.2224-0.16720.2869-0.2153-0.3237-0.15661.17210.16970.2007-0.0773-0.02890.37440.00940.18185.57292.188910.3623
96.18770.50492.23259.11174.88697.0612-0.05860.5328-0.5405-0.94780.29050.06330.0150.5669-0.24230.2799-0.01890.00120.25410.02480.23230.6488-1.0724-8.2825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 37 )A3 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 62 )A38 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 82 )A63 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 137 )A83 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 138 through 164 )A138 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 165 through 183 )A165 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 184 through 286 )A184 - 286
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 287 through 312 )A287 - 312
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 313 through 331 )A313 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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