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- PDB-6zaj: Room temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zaj
タイトルRoom temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in complex with Fe, O2 and ACV after exposure to dioxygen for 3000ms.
要素Isopenicillin N synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / oxygen binding / XFEL / time-resolved crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopenicillin N synthase signature 1. / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / : / OXYGEN MOLECULE / Isopenicillin N synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.5301 Å
データ登録者Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. ...Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. / Brem, J. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Pettinati, I. / Clifton, I.J. / Alonso-Mori, R. / Gul, S. / Young, I. / Kim, I. / Bhowmick, A. / ORiordan, L. / Brewster, A.S. / Claridge, T.D.W. / Sauter, N.K. / Yachandra, V. / Yano, J. / Kern, J.F. / Orville, A.M. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 米国, 13件
組織認可番号国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)106244/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust210734/Z/18/Z 英国
Royal SocietyRSWF/R2/182017 英国
Wellcome Trust102593 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)102593 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S50676X/1 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133081 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117126 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110501 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126289 米国
Department of Energy (DOE, United States)DOE BES DE-AC02-05CH11231 米国
Department of Energy (DOE, United States)DOE BES DE-AC02-76SF00515 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: X-ray free-electron laser studies reveal correlated motion during isopenicillin N synthase catalysis.
著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / ...著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / Brem, J. / Gul, S. / Fuller, F.D. / Kim, I.S. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Bhowmick, A. / Young, I.D. / O'Riordan, L. / Brewster, A.S. / Pettinati, I. / Doyle, M. / Joti, Y. / Owada, S. / Tono, K. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Bergmann, U. / Owen, R.L. / Sauter, N.K. / Claridge, T.D.W. / Robinson, C.V. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kern, J.F. / Orville, A.M. / Schofield, C.J.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopenicillin N synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1115
ポリマ－37,5641
非ポリマー5474
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area14050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.885, 75.639, 101.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Isopenicillin N synthase / IPNS


分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM 554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

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非ポリマー , 5種, 167分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACV / L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / δ-(L-α-アミノアジポイル)-L-システイニル-D-バリン


分子量: 363.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 % / 解説: needles - size range 40-60um x 3 um x 3 um
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 / 詳細: 1.7M Li2SO4, 0.1 M TRIS pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.30179 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.30179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→21.13 Å / Num. obs: 49972 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 90.71 % / Biso Wilson estimate: 22.1870954592 Å2 / CC1/2: 0.975 / R split: 0.16 / Net I/σ(I): 31.16
反射 シェル解像度: 1.53→1.556 Å / 冗長度: 22.48 % / Mean I/σ(I) obs: 0.679 / Num. unique obs: 2491 / CC1/2: 0.102 / R split: 1.113 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery解説: acoustic droplet tape drive / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection解説: acoustic droplet tape drive

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
cctbx.xfelデータ削減
PHASER位相決定
cxi.mergeデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BLZ

1blz


解像度: 1.5301→21.1283 Å / SU ML: 0.2187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.3317 / 位相誤差: 24.1983
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1981 1999 4.0265 %
Rwork0.178 47647 -
obs0.1788 49646 99.9195 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.7271 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5301→21.1283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2581 0 29 163 2773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009072753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.931523764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05975396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00664501
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.233861622
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5301-1.56830.37831420.36723367X-RAY DIFFRACTION99.5461
1.5683-1.61060.35361410.3483356X-RAY DIFFRACTION99.9428
1.6106-1.6580.3321390.32033318X-RAY DIFFRACTION99.9133
1.658-1.71150.27741390.30393350X-RAY DIFFRACTION99.9141
1.7115-1.77270.28941420.27673358X-RAY DIFFRACTION99.9144
1.7727-1.84360.27381420.25643393X-RAY DIFFRACTION99.887
1.8436-1.92740.26511430.22033381X-RAY DIFFRACTION99.9149
1.9274-2.0290.2181400.19173373X-RAY DIFFRACTION100
2.029-2.1560.19751430.17323398X-RAY DIFFRACTION100
2.156-2.32230.19221430.16093385X-RAY DIFFRACTION100
2.3223-2.55560.21561420.17423416X-RAY DIFFRACTION99.9719
2.5556-2.92460.20671450.17233448X-RAY DIFFRACTION100
2.9246-3.68150.18361450.14993463X-RAY DIFFRACTION100
3.6815-21.12830.13761530.13863641X-RAY DIFFRACTION99.8947
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93287041935-0.06059679137810.965685379497.477607872715.758041435368.88857362770.0242671843621-0.2368447525770.09905480484320.247441627686-0.08553316923050.05068219665270.021564994914-0.2996732459380.1081388699210.139650094381-0.03258898136640.03989273540330.2172959888390.05393801122150.149290344263-16.2461412522-2.6677423279715.7237765266
21.012757439440.596074762099-1.601774887390.88521320676-0.3804045024313.63788277916-0.003501854319660.2069904811950.167502687766-0.1696593136060.1697463414680.235732062179-0.256446362308-0.760802428268-0.2126447294140.181573254838-0.00526510380689-0.05319451728720.3081231795350.01669208384240.22891141301-22.69667135550.530494060007-1.92723534832
36.802348241880.469111904155-3.565807667634.698690890553.374942610357.595894619050.1266019995710.2633988360.36477021527-0.06882205754070.05378823685950.0431588483648-0.356092340090.0306240420883-0.1405724239630.267292757641-0.011274920309-0.02021984673690.2129265566760.04711808020670.165248398574-11.09767969526.60377025626-24.3679259555
41.991236032612.032914094870.5674561527537.471522849032.012402490313.70472199376-0.08734158785010.2252809711910.0497447319459-0.2881545496570.143587613918-0.0221180501805-0.3410902231320.170787442576-0.06104844249780.207101344846-0.001211611692820.009828134772250.2112395360920.0347909286650.163114093727-9.862631149526.40958174976-14.9517326913
57.032357249271.357327797920.7854012890133.103690591390.2257691285283.48663368129-0.01138928643880.5214061922670.140183499138-0.01824310986670.1101641480360.100023516842-0.9242784899540.0234945853008-0.01861118191660.424328026534-0.0006650484836080.04283277395540.2111766452870.06819462991760.182798623066-9.6076785905815.3982475336-13.1348615898
61.51630016202-1.30585954871.216880930123.29593571478-3.023936796567.380756069590.0224561565909-0.11097557270.1099779239540.0199750679150.0519066658252-0.058961870126-0.727990563416-0.0282125578903-0.03063090643560.249251864067-0.003999563072120.03574610729280.137822946896-0.02660096938820.180616260347-11.29705686199.660646748685.11434369121
71.21452719693-0.05436847114850.4298253001351.290024534630.0462425309822.3739833050.02345231051830.0403050306297-0.11258234041-0.08582013522190.0223508898380.02121550606130.06439715148330.0658790738608-0.04715466532020.122138742952-0.006440090676330.01061915224960.1578378177520.00881608684050.156379660264-11.2127694115-7.2661817372-3.34907260562
89.251296213985.79311568885-7.886744746328.01088495404-4.241251059136.975750701090.119966449678-0.689152832233-0.3345186291380.256881108691-0.2289466453740.02553278772840.3406178513321.860997313870.1522857488880.243871130608-0.00739516941666-0.05391005938580.5843944992290.01996947397990.3209221680737.25182551303-1.7131270030713.9697864397
98.220516757365.406147936.063273004594.90133968055.581772282357.34144249938-0.2608501807290.806435985336-0.427955456287-0.8868170515210.472035544029-0.1464092894020.05217861633210.803395635776-0.2441229363860.442346637956-0.00942562589690.02377394487210.4604222357270.0298430224460.3430809527790.692316177114-0.891453191898-8.52144587083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 82 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 114 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 115 through 137 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 138 through 182 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 183 through 295 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 296 through 312 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 313 through 331 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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