PDB-6zaf: Room temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zaf

タイトル

Room temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in complex with Fe and ACV after exposure to dioxygen for 400ms.

要素

Isopenicillin N synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / oxygen binding / XFEL / time-resolved crystallography

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.4001 Å

データ登録者

Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. ...

資金援助

英国,

米国, 13件

組織	認可番号	国
Wellcome Trust	106244/Z/14/Z	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	106244/Z/14/Z	英国
Wellcome Trust	210734/Z/18/Z	英国
Royal Society	RSWF/R2/182017	英国
Wellcome Trust	102593	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	102593	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S50676X/1	英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM133081	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM117126	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM110501	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM126289	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DOE BES DE-AC02-05CH11231	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DOE BES DE-AC02-76SF00515	米国

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: X-ray free-electron laser studies reveal correlated motion during isopenicillin N synthase catalysis.
著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / ...

履歴

登録	2020年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6zaf.ent.gz	171 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zaf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6zaf_validation.pdf.gz	359.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zaf_full_validation.pdf.gz	360.2 KB	表示
XML形式データ	6zaf_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	6zaf_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6zaf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6zaf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6y0pC 6zaeC 6zagC 6zahC 6zaiC 6zajC 6zalC 6zamC 6zanC 6zaoC 6zapC 6zaqC 6zw8C 1blzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zah-d 6zai-d 2jb4-d 6zal-d 6zan-d 1w06-d 2ivj-d 1oc1-d 6zap-d 6zaq-d 1odn-d 2bu9-d 1w05-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isopenicillin N synthase

ヘテロ分子

38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.894, 75.871, 101.885
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isopenicillin N synthase / IPNS 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACV / L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / δ-(L-α-アミノアジポイル)-L-システイニル-D-バリン分子量: 363.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₅N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.93 % / 解説: needles - size range 40-60um x 3 um x 3 um
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 / 詳細: 1.7M Li2SO4, 0.1M TRIS pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.30167 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.30167 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→20.29 Å / Num. obs: 64896 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 65.87 % / B_iso Wilson estimate: 19.8071644844 Å² / CC_1/2: 0.971 / R split: 0.186 / Net I/σ(I): 25.9
反射シェル	解像度: 1.4→1.424 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.243 / Num. unique obs: 3172 / CC_1/2: 0.013 / R split: 1.369 / % possible all: 99.94
Serial crystallography sample delivery	手法: injection

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
cctbx.xfel		データ削減
PHASER		位相決定
cxi.merge		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BLZ

1blz

解像度: 1.4001→20.2839 Å / SU ML: 0.2247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.3254 / 位相誤差: 26.142
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2018	1931	3.0908 %
R_work	0.1686	60544	-
obs	0.1696	62475	96.479 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.0587 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4001→20.2839 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2601	0	30	178	2809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00765	2790
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.86889	3821
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07554	401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00617	511
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.60594	1008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4001-1.435	0.4282	91	0.4076	2764	X-RAY DIFFRACTION	62.7472
1.435-1.4738	0.3704	124	0.3891	3879	X-RAY DIFFRACTION	88.1718
1.4738-1.5172	0.3777	139	0.3427	4402	X-RAY DIFFRACTION	99.4307
1.5172-1.5661	0.3665	140	0.3117	4420	X-RAY DIFFRACTION	99.8905
1.5661-1.6221	0.2977	142	0.2772	4449	X-RAY DIFFRACTION	99.9347
1.6221-1.687	0.2737	142	0.253	4465	X-RAY DIFFRACTION	99.9783
1.687-1.7637	0.251	142	0.2231	4431	X-RAY DIFFRACTION	99.9563
1.7637-1.8566	0.2626	141	0.1998	4455	X-RAY DIFFRACTION	99.9348
1.8566-1.9729	0.2514	142	0.1746	4449	X-RAY DIFFRACTION	99.9347
1.9729-2.1251	0.2045	144	0.1517	4488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1251-2.3386	0.18	143	0.1426	4505	X-RAY DIFFRACTION	99.9785
2.3386-2.6764	0.177	143	0.1494	4499	X-RAY DIFFRACTION	99.9785
2.6764-3.3694	0.1758	146	0.1469	4573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3694-20.2839	0.1629	152	0.1342	4765	X-RAY DIFFRACTION	99.9797

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.80581356096	0.0026971240857	0.667160887224	6.97379058033	4.10511936265	6.39234504266	-0.0108990335503	-0.170280821245	0.0906087026914	0.115884517515	-0.0507437264707	0.0465389440694	0.0685004698526	-0.152722931648	0.101594514956	0.126130426098	-0.0286644326576	0.0317815931531	0.183345068409	0.0470752829003	0.121537651571	-16.1093772809	-3.22112765393	15.2327671171
2	2.35627545068	-0.25891378784	-0.931116178286	1.51527051712	-1.00475211326	5.15930369736	0.0111614417447	0.0905494874851	0.111967311196	-0.0820714893956	0.125504550591	0.172452852204	-0.236962138129	-0.578059491582	-0.163799858249	0.122027509211	-0.0354213779839	-0.0210188245656	0.165503743702	-0.00486844456576	0.164084569801	-22.5615640184	0.447246780155	-1.96396268708
3	6.43129601563	0.347353953273	-1.21984184848	5.67014179525	2.65552442641	5.25122176838	0.0664096488862	0.137682653206	0.216475015097	-0.223642147691	0.0390901972715	0.0873826594035	-0.322236546052	-0.130549799165	-0.0767105314734	0.275204732607	-0.0187177372724	-0.0026793614848	0.213012948407	0.0432302661163	0.130285510248	-11.331700518	6.4893541971	-24.4905640253
4	1.58488159773	1.52748222643	0.818464631945	5.71959173883	1.76631577379	2.70112842938	-0.142004855	0.184279229432	0.051606599012	-0.300983041418	0.160515839151	-0.102304703577	-0.329972528344	0.260040263501	-0.0389398139318	0.216901550206	-0.018740882781	0.00652711028431	0.19522255371	0.0257155018689	0.15019192402	-9.81513384897	6.34025501028	-15.103798539
5	5.12437401961	1.45673987802	-0.605756075684	2.27954802234	0.591462614077	2.28456383504	-0.0677612937238	0.687893334172	0.751956850343	-0.134643735953	-0.0121518978024	0.0746882174899	-0.750435178584	0.132212147304	0.124497612486	0.384797344151	-0.0131763247157	0.0051194151613	0.182952081893	0.0793704217484	0.217562601931	-9.68725661977	15.3517417383	-13.2595235178
6	0.839697269987	-0.594634836652	0.910537340586	1.89209164412	-1.91718051684	6.30455706803	-0.00896606659697	-0.0868608521559	0.114222135465	0.0185579698284	0.0225236484231	-0.0263985102589	-0.604532127865	0.0564722072128	0.0527346247563	0.221905693877	-0.0130416709	0.0219915785078	0.121608699791	-0.0257152634568	0.159844324157	-11.1433238972	9.58001895011	4.92162984161
7	1.57434047631	-0.143777052903	0.641672104744	1.25116462156	0.270091089398	2.29886989826	0.0252810885094	0.0100742714127	-0.127145997279	-0.0777770797955	0.0186892225455	0.0570514507529	0.0860722547628	0.0117739764511	-0.0504982280037	0.141645692562	-0.0119408283239	0.0142177272943	0.151358767642	0.00839994105285	0.165940870811	-11.3898789155	-9.33989596495	-3.1206080418
8	1.15580053226	0.343913347725	0.0747592894651	1.99353633544	0.0998348857063	2.30166704476	-0.0114654344087	0.0229130030948	0.0490785472148	0.0171686991763	-0.011576905643	-0.0421027898341	-0.145393478695	0.129273460886	0.0103788878444	0.100889200197	-0.0146299953529	0.0125073580154	0.130812302525	0.0217353347532	0.0994936255932	-9.66525905597	-1.6648190013	-3.96179549661
9	5.84630108672	2.88099049948	-5.7303343156	5.56164823137	-2.27578128904	5.71548421857	0.145948711395	-0.514571021546	-0.268113357419	0.426048905617	-0.262918254242	-0.0601231221707	0.348350589612	1.98838152607	0.172389176015	0.256466275736	-0.0406174331378	-0.0773799086702	0.595845656595	-0.004881619814	0.294476791207	7.39226010535	-1.22134925675	13.4162039984
10	4.28544345349	4.64720097772	4.34298480398	8.35395471902	7.15575284426	6.88887731637	-0.157101761428	0.291765777202	-0.11718506676	-0.457545415228	0.196305876537	-0.177025876075	-0.0768288736835	0.489850476783	-0.0238401008411	0.257610308109	-0.0223051660052	0.019342225914	0.342235804248	0.0491579989826	0.233645376208	0.717100649034	-1.17493712751	-8.60853375897

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 114 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 115 through 137 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 138 through 183 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 184 through 269 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 270 through 295 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 296 through 312 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 313 through 331 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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