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- PDB-6z9z: Atomic resolution X-ray structure of the Uridine phosphorylase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z9z
タイトルAtomic resolution X-ray structure of the Uridine phosphorylase from Vibrio cholerae on crystals grown under microgravity
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / ROSSMANN FOLD / MICROGRAVITY CONDITION
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / nucleoside catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Eistrikh-Heller, P.A. / Rubinsky, S.V. / Samygina, V.R. / Gabdulkhakov, A.G. / Lashkov, A.A.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research19-29-12054 ロシア
Ministry of Education and Science of the Russian Federation0026-2019-0002 ロシア
引用ジャーナル: Crystallography Reports / 年: 2021
タイトル: Crystallization in Microgravity and the Atomic-Resolution Structure of Uridine Phosphorylase from Vibrio cholerae
著者: Eistrikh-Heller, P.A. / Rubinsky, S.V. / Samygina, V.R. / Gabdulkhakov, A.G. / Kovalchuk, M.V. / Mironov, A.S. / Lashkov, A.A.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,37338
ポリマ－162,6546
非ポリマー1,71932
水30,0491668
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26600 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area46510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.186, 97.061, 93.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.965, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase


分子量: 27108.994 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: udp, udp_1, BC353_05040, C9J66_05900, D2927_05805, ERS013138_02408, ERS013140_00580, ERS013186_00327, ERS013199_00063, ERS013201_00032, ERS013202_00369, ERS013206_00377, FLM02_10845, FXF03_16695
プラスミド: pMZ21 / 細胞株 (発現宿主): AM201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K4U1, uridine phosphorylase

-
非ポリマー , 6種, 1700分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: counter-diffusion / pH: 8.5
詳細: 0.3 M MgCl2 x 6H2O, 19% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: GOL 30% / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.038→80.765 Å / Num. all: 683890 / Num. obs: 683890 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.057 / Rsym value: 0.049 / Net I/av σ(I): 8.1 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 2625866
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.04-1.093.90.7491386920985380.4280.8650.7491.897.9
1.09-1.163.90.4231.8365607942110.2450.490.4233.199.1
1.16-1.243.80.2792.7337358889340.1630.3240.2794.499.4
1.24-1.343.90.1973.7321046828940.1140.2280.197699.6
1.34-1.4740.1315.6303728764740.0750.1510.1318.399.8
1.47-1.643.80.0838.6260229693750.0490.0970.0831299.8
1.64-1.893.80.05612.4230678609800.0330.0650.05617.899.6
1.89-2.323.80.04115.9194219510800.0240.0470.0412798.6
2.32-3.283.60.03119.8144131395870.0180.0360.03133.898.7
3.28-46.6133.80.02523.381950218170.0140.0290.02542.798.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.38
最高解像度最低解像度
Rotation46.62 Å2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.7.02位相決定
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6eyp

6eyp


解像度: 1.04→46.61 Å / SU ML: 0.083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 13.212
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.142 33908 4.98 %
Rwork0.1256 647648 -
obs0.1264 681556 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→46.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11226 0 105 1668 12999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006912910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95517644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08812047
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00692330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0694959
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.04-1.050.262510820.248620450X-RAY DIFFRACTION93.86
1.05-1.060.241612810.226321209X-RAY DIFFRACTION97.77
1.06-1.070.232710710.228721335X-RAY DIFFRACTION97.77
1.07-1.090.219311100.204121456X-RAY DIFFRACTION98.11
1.09-1.10.199711500.187821444X-RAY DIFFRACTION98.41
1.1-1.120.196610550.178621515X-RAY DIFFRACTION98.48
1.12-1.130.198110890.177121546X-RAY DIFFRACTION98.54
1.13-1.150.167311240.158521567X-RAY DIFFRACTION98.47
1.15-1.170.184310980.155321546X-RAY DIFFRACTION98.76
1.17-1.190.156111620.145721479X-RAY DIFFRACTION98.86
1.19-1.210.150610970.133521707X-RAY DIFFRACTION99
1.21-1.230.153610910.134621565X-RAY DIFFRACTION98.85
1.23-1.250.131110560.119521701X-RAY DIFFRACTION99.13
1.25-1.280.145711220.122221709X-RAY DIFFRACTION99.14
1.28-1.310.148111690.126721695X-RAY DIFFRACTION99.2
1.31-1.340.13711090.116521658X-RAY DIFFRACTION99.37
1.34-1.370.128811900.115221727X-RAY DIFFRACTION99.31
1.37-1.410.132212150.113521565X-RAY DIFFRACTION99.48
1.41-1.450.136910810.110221855X-RAY DIFFRACTION99.57
1.45-1.50.126911890.102821739X-RAY DIFFRACTION99.6
1.5-1.550.120210520.102621821X-RAY DIFFRACTION99.52
1.55-1.610.117511160.100121792X-RAY DIFFRACTION99.64
1.61-1.690.12312510.103121682X-RAY DIFFRACTION99.59
1.69-1.770.122912110.107221731X-RAY DIFFRACTION99.48
1.77-1.890.12610620.109121812X-RAY DIFFRACTION99.38
1.89-2.030.129211350.114221621X-RAY DIFFRACTION98.58
2.03-2.240.127911000.114421691X-RAY DIFFRACTION98.76
2.24-2.560.135311350.117521537X-RAY DIFFRACTION98.16
2.56-3.220.144511910.12621652X-RAY DIFFRACTION98.51
3.22-46.610.144311140.132321841X-RAY DIFFRACTION98.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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