PDB-6z9o: Structure of [NiFeSe] hydrogenase G491S variant from Desulfovibri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z9o

タイトル

Structure of [NiFeSe] hydrogenase G491S variant from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough pressurized with Oxygen gas - structure G491A-O2-ld

要素

(Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / Selenium / gas channels / high-pressure derivatization

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome-c3 hydrogenase / ferredoxin hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.

資金援助

ポルトガル, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2020
タイトル: Exploring the gas access routes in a [NiFeSe] hydrogenase using crystals pressurized with krypton and oxygen.
著者: Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.

履歴

登録	2020年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6z9o.ent.gz	366 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6z9o_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z9o_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6z9o_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	6z9o_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/6z9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/6z9o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6z7rC 6z8jC 6z8mC 6z8oC 6z9gC 6za1C 5jskS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z8m-d 6za1-d 6rtp-d 3zea-d 3ze9-d 6z8o-1 6ru9-d 6z8j-2 6z8j-1 3ze8-d 6z7r-2 5jsh-d 6z9g-1 4kn9-2 5jsy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.3876052 / データの種類: diffraction image data

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#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
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類似性 (1)
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終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
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グロビンの進化 (Globin Evolution)
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胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
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ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit

B: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing

ヘテロ分子

85.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.096, 63.503, 109.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.739, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-493- HOH

-
Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit 分子量: 30261.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア) 株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: hysB, DVU_1917 発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) 参照: UniProt: Q72AS4, ferredoxin hydrogenase
#2: タンパク質	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing 分子量: 53365.086 Da / 分子数: 1 / Mutation: G491A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア) 株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: hysA, DVU_1918 発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) 参照: UniProt: Q72AS3, ferredoxin hydrogenase

#1: タンパク質

Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit

分子量: 30261.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: hysB, DVU_1917
発現宿主:

Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
参照: UniProt: Q72AS4, ferredoxin hydrogenase

#2: タンパク質

Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing

分子量: 53365.086 Da / 分子数: 1 / Mutation: G491A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: hysA, DVU_1918
発現宿主:

Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
参照: UniProt: Q72AS3, ferredoxin hydrogenase

-
非ポリマー , 9種, 295分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-6ML / oxygen-damaged SF4 分子量: 383.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄O₂S₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド分子量: 31.999 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O
#8: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#9: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#10: 化合物	ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.9 % / 解説: thin plates
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 20% PEG 1500 (w/v) and 0.1 mM Tris-HCl pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→50.98 Å / Num. obs: 137666 / % possible obs: 75.7 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 21 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.53→1.67 Å / R_merge(I) obs: 0.728 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4020 / CC_1/2: 0.502 / R_pim(I) all: 0.503 / % possible all: 17

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JSK

5jsk

解像度: 1.53→50.98 Å / SU ML: 0.1318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.29 / 位相誤差: 21.5968
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1846	6666	4.84 %
R_work	0.161	131000	-
obs	0.1621	137666	65.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→50.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5841	0	63	279	6183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0047	6149
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.093	8383
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0526	913
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	1085
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.8767	2301

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.55	0.3022	2	0.332	31	X-RAY DIFFRACTION	0.49
1.55-1.57	0.3321	8	0.3462	131	X-RAY DIFFRACTION	2.07
1.57-1.59	0.3335	19	0.2976	451	X-RAY DIFFRACTION	6.69
1.59-1.61	0.3373	33	0.3081	900	X-RAY DIFFRACTION	13.58
1.61-1.63	0.3464	78	0.305	1495	X-RAY DIFFRACTION	22.26
1.63-1.65	0.3165	141	0.2928	2020	X-RAY DIFFRACTION	31.9
1.65-1.67	0.2818	119	0.2859	2614	X-RAY DIFFRACTION	38.57
1.67-1.7	0.2846	142	0.2774	3131	X-RAY DIFFRACTION	48.01
1.7-1.73	0.2947	192	0.2767	3827	X-RAY DIFFRACTION	57.37
1.73-1.75	0.2811	248	0.2674	4452	X-RAY DIFFRACTION	68.15
1.75-1.78	0.2965	227	0.2595	5002	X-RAY DIFFRACTION	74.65
1.78-1.82	0.2857	263	0.2478	5076	X-RAY DIFFRACTION	76.23
1.82-1.85	0.2672	279	0.2424	5256	X-RAY DIFFRACTION	81.03
1.85-1.89	0.2343	265	0.2314	5549	X-RAY DIFFRACTION	82.93
1.89-1.93	0.2207	289	0.2099	5558	X-RAY DIFFRACTION	82.92
1.93-1.98	0.2163	254	0.1946	5428	X-RAY DIFFRACTION	83.22
1.98-2.02	0.2047	261	0.1811	5595	X-RAY DIFFRACTION	84.07
2.02-2.08	0.1805	329	0.1614	5502	X-RAY DIFFRACTION	83.8
2.08-2.14	0.1651	283	0.1521	5430	X-RAY DIFFRACTION	81.98
2.14-2.21	0.1631	254	0.1486	5456	X-RAY DIFFRACTION	82.08
2.21-2.29	0.1676	303	0.1403	5592	X-RAY DIFFRACTION	84.36
2.29-2.38	0.169	285	0.1404	5483	X-RAY DIFFRACTION	83.23
2.38-2.49	0.1678	310	0.1356	5854	X-RAY DIFFRACTION	88.64
2.49-2.62	0.1537	249	0.1297	5968	X-RAY DIFFRACTION	89.78
2.62-2.78	0.1636	285	0.1363	5901	X-RAY DIFFRACTION	88.94
2.78-3	0.1547	316	0.1348	5779	X-RAY DIFFRACTION	87.77
3-3.3	0.1807	293	0.1335	5862	X-RAY DIFFRACTION	88.28
3.3-3.78	0.1368	331	0.1305	5781	X-RAY DIFFRACTION	88.12
3.78-4.76	0.1784	305	0.1396	6063	X-RAY DIFFRACTION	91.15
4.76-50.98	0.1985	303	0.1774	5813	X-RAY DIFFRACTION	88.13

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.93111218849	0.19091900413	-0.129907021385	1.46801535736	-0.184025233142	1.45080098387	-0.00161927462004	0.0101156661857	-0.0848367754517	0.00609034431754	0.00153955979811	-0.0539384460206	0.136691632195	0.191878301696	-0.00989829151478	0.153884091122	0.0320992557868	-0.0094353214317	0.147369539611	-0.0117423900519	0.110507474659	7.17938955602	-29.4327409074	139.524635328
2	2.23908341725	0.694034323279	0.131387305621	1.6472258064	-0.41306245123	1.40378243687	-0.00906325458441	0.157625586262	-0.204837004612	-0.221341420736	-0.00425642128541	-0.0998903143209	0.281310369595	0.199630521513	0.0132738050482	0.238658008618	0.0574779503537	0.0039653374312	0.20363404085	-0.0621004752745	0.16246158592	10.7082551102	-33.2817553305	126.957892028
3	4.02588986191	-0.000199502463063	-2.81897962057	3.68310028305	-0.806821098812	5.7099509477	0.0826694726498	0.316102346937	-0.32707822811	-0.278582798629	-0.11588165808	0.199787386187	0.587808845246	-0.0911968473815	0.0195647903212	0.267876361819	0.0390041338426	-0.0245087848731	0.166641711081	-0.0838251098652	0.194759202327	7.29935530698	-39.3730939038	127.841705101
4	7.27508583121	-4.8640337191	0.162721265818	5.44219171838	-0.994991119784	1.3414064305	-0.0890594511575	-0.162886700775	-0.0348094587292	0.151761590285	0.0282912691172	-0.513524368634	0.181058707804	0.161256305707	0.0274894433686	0.197421806015	0.0316733321389	-0.00931989306363	0.216440033893	-0.0299110326071	0.172660265766	18.1605070007	-33.6664086038	149.901120381
5	1.49301684081	-1.19957314059	-0.185931837931	1.8968851818	-0.324559218264	1.92338479466	-0.211775761475	-0.323730543748	-0.0662077744886	0.375871307341	0.227901857059	0.203535577754	-0.050919530659	-0.100838645752	-0.00058579865889	0.195641592441	0.0238236104852	0.0343307835873	0.224510052895	0.00483819723471	0.173637304747	-4.94436286265	-21.8378533728	160.974898812
6	0.816010655152	0.359935965959	0.680955070513	2.25033331439	0.358245489905	2.28401597494	-0.0797089238283	-0.123959906348	-0.0433866991917	0.0623974827841	0.097443642298	0.0515595786113	-0.0190714172583	-0.110535716053	-0.00986018345768	0.138240518578	0.0297703636438	0.0143331856201	0.171454959486	0.000483200071931	0.132587397258	-3.77166925672	-21.369133768	153.664169273
7	2.44728675626	-0.436967753486	-0.672486063307	1.85047403605	-0.217779705864	6.7069764242	0.000997872899315	0.206741606821	-0.0815109152339	-0.194447105593	-0.0405375977147	-0.0686488173314	0.224787441795	-0.0603131906528	0.0274994653983	0.183532690798	0.00886409526035	-0.0156384723042	0.145856828692	-0.0400830773006	0.135139245686	5.0830517435	-23.1033020469	112.472012853
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10	3.03335815368	0.370102790725	-0.451128314062	1.01679408766	0.227263169568	3.59084630893	0.0305874163234	0.0945596098015	0.151047837847	-0.0601419672291	0.000663613175598	-0.0370386525788	-0.277530083287	-0.0560962115349	-0.0743842687639	0.21381015404	0.0110049308695	-0.0186841786656	0.0246686962622	0.0458648715629	0.162111391764	1.03145236544	-1.45578364073	123.20624014
11	1.24337896169	-0.0291033891124	-0.106668194501	3.23066646482	-0.537634007479	0.929175701391	0.0427921353774	0.158007915477	-0.138969517677	-0.194961556848	0.0427463885179	0.280000998431	0.0806179179572	-0.204054045208	-0.0872118168175	0.164642991332	0.00815426124131	-0.0697019264857	0.215333156912	-0.0194007401525	0.165812410574	-14.9714581887	-17.3232730463	118.688167614
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13	2.87947312725	0.261078352421	-0.54146649584	0.638117382672	0.119157604013	2.12760797603	-0.103997937276	0.0953333369039	-0.0685986244102	-0.0230462852313	-0.00240943075354	0.182223084615	-0.082337399161	-0.300092194649	0.108328472839	0.146006111192	0.0675537768936	-0.00876528873681	0.122974266767	0.0260238748559	0.196999027765	-16.9824991318	-10.1096839098	139.804690027

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and ((resid 5 through 46 ) or (resid 112 through 162 ) or (resid 286 through 287))	A	A - E	5 - 287	1
2	2	chain 'A' and (resid 47 through 96 )	A	A	47 - 96	46 - 98
3	3	chain 'A' and (resid 97 through 111 )	A	A	97 - 111	99 - 116
4	4	chain 'A' and (resid 163 through 192 )	A	A	163 - 192	168 - 197
5	5	chain 'A' and (resid 193 through 242 )	A	A	193 - 242	198 - 249
6	6	chain 'A' and ((resid 243 through 283 ) or (resid 284 through 285))	A	A - C	243 - 285	250
7	7	chain 'B' and (resid 14 through 49 )	B	F	14 - 49	1 - 41
8	8	chain 'B' and ((resid 50 through 180 ) or (resid 433 through 495 ) or (resid 500 through 504))	B	F - K	50 - 504	42
9	9	chain 'B' and (resid 181 through 219 )	B	F	181 - 219	179 - 217
10	10	chain 'B' and (resid 220 through 262 )	B	F	220 - 262	218 - 260
11	11	chain 'B' and (resid 263 through 329 )	B	F	263 - 329	261 - 329
12	12	chain 'B' and (resid 330 through 395 )	B	F	330 - 395	330 - 397
13	13	chain 'B' and (resid 396 through 432 )	B	F	396 - 432	398 - 436

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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