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万見
- PDB-6z9c: Structure of human POLDIP2, a multifaceted adaptor protein in met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z9c
タイトルStructure of human POLDIP2, a multifaceted adaptor protein in metabolism and genome stability
要素Polymerase delta-interacting protein 2
キーワードREPLICATION / POLDIP2 PDIP38 Mitochondria Nucleus Primpol DNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitotic cytokinesis / vascular associated smooth muscle cell proliferation / error-free translesion synthesis / negative regulation of macroautophagy / mitochondrial nucleoid / positive regulation of focal adhesion assembly / mitotic spindle assembly / positive regulation of mitotic cell cycle / mitochondrion organization / mitotic spindle ...positive regulation of mitotic cytokinesis / vascular associated smooth muscle cell proliferation / error-free translesion synthesis / negative regulation of macroautophagy / mitochondrial nucleoid / positive regulation of focal adhesion assembly / mitotic spindle assembly / positive regulation of mitotic cell cycle / mitochondrion organization / mitotic spindle / cell-cell junction / midbody / mitochondrial matrix / mitochondrion / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Hemimethylated DNA-binding domain / Hemimethylated DNA-binding domain superfamily / Hemimethylated DNA-binding protein YccV like / Hemimethylated DNA-binding protein YccV like / ApaG domain / ApaG domain / ApaG domain superfamily / ApaG domain / ApaG domain profile. / Immunoglobulin-like ...Hemimethylated DNA-binding domain / Hemimethylated DNA-binding domain superfamily / Hemimethylated DNA-binding protein YccV like / Hemimethylated DNA-binding protein YccV like / ApaG domain / ApaG domain / ApaG domain superfamily / ApaG domain / ApaG domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase delta-interacting protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kulik, A.A. / Maruszczak, K. / Nabi, N.L.M. / Bingham, R.J. / Cooper, C.D.O.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure and molecular dynamics of human POLDIP2, a multifaceted adaptor protein in metabolism and genome stability.
著者: Kulik, A.A. / Maruszczak, K.K. / Thomas, D.C. / Nabi-Aldridge, N.L.A. / Carr, M. / Bingham, R.J. / Cooper, C.D.O.
履歴
登録2020年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase delta-interacting protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0432
ポリマ－37,0201
非ポリマー231
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Confirmed monomeric protein by size exclusion chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.138, 120.138, 49.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Polymerase delta-interacting protein 2 / 38 kDa DNA polymerase delta interaction protein / p38


分子量: 37020.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLDIP2, PDIP38, POLD4, HSPC017 / プラスミド: pNH-TrxT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 pRARE2 / 参照: UniProt: Q9Y2S7
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Calcium acetate hydrate 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5 40% (v/v) PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月22日 / 詳細: Microfocus Source
放射モノクロメーター: MULTILAYER MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.687→104.042 Å / Num. obs: 11561 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.159 / Rsym value: 0.147 / Net I/av σ(I): 5 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.69-2.833.72.0490.4605216561.2162.3972.0490.798.7
2.83-34.40.7991701515900.4240.9090.7991.999.7
3-3.215.70.461.7837014730.2080.5060.463.799.9
3.21-3.478.40.2932.61190914100.1050.3120.2937.2100
3.47-3.89.10.184.31168212850.0620.1910.1811.7100
3.8-4.259.20.1146.71063411590.0390.1210.11417.8100
4.25-4.919.20.0710.7959810430.0240.0740.0728.6100
4.91-6.0190.07310.279428800.0250.0770.07327.4100
6.01-8.590.06411.862276930.0220.0680.06431.4100
8.5-23.8698.10.03320.729983720.0120.0350.03357.194.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.69 Å23.87 Å
Translation2.69 Å23.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PROTEUM2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VBV, 5HDW

1vbv
PDB 未公開エントリ

5hdw


解像度: 2.8→23.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 16.946 / SU ML: 0.313 / SU R Cruickshank DPI: 0.9236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.924 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2881 524 5.1 %RANDOM
Rwork0.2163 ---
obs0.2199 9711 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.52 Å2 / Biso mean: 42.602 Å2 / Biso min: 7.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.1 Å2-0 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→23.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2130 0 1 24 2155
Biso mean--29.38 24.4 -
残基数----258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0132226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0172015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.6493023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1781.5754647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.065261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.17319.857140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.48715362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1331524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02550
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 52 -
Rwork0.39 702 -
all-754 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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