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- PDB-6z8g: Crystal structure of VSG13 soaked in 0.5 M used to phase VSG13 to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z8g
タイトルCrystal structure of VSG13 soaked in 0.5 M used to phase VSG13 to solve the structure.
要素Variant surface glycoprotein MITat 1.13
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Variant Surface Glycoprotein / Immune Recognition / Immune Evasion / Trypanosomiasis
機能・相同性Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / evasion of host immune response / plasma membrane / BROMIDE ION / Variant surface glycoprotein MITat 1.13
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Stebbins, C.E. / Hempelmann, A. / Van Straaten, M. / Zeelen, J.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Structure of trypanosome coat protein VSGsur and function in suramin resistance.
著者: Zeelen, J. / van Straaten, M. / Verdi, J. / Hempelmann, A. / Hashemi, H. / Perez, K. / Jeffrey, P.D. / Halg, S. / Wiedemar, N. / Maser, P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein MITat 1.13
B: Variant surface glycoprotein MITat 1.13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,97428
ポリマ－107,5432
非ポリマー3,43126
水9,530529
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14720 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area28540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.148, 68.407, 157.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Variant surface glycoprotein MITat 1.13


分子量: 53771.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q58NS4
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Purified methylated VSG13 N-terminal domain was concentrated to 2.5 mg/ml in 10mM Tris.Cl pH 8.0. Crystals were grown at 23C by vapour diffusion using hanging drops formed from mixing a 1:1 ...詳細: Purified methylated VSG13 N-terminal domain was concentrated to 2.5 mg/ml in 10mM Tris.Cl pH 8.0. Crystals were grown at 23C by vapour diffusion using hanging drops formed from mixing a 1:1 volume ratio of the protein with an equilibration buffer consisting of 1.8-2.0M (NH4)2SO4, 100mM Tris.Cl pH 8.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→52.55 Å / Num. obs: 109295 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 19.34 Å2 / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 18.77
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å / Num. unique obs: 109295 / CC1/2: 0.983

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
xia2データ削減
SHELXDE位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.56→52.55 Å / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.68
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 3905 1.85 %
Rwork0.226 207180 -
obs0.226 109077 95.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.38 Å2 / Biso mean: 32.92 Å2 / Biso min: 15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.56→52.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5142 0 128 529 5799
Biso mean--38.89 41.22 -
残基数----695
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.56-1.580.3981870.39285067515464
1.58-1.60.34371060.37685136524268
1.6-1.620.36131280.36045998612676
1.62-1.640.371410.34276347648884
1.64-1.670.3321240.3367138726292
1.67-1.690.30791450.3297645779098
1.69-1.720.33991290.309876877816100
1.72-1.750.28221400.305477617901100
1.75-1.780.30241640.309575907754100
1.78-1.810.25211310.296378677998100
1.81-1.840.25751420.28875697711100
1.84-1.880.27361390.278177817920100
1.88-1.920.24881460.272576597805100
1.92-1.970.24641610.258576987859100
1.97-2.010.28761190.254878757994100
2.01-2.070.32321490.255776187767100
2.07-2.130.2431450.250177347879100
2.13-2.20.26661370.240778307967100
2.2-2.280.29881300.238477157845100
2.28-2.370.30061430.235576767819100
2.37-2.480.24141670.226176787845100
2.48-2.610.24791440.231977597903100
2.61-2.770.23031300.225777637893100
2.77-2.980.23921530.226677717924100
2.98-3.280.21191440.204976487792100
3.28-3.760.17011590.180977277886100
3.76-4.740.16051660.15977037869100
4.74-52.550.19891360.193777407876100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00670.01080.02320.10190.1560.2502-0.1953-0.0654-0.22480.1152-0.11030.21370.7037-0.52460.1250.5537-0.21940.13150.3709-0.07190.37431.053946.709553.8033
22.0883-0.008-1.91660.37030.1172.7603-0.2063-0.1416-0.21580.1264-0.0273-0.06180.33270.04110.14850.3343-0.03690.00610.1587-0.01250.25554.63352.19128.1601
31.7078-0.4877-1.63810.47680.50122.51950.02420.0968-0.0482-0.0248-0.0931-0.01770.1568-0.25090.12860.2812-0.07780.00630.1661-0.03240.226448.051353.550623.6701
40.5649-0.0629-0.87310.60170.57692.7595-0.27310.0188-0.16390.1217-0.09110.03080.6345-0.44090.20330.2266-0.098-0.00770.4165-0.05110.233823.616759.010173.9808
51.9772-0.5033-1.0421.03630.45492.4589-0.1665-0.1687-0.08730.1285-0.07640.10890.5775-0.25310.22440.3309-0.07120.04910.356-0.02430.234929.512655.851375.1999
60.0096-0.0625-0.12320.40960.80031.5958-0.1326-0.1785-0.13350.2667-0.0098-0.01060.6915-0.25110.17940.8106-0.10010.13640.51890.01850.426735.621441.256454.2
71.40870.4498-1.31191.72511.10863.9134-0.14630.2835-0.3539-0.0756-0.12520.14250.5355-0.45510.26031.0049-0.34030.17790.5718-0.11670.499228.024342.207943.6644
80.2983-0.206-0.06550.55910.61250.8294-0.0333-0.17950.00090.2481-0.16830.22240.2761-0.47490.09830.4212-0.32820.07640.6861-0.15460.301315.376352.590870.6194
90.01570.10970.06210.77210.43910.2512-0.0924-0.0323-0.15750.0849-0.05630.23340.4101-0.48110.09580.8209-0.40970.3120.9286-0.12270.51665.469552.862191.5412
100.34020.1222-0.26950.4482-0.04980.5304-0.1340.0931-0.18650.1265-0.16670.17030.3989-0.57520.14830.3409-0.26580.05710.5773-0.11420.322117.904252.325363.0978
110.0151-0.0688-0.11340.330.63081.2472-0.0496-0.0383-0.1092-0.0798-0.15680.10680.5135-0.23470.15240.4521-0.08640.0230.2097-0.02020.273851.216143.311818.717
121.2076-0.3272-0.73891.42890.42820.7159-0.01270.3225-0.2617-0.1316-0.0573-0.08470.505-0.2574-0.00490.6022-0.06640.05610.1024-0.05560.30756.573239.35837.3976
130.74470.2175-0.39351.10580.09071.5332-0.0026-0.1948-0.12980.0854-0.0169-0.35340.33970.22580.03290.2130.0127-0.03090.1571-0.00930.290669.719155.916223.6112
142.4877-1.3563-2.5344.20110.92146.00680.02320.1185-0.2188-0.30020.0289-0.06410.20420.183-0.0620.3861-0.04980.11510.4125-0.1120.455471.847766.43649.9487
150.9561-0.2898-1.06230.38090.36392.06290.12180.07570.1027-0.0035-0.01260.051-0.2436-0.3930.03790.1842-0.027-0.03460.2474-0.01260.243439.804472.149343.191
161.3573-0.1416-0.53251.774-0.23374.1910.06660.116-0.0508-0.27950.0867-0.1866-0.13530.1910.0310.2417-0.0571-0.03390.1431-0.00650.2258.386966.914312.4592
170.96730.1803-1.04370.6972-0.34533.2622-0.0187-0.06210.0018-0.1720.032-0.0705-0.01670.06230.02270.1912-0.0422-0.02630.147-0.02370.226459.559969.197924.2586
181.67240.0192-0.96070.409-0.09311.3393-0.1342-0.0047-0.1029-0.0819-0.01480.04570.1709-0.24460.08150.1445-0.059-0.03190.2673-0.02520.195636.419264.294852.7666
193.75130.5364-0.77141.3888-0.55442.75790.0963-0.04680.17870.11980.02370.152-0.044-0.4948-0.00380.1280.018-0.02010.635-0.02010.272316.647767.150869.8643
200.96360.4103-0.43160.4227-0.41161.2669-0.0573-0.0123-0.01520.1312-0.17880.220.1598-0.5165-0.06570.1091-0.42250.10561.2027-0.28950.4442.575561.016583.6307
211.26410.36620.45670.81680.05790.74750.0253-0.12850.14960.0004-0.18320.2180.0324-0.4192-0.13280.108-0.0522-0.04850.7442-0.09330.292513.863967.016564.52
220.86350.6599-1.62470.7988-0.81383.70190.0491-0.11270.0466-0.05990.0393-0.1392-0.336-0.02570.00120.3136-0.03240.00750.3031-0.04840.320541.158778.467655.1837
231.5067-0.0789-0.67110.32590.15481.4494-0.018-0.27110.11380.2987-0.03280.2468-0.134-0.70010.00820.0560.0244-0.02850.7792-0.0950.274413.987770.753584.915
24-0.088-0.1007-0.09830.23690.09840.995-0.0170.01810.00940.00750.01490.0257-0.1275-0.29770.01030.1155-0.0077-0.05470.2877-0.02650.19235.684971.520261.3193
250.9668-0.3637-0.41891.45050.05171.27250.0801-0.02040.0203-0.4518-0.137-0.2226-0.14810.3296-0.09140.2446-0.05740.01260.2125-0.0410.359774.358877.019718.9116
262.60070.2529-0.61370.7832-0.2151.10950.0658-0.01170.5309-0.11080.0450.0516-0.47650.1659-0.06270.3671-0.0515-0.02240.1139-0.010.297760.949584.805516.3934
270.7884-0.1826-0.38461.29640.33481.8269-0.07840.1872-0.0461-0.2478-0.09110.22280.1613-0.33160.08240.2567-0.0617-0.03940.1997-0.0210.241750.13762.74548.1125
281.17110.5679-0.35271.62430.2822.4433-0.08210.1581-0.101-0.2705-0.0247-0.25610.29520.21090.05420.3955-0.02760.08650.19340.02780.344863.314353.55084.3126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 28:45)A28 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 46:80)A46 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 81:111)A81 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 112:152)A112 - 152
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 153:166)A153 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 167:179)A167 - 179
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 180:187)A180 - 187
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 188:205)A188 - 205
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 206:217)A206 - 217
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 218:280)A218 - 280
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 281:298)A281 - 298
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 299:334)A299 - 334
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 335:379)A335 - 379
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 380:384)A380 - 384
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 28:65)B28 - 65
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 66:79)B66 - 79
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 80:103)B80 - 103
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 104:129)B104 - 129
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 130:135)B130 - 135
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 136:149)B136 - 149
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 150:172)B150 - 172
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 175:190)B175 - 190
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 191:217)B191 - 217
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 218:296)B218 - 296
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN B AND RESID 297:318)B297 - 318
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN B AND RESID 319:338)B319 - 338
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN B AND RESID 339:378)B339 - 378
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN B AND RESID 379:384)B379 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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