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- PDB-6z8a: Outer membrane FoxA in complex with nocardamine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z8a
タイトルOuter membrane FoxA in complex with nocardamine
要素Ferrioxamine receptor FoxA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TonB-dependent transporter Outer membrane transporter Siderophore uptake transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore-iron import into cell / siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / outer membrane / cell outer membrane / signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6L0 / : / Metal-pseudopaline receptor CntO
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Josts, I. / Tidow, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Nocardamine-Dependent Iron Uptake in Pseudomonas aeruginosa : Exclusive Involvement of the FoxA Outer Membrane Transporter.
著者: Normant, V. / Josts, I. / Kuhn, L. / Perraud, Q. / Fritsch, S. / Hammann, P. / Mislin, G.L.A. / Tidow, H. / Schalk, I.J.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrioxamine receptor FoxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6077
ポリマ－85,5861
非ポリマー1,0216
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area26030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.222, 95.222, 178.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ferrioxamine receptor FoxA


分子量: 85585.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: foxA, PA2466 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I116

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非ポリマー , 5種, 14分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-6L0 / (8E)-6,17,28-trihydroxy-1,6,12,17,23,28-hexaazacyclotritriacont-8-ene-2,5,13,16,24,27-hexone


分子量: 598.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46N6O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES, 0.3% octyl glucopyranoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→82.465 Å / Num. obs: 14984 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.95→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 2.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 750 / CC1/2: 0.697 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I98

6i98


解像度: 2.95→82.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.816 / SU B: 41.287 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.552 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2702 709 4.7 %RANDOM
Rwork0.2348 ---
obs0.2365 14274 73.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.88 Å2 / Biso mean: 64.968 Å2 / Biso min: 39.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.05 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→82.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5325 0 62 8 5395
Biso mean--72.79 55.18 -
残基数----677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0135509
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0561.6537471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4341.59511183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.3785676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59122.571315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.52615858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.961535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021221
LS精密化 シェル解像度: 2.951→3.027 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 17 -
Rwork0.343 388 -
all-405 -
obs--27.22 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -35.8652 Å / Origin y: 5.2978 Å / Origin z: -11.5532 Å
111213212223313233
T0.1532 Å2-0.009 Å20.016 Å2-0.0539 Å2-0.0109 Å2--0.0649 Å2
L1.3583 °20.3834 °2-0.8124 °2-1.7902 °2-0.4686 °2--1.7514 °2
S-0.0921 Å °0.1638 Å °-0.2576 Å °-0.0303 Å °-0.1189 Å °-0.2301 Å °0.2161 Å °0.0647 Å °0.211 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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