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- PDB-6z7w: Human insulin in complex with the analytical antibody HUI-018 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z7w
タイトルHuman insulin in complex with the analytical antibody HUI-018 Fab
要素
  • (Insulin) x 2
  • HUI-018 Fab Heavy Chain
  • MAb 6H10 light chain
キーワードHORMONE / complex / insulin / analytical antibody / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of acute inflammatory response / alpha-beta T cell activation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of protein secretion / regulation of protein localization to plasma membrane / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of gluconeogenesis / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / neuron projection maintenance / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of glycolytic process / activation of protein kinase B activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / Regulation of insulin secretion / acute-phase response / endosome lumen / positive regulation of protein secretion / positive regulation of glucose import / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of proteolysis / regulation of transmembrane transporter activity / insulin-like growth factor receptor binding / wound healing / insulin receptor binding / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / cognition / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / vasodilation / glucose metabolic process / regulation of protein localization / insulin receptor signaling pathway / cell-cell signaling / glucose homeostasis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Johansson, E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Insulin binding to the analytical antibody sandwich pair OXI-005 and HUI-018: Epitope mapping and binding properties.
著者: Johansson, E. / Wu, X. / Yu, B. / Yang, Z. / Cao, Z. / Wiberg, C. / Jeppesen, C.B. / Poulsen, F.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAb 6H10 light chain
B: HUI-018 Fab Heavy Chain
C: MAb 6H10 light chain
D: HUI-018 Fab Heavy Chain
E: MAb 6H10 light chain
F: HUI-018 Fab Heavy Chain
G: MAb 6H10 light chain
H: HUI-018 Fab Heavy Chain
I: Insulin
J: Insulin
K: Insulin
L: Insulin
M: Insulin
N: Insulin
O: Insulin
P: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,39416
ポリマ－213,39416
非ポリマー00
水12,845713
1
A: MAb 6H10 light chain
B: HUI-018 Fab Heavy Chain
I: Insulin
J: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3494
ポリマ－53,3494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: MAb 6H10 light chain
B: HUI-018 Fab Heavy Chain
G: MAb 6H10 light chain
H: HUI-018 Fab Heavy Chain
I: Insulin
J: Insulin
O: Insulin
P: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6978
ポリマ－106,6978
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MAb 6H10 light chain
D: HUI-018 Fab Heavy Chain
K: Insulin
L: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3494
ポリマ－53,3494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: MAb 6H10 light chain
D: HUI-018 Fab Heavy Chain
E: MAb 6H10 light chain
F: HUI-018 Fab Heavy Chain
K: Insulin
L: Insulin
M: Insulin
N: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6978
ポリマ－106,6978
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: MAb 6H10 light chain
F: HUI-018 Fab Heavy Chain
M: Insulin
N: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3494
ポリマ－53,3494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
G: MAb 6H10 light chain
H: HUI-018 Fab Heavy Chain
O: Insulin
P: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3494
ポリマ－53,3494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.230, 216.610, 101.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 1 through 213)
d_2ens_1chain "C"
d_3ens_1(chain "E" and resid 1 through 213)
d_4ens_1(chain "G" and resid 1 through 213)
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 130 or resid 138 through 216))
d_2ens_2chain "D"
d_3ens_2(chain "F" and resid 1 through 216)
d_4ens_2(chain "H" and (resid 1 through 130 or resid 138 through 216))
d_1ens_3chain "J"
d_2ens_3chain "L"
d_3ens_3(chain "N" and resid 5 through 28)
d_4ens_3(chain "P" and resid 5 through 28)
d_1ens_4chain "K"
d_2ens_4chain "M"
d_3ens_4chain "O"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPGLUA1 - 213
d_21ens_1ASPGLUC1 - 213
d_31ens_1ASPGLUE1 - 213
d_41ens_1ASPGLUG1 - 213
d_11ens_2GLNPROB1 - 134
d_12ens_2SERPROB138 - 216
d_21ens_2GLNPROD1 - 213
d_31ens_2GLNPROF1 - 213
d_41ens_2GLNPROH1 - 134
d_42ens_2SERPROH138 - 216
d_11ens_3HISPROJ1 - 24
d_21ens_3HISPROL1 - 24
d_31ens_3HISPRON1 - 24
d_41ens_3HISPROP2 - 25
d_11ens_4GLYASNK1 - 21
d_21ens_4GLYASNM1 - 21
d_31ens_4GLYASNO1 - 21

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

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要素

#1: 抗体
MAb 6H10 light chain


分子量: 23809.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: LC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
HUI-018 Fab Heavy Chain


分子量: 23721.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド
Insulin


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308
#4: タンパク質・ペプチド
Insulin


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M Hepes, pH 7, 20 % (v/w) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→29.9 Å / Num. obs: 77030 / % possible obs: 96.78 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 34.51 Å2 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.07496 / Rrim(I) all: 0.1313 / Net I/σ(I): 9.06
反射 シェル解像度: 2.42→2.597 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7945 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 17424 / CC1/2: 0.565 / CC star: 0.85 / Rpim(I) all: 0.6057 / Rrim(I) all: 1.004 / % possible all: 90.97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 1200000000 / 解像度: 2.42→29.87 Å / SU ML: 0.4385 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.92 / 位相誤差: 31.9015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2746 3581 2.53 %
Rwork0.2093 --
obs0.2109 77014 89.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14579 0 0 713 15292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009814911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.346620300
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06582315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00912590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.22395299
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.78453811597
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.95904421613
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.778384878914
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.876134102385
ens_2d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.0809613821
ens_2d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.856144309232
ens_3d_2JX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.63170219855
ens_3d_3JX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.47540600251
ens_3d_4JX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.66656843668
ens_4d_2KX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.06282542696
ens_4d_3KX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.15016509493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.450.41000.36033870X-RAY DIFFRACTION66.94
2.45-2.480.41771220.35125228X-RAY DIFFRACTION86.89
2.48-2.520.42781420.32855293X-RAY DIFFRACTION87.89
2.52-2.560.4021320.31685168X-RAY DIFFRACTION89.36
2.56-2.60.37941480.32065374X-RAY DIFFRACTION89.7
2.6-2.640.35271340.30345387X-RAY DIFFRACTION90.17
2.64-2.680.36911400.29925295X-RAY DIFFRACTION90.03
2.68-2.730.34821300.29095317X-RAY DIFFRACTION89.84
2.73-2.790.34751390.27735465X-RAY DIFFRACTION91.46
2.79-2.840.35591420.28485324X-RAY DIFFRACTION91.33
2.84-2.90.42991540.27125394X-RAY DIFFRACTION91.04
2.9-2.970.37461510.25075491X-RAY DIFFRACTION92.16
2.97-3.050.27511370.23715314X-RAY DIFFRACTION90.97
3.05-3.130.27881400.22315565X-RAY DIFFRACTION92.55
3.13-3.220.31581440.21425382X-RAY DIFFRACTION91.84
3.22-3.320.27561430.21585508X-RAY DIFFRACTION91.78
3.32-3.440.30341350.2035424X-RAY DIFFRACTION92.42
3.44-3.580.27661530.18945484X-RAY DIFFRACTION91.7
3.58-3.740.22811350.185414X-RAY DIFFRACTION92.01
3.74-3.940.26431370.17145428X-RAY DIFFRACTION91.86
3.94-4.190.22761370.15955487X-RAY DIFFRACTION91.45
4.19-4.510.17391300.14255294X-RAY DIFFRACTION90.04
4.51-4.960.2011390.14245336X-RAY DIFFRACTION89.7
4.96-5.670.20781460.15815377X-RAY DIFFRACTION90.79
5.67-7.130.24641430.1895346X-RAY DIFFRACTION90.49
7.13-29.870.18181280.17425275X-RAY DIFFRACTION89

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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