PDB-6z7m: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 (3R,4R)-N-cyclohexyl-4-((3-m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z7m

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 (3R,4R)-N-cyclohexyl-4-((3-methyl-2-oxo-1,2-dihydro-1,7-naphthyridin-8-yl)amino)piperidine-3-carboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: GSK789: A Selective Inhibitor of the First Bromodomains (BD1) of the Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Proteins.
著者: Watson, R.J. / Bamborough, P. / Barnett, H. / Chung, C.W. / Davis, R. / Gordon, L. / Grandi, P. / Petretich, M. / Phillipou, A. / Prinjha, R.K. / Rioja, I. / Soden, P. / Werner, T. / Demont, E.H.

履歴

登録	2020年5月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z7m.cif.gz	50.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z7m.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z7m_validation.pdf.gz	801.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z7m_full_validation.pdf.gz	802.1 KB	表示
XML形式データ	6z7m_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	6z7m_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z7lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zyu-2 6mh1-1 4nqm-d 5d3j-d 4z1s-2 5dx4-d 5ti5-d 6vuc-d 4ioo-d 6ps9-d 4bw1-d 5d3h-d 5ovb-2 5oww-3 4o7c-d 4z1q-1 4o75-d 4hby-d 4o7b-d 5ti4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.430, 48.980, 61.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-QAZ / (3R,4R)-N-cyclohexyl-4-((3-methyl-2-oxo-1,2-dihydro-1,7-naphthyridin-8-yl)amino)piperidine-3-carboxamide / (3~{R},4~{R})-~{N}-cyclohexyl-4-[(3-methyl-2-oxidanylidene-1~{H}-1,7-naphthyridin-8-yl)amino]piperidine-3-carboxamide 分子量: 383.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Hepes pH 7.0, 5% MgCl2, 20% PEG6K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→16.66 Å / Num. obs: 35636 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 1.26→1.29 Å / R_merge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2463 / CC_1/2: 0.818 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house structure

解像度: 1.26→16.657 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 0.902 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2138	1782	5.01 %
R_work	0.1957	33784	-
all	0.197	-	-
obs	-	35566	98.858 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.953 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.482 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.325 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.807 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→16.657 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1046	0	28	258	1332

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.159	1.665	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.176	1.614	2468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.919	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.481	25.088	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.934	15	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.661	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.2	897
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.064	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.132	2.437	507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.132	2.431	506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.923	5.471	634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.921	5.481	635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.394	2.648	625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.395	2.65	624
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.353	5.813	909
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.351	5.812	910
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.513	24.105	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.886	22.232	1348

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.26-1.293	0.279	117	0.287	2326	0.286	2575	0.845	0.86	94.8738	0.258
1.293-1.328	0.262	128	0.271	2372	0.271	2561	0.89	0.882	97.6181	0.239
1.328-1.366	0.286	116	0.26	2340	0.262	2481	0.87	0.885	98.9923	0.224
1.366-1.408	0.31	120	0.249	2266	0.252	2395	0.866	0.892	99.6242	0.214
1.408-1.454	0.311	111	0.241	2214	0.244	2336	0.893	0.909	99.5291	0.208
1.454-1.504	0.216	97	0.221	2143	0.221	2249	0.926	0.93	99.5998	0.191
1.504-1.56	0.226	126	0.22	2063	0.22	2201	0.931	0.936	99.4548	0.189
1.56-1.624	0.235	102	0.208	2004	0.209	2112	0.926	0.938	99.7159	0.182
1.624-1.695	0.232	96	0.206	1918	0.207	2023	0.938	0.943	99.5551	0.186
1.695-1.777	0.237	92	0.207	1831	0.208	1931	0.934	0.943	99.5857	0.189
1.777-1.872	0.197	107	0.199	1754	0.199	1868	0.945	0.945	99.6253	0.185
1.872-1.984	0.257	102	0.206	1653	0.209	1759	0.926	0.941	99.7726	0.196
1.984-2.119	0.209	70	0.185	1566	0.186	1654	0.941	0.945	98.9117	0.182
2.119-2.285	0.196	85	0.188	1448	0.188	1551	0.94	0.943	98.8395	0.189
2.285-2.499	0.226	68	0.19	1356	0.192	1428	0.929	0.947	99.7199	0.193
2.499-2.786	0.183	63	0.188	1254	0.188	1321	0.955	0.953	99.6972	0.198
2.786-3.202	0.227	66	0.179	1091	0.181	1164	0.939	0.952	99.3986	0.196
3.202-3.886	0.187	57	0.165	937	0.166	1012	0.964	0.967	98.2213	0.184
3.886-5.352	0.16	37	0.162	751	0.162	814	0.98	0.972	96.8059	0.195
5.352-16.657	0.18	22	0.196	497	0.196	520	0.971	0.966	99.8077	0.229

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関連情報:EMDBヘッダ

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