PDB-6z7e: Variant Surface Glycoprotein VSGsur mutant H122A soaked in 7.7 mM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z7e

タイトル

Variant Surface Glycoprotein VSGsur mutant H122A soaked in 7.7 mM suramin

要素

Variant surface glycoprotein Sur

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Drug resistance Glycosylation VSG

機能・相同性

Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / side of membrane / plasma membrane / Variant surface glycoprotein Sur

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.663 Å

データ登録者

Zeelen, J.P. / Straaten van, M. / Stebbins, C.E.

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Structure of trypanosome coat protein VSGsur and function in suramin resistance.
著者: Zeelen, J. / van Straaten, M. / Verdi, J. / Hempelmann, A. / Hashemi, H. / Perez, K. / Jeffrey, P.D. / Halg, S. / Wiedemar, N. / Maser, P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2020年5月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z7e.cif.gz	158.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z7e.ent.gz	121.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z79SC 6z7bC 6z7cC 6z7dC 6z8gC 6z8hC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z7d-1 6z7b-d 6z7c-1 6z79-1 3oex-d 3bdy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Variant surface glycoprotein Sur

ヘテロ分子

53.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Variant surface glycoprotein Sur

ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein Sur

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.936, 71.033, 130.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-844- HOH

#1: タンパク質

Variant surface glycoprotein Sur

分子量: 52401.016 Da / 分子数: 1 / 変異: H122A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
遺伝子: VSGsur
発現宿主:

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A291L8F4

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 19-24 % PEG 400 100 mM TEA/HCl pH=7.5 10 % (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.663→39.16 Å / Num. obs: 52136 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.44
反射シェル	解像度: 1.663→1.723 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5028 / CC_1/2: 0.559

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Z79

6z79

解像度: 1.663→39.16 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2083	4941	4.99 %
R_work	0.1845	94024	-
obs	0.1857	52131	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.29 Å² / B_iso mean: 39.0156 Å² / B_iso min: 13.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.663→39.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2609	0	61	283	2953
B_iso mean	-	-	30	41.27	-
残基数	-	-	-	-	356

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.66-1.68	0.3213	156	0.3093	2973	3129	94
1.68-1.7	0.3296	163	0.3036	3100	3263	100
1.7-1.72	0.3097	161	0.2926	3140	3301	100
1.72-1.74	0.34	166	0.2894	3194	3360	100
1.74-1.77	0.267	159	0.2861	3097	3256	100
1.77-1.79	0.2751	159	0.2662	3175	3334	100
1.79-1.82	0.2768	164	0.2559	3164	3328	100
1.82-1.84	0.3117	164	0.2494	3099	3263	100
1.84-1.87	0.27	164	0.229	3183	3347	100
1.87-1.9	0.2346	167	0.2235	3107	3274	100
1.9-1.94	0.252	173	0.2092	3144	3317	100
1.94-1.97	0.2095	162	0.19	3147	3309	100
1.97-2.01	0.2034	163	0.1977	3092	3255	100
2.01-2.05	0.2151	166	0.1774	3187	3353	100
2.05-2.1	0.1989	164	0.1849	3117	3281	100
2.1-2.14	0.1872	169	0.1801	3152	3321	100
2.14-2.2	0.1936	166	0.1635	3153	3319	100
2.2-2.26	0.1859	164	0.1615	3139	3303	100
2.26-2.32	0.2062	167	0.1661	3119	3286	100
2.32-2.4	0.2515	164	0.1686	3136	3300	100
2.4-2.48	0.1899	168	0.1642	3146	3314	100
2.48-2.58	0.1609	166	0.1687	3132	3298	100
2.58-2.7	0.2162	163	0.1673	3133	3296	100
2.7-2.84	0.242	170	0.1775	3150	3320	100
2.84-3.02	0.1943	165	0.182	3133	3298	100
3.02-3.25	0.1697	169	0.1775	3157	3326	100
3.26-3.58	0.1972	170	0.1709	3136	3306	100
3.58-4.1	0.1923	163	0.1565	3135	3298	100
4.1-5.16	0.1585	163	0.1603	3132	3295	100
5.17-44.17	0.2442	163	0.2075	3152	3315	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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