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- PDB-6z7b: Variant Surface Glycoprotein VSGsur bound to suramin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z7b
タイトルVariant Surface Glycoprotein VSGsur bound to suramin
要素Variant surface glycoprotein Sur
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Drug resistance Glycosylation VSG
機能・相同性Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / side of membrane / plasma membrane / Chem-SVR / Variant surface glycoprotein Sur
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Zeelen, J.P. / Straaten van, M. / Stebbins, C.E. / Jeffrey, P.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Structure of trypanosome coat protein VSGsur and function in suramin resistance.
著者: Zeelen, J. / van Straaten, M. / Verdi, J. / Hempelmann, A. / Hashemi, H. / Perez, K. / Jeffrey, P.D. / Halg, S. / Wiedemar, N. / Maser, P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2020年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein Sur
B: Variant surface glycoprotein Sur
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3525
ポリマ－104,9362
非ポリマー4,4163
水11,674648
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14260 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area32810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.688, 79.219, 118.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Variant surface glycoprotein Sur


分子量: 52468.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
遺伝子: VSGsur
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A291L8F4
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-SVR / 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID / SURAMIN / スラミン


分子量: 1297.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C51H40N6O23S6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 19-24 % PEG 400 100 mM TEA/HCl pH=7.5 10 % (v/v) isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→48.35 Å / Num. obs: 81517 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.25
反射 シェル解像度: 1.86→1.926 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 8077 / CC1/2: 0.725 / % possible all: 99.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z79

6z79


解像度: 1.86→48.35 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 25.05 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 3941 4.83 %
Rwork0.1899 77607 -
obs0.1961 81517 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.85 Å2 / Biso mean: 21.5358 Å2 / Biso min: 2.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5626 0 296 648 6570
Biso mean--32.26 24.78 -
残基数----758
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.86-1.890.36041890.31983886407595
1.89-1.930.31811830.27753819400295
1.93-1.960.3182120.26873861407394
1.96-20.25482100.23873807401794
2-2.050.22882150.21753852406795
2.05-2.090.23521820.2153908409096
2.09-2.150.23571960.20213858405495
2.15-2.210.21661670.19933908407596
2.21-2.270.23271970.20363854405195
2.27-2.340.22181820.20833870405296
2.34-2.430.21951850.20223877406295
2.43-2.520.23471970.20673901409895
2.52-2.640.21621700.20593922409296
2.64-2.780.22261930.20013836402995
2.78-2.950.24471830.19783905408896
2.95-3.180.22182210.18623848406995
3.18-3.50.25011770.16853927410496
3.5-4.010.20672120.16243890410295
4.01-5.050.17242020.14963910411295
5.05-48.350.21442370.18293968420594
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3686-0.0656-0.17280.5273-0.27230.2747-0.0578-0.17390.0710.15130.0389-0.0233-0.10720.10940.06390.049-0.0243-0.00690.07-0.01760.109713.462734.727724.7574
20.4492-0.13350.06410.6137-0.17511.607-0.0138-0.05690.0193-0.0126-0.00940.00040.10810.03420.01680.001-0.0001-0.00780.0169-0.0030.073310.414227.70499.5624
30.5722-0.16450.01050.6175-0.330.31590.11020.13530.1352-0.2313-0.1028-0.07280.02070.0590.0320.080.0030.02890.05740.01210.093713.735634.3171-11.6008
40.85870.2099-0.7120.2510.3682.3239-0.04180.25930.0025-0.367-0.1205-0.2360.15440.40310.00260.44210.15640.14260.35390.12050.164921.208828.6337-38.1151
50.0782-0.03810.37711.4280.1882.06430.0309-0.04210.0769-0.0024-0.06180.31440.0664-0.3757-0.00440.0621-0.0011-0.00880.0747-0.00890.1829-3.924637.10333.9861
60.8015-0.11311.03450.5899-0.49941.572-0.0896-0.28150.03660.2203-0.0490.0234-0.2805-0.35490.16220.09970.00730.00210.1374-0.0020.13794.52136.686226.1194
76.1748-0.8642-1.42292.83650.71483.71-0.2831-0.2294-0.49920.6734-0.0130.7656-0.0768-0.8740.14670.37750.07090.10920.3449-0.03420.3107-2.360534.367955.1926
83.6095-0.42320.3191.3893-0.7922.3605-0.1351-0.33660.27790.39060.0409-0.2082-0.38040.29010.08390.366-0.0287-0.070.3264-0.02860.1515.669336.843653.3497
92.0762-1.25932.78945.7732-1.34393.7840.1818-0.18170.0150.0354-0.126-0.56020.21710.5633-0.06320.16510.0241-0.03240.2940.00390.168325.823821.149548.2246
100.3306-0.0765-0.00630.40220.35522.342-0.014-0.1267-0.0420.08220.01560.01480.0655-0.08270.04170.058-0.0074-0.0070.07180.01250.097812.474912.693923.1588
110.3364-0.0154-0.01170.4413-0.11761.76370.0166-0.03250.02-0.0162-0.0277-0.03130.06950.11080.02930.01210.00780.00890.0262-0.00140.102815.141721.73039.5021
120.5291-0.2120.07030.1980.21770.45230.06810.0373-0.0723-0.0976-0.00360.02030.05670.028-0.02060.0539-0.0084-0.00910.03490.00210.109112.985414.5514-4.6363
130.4499-0.28790.31490.5966-0.17971.44770.05430.1053-0.0112-0.2434-0.0567-0.0766-0.0010.0460.07480.14190.01240.01710.0679-0.00340.092417.130121.5387-15.8151
141.03550.627-0.41461.8771-0.68820.2902-0.0709-0.1857-0.04660.2141-0.0833-0.15920.38450.14530.07790.23550.0752-0.01030.2557-0.00790.119620.55776.967744.065
152.20050.4672-0.05782.2195-0.08242.28810.0136-0.2035-0.09730.24480.04460.1180.3046-0.0928-0.04970.2626-0.03560.00160.238-0.01280.07499.11686.157950.4873
164.80860.6764-2.73695.28950.74674.19270.0353-0.14970.09010.3255-0.08650.6281-0.3113-0.6481-0.0180.2070.04910.01140.2579-0.0010.1938-0.327622.538348.5768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 85 )A30 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 162 )A86 - 162
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 163 through 231 )A163 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 232 through 259 )A232 - 259
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 260 through 288 )A260 - 288
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 289 through 322 )A289 - 322
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 323 through 344 )A323 - 344
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 345 through 386 )A345 - 386
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 387 through 411 )A387 - 411
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 30 through 85 )B30 - 85
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 86 through 162 )B86 - 162
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 163 through 213 )B163 - 213
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 214 through 302 )B214 - 302
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 303 through 344 )B303 - 344
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 345 through 386 )B345 - 386
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 387 through 412 )B387 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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