PDB-6z6v: Globular head of C1q in complex with the nanobody C1qNb75

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z6v

タイトル

Globular head of C1q in complex with the nanobody C1qNb75

要素

(Complement C1q subcomponent subunit ...) x 3
Nanobody C1q75

キーワード

IMMUNE SYSTEM / complement / antibody / nanobody / C1q

機能・相同性

機能・相同性情報

complement component C1 complex / complement component C1q complex / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / negative regulation of granulocyte differentiation / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer / complement activation / Classical antibody-mediated complement activation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Laursen, N.S. / Andersen, G.R.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2020
タイトル: Functional and Structural Characterization of a Potent C1q Inhibitor Targeting the Classical Pathway of the Complement System.
著者: Laursen, N.S. / Pedersen, D.V. / Gytz, H. / Zarantonello, A. / Bernth Jensen, J.M. / Hansen, A.G. / Thiel, S. / Andersen, G.R.

履歴

登録	2020年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2020年9月16日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z6v.cif.gz	475 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z6v.ent.gz	346.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z6v_validation.pdf.gz	1011.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z6v_full_validation.pdf.gz	1018.3 KB	表示
XML形式データ	6z6v_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	6z6v_validation.cif.gz	57 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hzfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wju-1 2z1k-4 2z1k-1 2z1k-2 3byz-2 6jea-d 4azc-4 4ucv-d 6je8-d 2yl9-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Complement C1q subcomponent subunit A

B: Complement C1q subcomponent subunit B

C: Complement C1q subcomponent subunit C

D: Complement C1q subcomponent subunit A

E: Complement C1q subcomponent subunit B

F: Complement C1q subcomponent subunit C

G: Nanobody C1q75

H: Nanobody C1q75

ヘテロ分子

122 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Complement C1q subcomponent subunit A

B: Complement C1q subcomponent subunit B

C: Complement C1q subcomponent subunit C

G: Nanobody C1q75

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Complement C1q subcomponent subunit A

E: Complement C1q subcomponent subunit B

F: Complement C1q subcomponent subunit C

H: Nanobody C1q75

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.816, 119.744, 131.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	SER	SER	(chain 'A' and (resid 91 through 222 or resid 1001))	A	A	91 - 222	4 - 135
1	2	1	NAG	NAG	NAG	NAG	(chain 'A' and (resid 91 through 222 or resid 1001))	A	I	1001
2	3	1	PRO	PRO	SER	SER	(chain 'D' and resid 91 through 1001)	D	D	91 - 222	4 - 135
2	4	1	NAG	NAG	NAG	NAG	(chain 'D' and resid 91 through 1001)	D	J	1001
1	5	2	THR	THR	MET	MET	chain 'B'	B	B	92 - 224	1 - 133
2	6	2	THR	THR	MET	MET	chain 'E'	E	E	92 - 224	1 - 133
1	7	3	GLN	GLN	PHE	PHE	chain 'C'	C	C	88 - 215	5 - 132
2	8	3	GLN	GLN	PHE	PHE	(chain 'F' and resid 88 through 215)	F	F	88 - 215	5 - 132
1	9	4	GLN	GLN	GLY	GLY	(chain 'G' and (resid 4 through 17 or resid 19 through 125))	G	G	4 - 16	3 - 15
1	10	4	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'G' and (resid 4 through 17 or resid 19 through 125))	G	G	19 - 125	18 - 124
2	11	4	GLN	GLN	GLY	GLY	(chain 'H' and (resid 4 through 17 or resid 19 through 125))	H	H	4 - 16	3 - 15
2	12	4	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'H' and (resid 4 through 17 or resid 19 through 125))	H	H	19 - 125	18 - 124

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
Complement C1q subcomponent subunit ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質	Complement C1q subcomponent subunit A 分子量: 15230.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1QA / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02745
#2: タンパク質	Complement C1q subcomponent subunit B 分子量: 16156.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1QB / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02746
#3: タンパク質	Complement C1q subcomponent subunit C 分子量: 15176.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1QC, C1QG / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02747

-
抗体 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 336分子 GH

#4: 抗体

Nanobody C1q75

分子量: 14392.776 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Lama glama (ラマ) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#6: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 25 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→65.9 Å / Num. obs: 48574 / % possible obs: 94.69 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 38.53 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.117 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.19→2.27 Å / 冗長度: 6.1 % / Num. unique obs: 2516 / CC_1/2: 0.63 / % possible all: 50

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HZF

5hzf

解像度: 2.19→65.89 Å / SU ML: 0.2795 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.1586
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2267	2000	4.12 %
R_work	0.1778	46561	-
obs	0.1798	48561	94.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→65.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8141	0	0	332	8473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0104	8340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3926	11307
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0764	1225
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	1474
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.6349	3179

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.19-2.24	0.3613	56	0.279	1300	X-RAY DIFFRACTION	37.72
2.24-2.3	0.3083	132	0.2486	3076	X-RAY DIFFRACTION	88.72
2.3-2.37	0.3423	146	0.2365	3416	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.37-2.45	0.3298	150	0.2195	3475	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.45-2.54	0.2866	148	0.2113	3454	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.54-2.64	0.2321	149	0.2084	3468	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.64-2.76	0.2845	150	0.2036	3477	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.76-2.9	0.2257	150	0.1966	3483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.08	0.276	150	0.1898	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.32	0.2622	151	0.1866	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.66	0.2027	151	0.1695	3539	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.66-4.19	0.19	152	0.1523	3532	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.19-5.27	0.1741	154	0.1345	3578	X-RAY DIFFRACTION	100
5.27-65.89	0.2031	161	0.177	3749	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.31974770855	-0.0846372936594	0.074113344783	1.41117178651	-0.140696715625	1.91549182587	-0.0176005208934	0.0524796571765	-0.123671354355	-0.0690222676829	-0.0173452702988	-0.0720617445022	0.124560515419	-0.0237124274072	0.0334327590456	0.226844294209	-0.0156422072218	0.0214256071523	0.246038992655	0.0257275441957	0.276776756827	29.5388405522	35.2099993515	5.25845075684
2	1.10838779344	-0.00708670184676	0.0243216148912	1.49687968322	0.245963610794	1.63932589915	-0.0268839686157	0.0539943482215	-0.0411557487527	-0.0939674325887	0.0351177530114	-0.0170172656311	-0.0304025697756	-0.0870530926296	-0.00429347860433	0.264947699282	-0.041633109456	0.00429678396181	0.323160735013	0.0054281297535	0.239685476166	-0.834114363449	8.33256287358	38.4775036489
3	4.01102558734	1.09617310516	0.139095064363	3.23585744356	1.47616093247	5.02996068793	0.316110043575	-0.676390538127	0.0984080968535	0.304857528217	-0.392087532364	0.176785137921	0.225885174	-0.803793914297	0.0761793365065	0.313645976503	-0.0355386287904	0.00811907754767	0.552492288188	0.0147822023398	0.288499916004	33.7552882448	47.0741712632	39.4331183209
4	5.24602951848	-0.158938446378	-0.468700298307	7.30974768713	1.06734686747	3.0031030533	0.0440133769064	-0.114727008446	0.328511813868	0.304273952997	-0.0790589216162	-0.343200817269	-0.536413576351	-0.132032397962	0.0177339683567	0.422801943497	0.0606408139804	-0.045721328471	0.309206461854	0.0482302198267	0.291207819325	3.79315774306	41.1113191896	53.3274664091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A or chain B or chain C
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain D or chain E or chain F
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain G
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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