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万見
- PDB-6z4o: A4V mutant of human SOD1 bound with benzyl benzoisoselenazolone d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z4o
タイトルA4V mutant of human SOD1 bound with benzyl benzoisoselenazolone derivative 1 in P21 space group
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / SOD1 / ebselen / Motor neuron disease
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / retrograde axonal transport / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / heart contraction / superoxide metabolic process / positive regulation of catalytic activity / superoxide dismutase / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / axon cytoplasm / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / reactive oxygen species metabolic process / removal of superoxide radicals / glutathione metabolic process / : / positive regulation of superoxide anion generation / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / determination of adult lifespan / sensory perception of sound / placenta development / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / Platelet degranulation / peroxisome / gene expression / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-(phenylmethyl)-2-selanyl-benzamide / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Amporndanai, K. / Hasnain, S.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateWA1128 米国
引用ジャーナル: Ebiomedicine / 年: 2020
タイトル: Novel Selenium-based compounds with therapeutic potential for SOD1-linked amyotrophic lateral sclerosis.
著者: Amporndanai, K. / Rogers, M. / Watanabe, S. / Yamanaka, K. / O'Neill, P.M. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
BBB: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,84111
ポリマ－31,7112
非ポリマー1,1309
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.339, 67.949, 50.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.538, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 15855.613 Da / 分子数: 2 / 変異: A4V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / プラスミド: pET303C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-Q7T / ~{N}-(phenylmethyl)-2-selanyl-benzamide


分子量: 290.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13NOSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 100mM NaOAc pH 4.7, 150mM NaCl, 2.7M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→48.611 Å / Num. obs: 54620 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 12.764 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2804 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.372 / Rrim(I) all: 0.548 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UXM

1uxm


解像度: 1.4→48.611 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.35 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 2397 4.895 %
Rwork0.2079 46572 -
all0.209 --
obs-48969 99.782 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 17.836 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.575 Å20 Å2-0.14 Å2
2---0.817 Å20 Å2
3---0.277 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→48.611 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2201 0 53 228 2482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0132381
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8741.6473238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6051.6084952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6035330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.57224.953107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.64115373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg49.375152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.772157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2040.22116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.21153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.090.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.240
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2980.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3180.267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2810.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0920.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8191.7011266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8191.7021267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6242.561595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6232.5581595
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8462.051115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8022.0341104
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2562.931636
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2272.9061619
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.34933.70610304
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.28933.3610096
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0990.054670
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.4-1.4360.2761920.2733930.27136110.8490.84699.280.257
1.436-1.4760.3231640.25533590.25835450.8270.86999.37940.241
1.476-1.5180.2871730.23832160.24133940.8680.89799.85270.223
1.518-1.5650.2642010.2431360.24233400.8940.89999.91020.225
1.565-1.6160.2531500.23330660.23432190.9020.90199.90680.218
1.616-1.6730.2721330.22929740.2331180.8990.90999.64720.216
1.673-1.7360.2571170.20829140.2130420.9040.93399.63840.196
1.736-1.8070.2421260.20527670.20628960.9270.93799.89640.194
1.807-1.8870.221430.226280.20127710.9350.9411000.195
1.887-1.9790.2171360.19725070.19826460.9340.94299.88660.193
1.979-2.0860.2231400.19823850.19925310.9350.94699.76290.196
2.086-2.2120.2281090.19922880.20124030.9320.93899.75030.201
2.212-2.3650.2341010.20421670.20522690.9320.93499.95590.21
2.365-2.5540.258980.20620140.20821130.9170.93799.95270.214
2.554-2.7970.215830.218480.20119330.940.94799.89650.213
2.797-3.1250.235890.21116620.21217520.9260.93399.94290.23
3.125-3.6060.218840.20214690.20315540.9380.94199.93570.224
3.606-4.4110.201700.17912460.1813180.9420.95299.84830.205
4.411-6.2120.227620.2059690.20610310.9480.9551000.245
6.212-48.6110.206260.2385630.2365890.910.9241000.278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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