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- PDB-6z48: Crystal structure of Thrombin in complex with macrocycle X1vE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z48
タイトルCrystal structure of Thrombin in complex with macrocycle X1vE
要素
  • Thrombin heavy chain
  • Thrombin light chain
キーワードHYDROLASE / serine protease / blood clotting factor / inhibition / macrocycle
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X1V / Prothrombin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Angelini, A. / Habeshian, S. / Heinis, C. / Cendron, L.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation157842 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Synthesis and direct assay of large macrocycle diversities by combinatorial late-stage modification at picomole scale.
著者: Habeshian, S. / Merz, M.L. / Sangouard, G. / Mothukuri, G.K. / Schuttel, M. / Bognar, Z. / Diaz-Perlas, C. / Vesin, J. / Bortoli Chapalay, J. / Turcatti, G. / Cendron, L. / Angelini, A. / Heinis, C.
履歴
登録2020年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Thrombin light chain
H: Thrombin heavy chain
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
C: Thrombin light chain
D: Thrombin heavy chain
E: Thrombin light chain
F: Thrombin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,10416
ポリマ－135,5078
非ポリマー2,5978
水7,188399
1
L: Thrombin light chain
H: Thrombin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5264
ポリマ－33,8772
非ポリマー6492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
2
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5264
ポリマ－33,8772
非ポリマー6492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
3
C: Thrombin light chain
D: Thrombin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5264
ポリマ－33,8772
非ポリマー6492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
4
E: Thrombin light chain
F: Thrombin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5264
ポリマ－33,8772
非ポリマー6492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.251, 100.573, 108.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Thrombin light chain


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: >sp|P00734|328-363; missing residues are not visible in the electron density maps / disordered regions;
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734
#2: タンパク質
Thrombin heavy chain


分子量: 29780.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: >sp|P00734|364-622; missing residues are not visible in the electron density maps / disordered regions
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-X1V / 5-chloranyl-N-[[(4S,15R)-2,5,13,16-tetrakis(oxidanylidene)-15-propan-2-yl-9,10-dithia-3,6,14,17-tetrazabicyclo[17.3.1]tricosa-1(22),19(23),20-trien-4-yl]methyl]thiophene-2-carboxamide / macrocycle X1vE / 5-chloro-N-[[(4S,15R)-15-isopropyl-2,5,13,16-tetraoxo-9,10-dithia-3,6,14,17-tetrazabicyclo[17.3.1]tricosa-1(22),19(23),20-trien-4-yl]methyl]thiophene-2-carboxamide


タイプ: peptide-like / 分子量: 626.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C26H32ClN5O5S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM MOPS/sodium HEPES pH 7.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→108.02 Å / Num. obs: 52645 / % possible obs: 93.86 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.2527 / Num. unique obs: 4712 / CC1/2: 0.794

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GWE

6gwe


解像度: 2.27→73.88 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 --RANDOM
Rwork0.1887 ---
obs-52631 93.86 %-
原子変位パラメータBiso max: 135.43 Å2 / Biso mean: 28.0801 Å2 / Biso min: 5.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→73.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9098 0 164 399 9661

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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