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- PDB-6z42: The low resolution structure of a zinc-dependent alcohol dehydrog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z42
タイトルThe low resolution structure of a zinc-dependent alcohol dehydrogenase from Halomonas elongata.
要素Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / zinc-binding sites
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Halomonas elongata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Gourlay, L.J.
引用ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2020
タイトル: Uncommon overoxidative catalytic activity in a new halo-tolerant alcohol dehydrogenase
著者: Contente, M.L. / Fiore, N. / Cannazza, P. / Padrosa, D.R. / Molinari, F. / Gourlay, L.J. / Paradisi, F.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
B: Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
C: Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
D: Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,46712
ポリマ－153,9444
非ポリマー5238
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.662, 104.662, 516.213
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 20 or resid 22...
21(chain B and (resid 6 through 20 or resid 22...
31(chain C and (resid 6 through 23 or (resid 24...
41(chain D and (resid 6 through 20 or resid 22...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLUGLU(chain A and (resid 6 through 20 or resid 22...AA6 - 2027 - 41
12VALVALPROPRO(chain A and (resid 6 through 20 or resid 22...AA22 - 2543 - 46
13PROPROVALVAL(chain A and (resid 6 through 20 or resid 22...AA27 - 5548 - 76
14LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 6 through 20 or resid 22...AA5677
15ASPASPALAALA(chain A and (resid 6 through 20 or resid 22...AA2 - 34123 - 362
16ASPASPALAALA(chain A and (resid 6 through 20 or resid 22...AA2 - 34123 - 362
17ASPASPALAALA(chain A and (resid 6 through 20 or resid 22...AA2 - 34123 - 362
18ASPASPALAALA(chain A and (resid 6 through 20 or resid 22...AA2 - 34123 - 362
21LYSLYSGLUGLU(chain B and (resid 6 through 20 or resid 22...BB6 - 2027 - 41
22VALVALPROPRO(chain B and (resid 6 through 20 or resid 22...BB22 - 2343 - 44
23THRTHRALAALA(chain B and (resid 6 through 20 or resid 22...BB4 - 34125 - 362
24THRTHRALAALA(chain B and (resid 6 through 20 or resid 22...BB4 - 34125 - 362
25THRTHRALAALA(chain B and (resid 6 through 20 or resid 22...BB4 - 34125 - 362
26THRTHRALAALA(chain B and (resid 6 through 20 or resid 22...BB4 - 34125 - 362
27THRTHRALAALA(chain B and (resid 6 through 20 or resid 22...BB4 - 34125 - 362
28THRTHRALAALA(chain B and (resid 6 through 20 or resid 22...BB4 - 34125 - 362
31LYSLYSPROPRO(chain C and (resid 6 through 23 or (resid 24...CC6 - 2327 - 44
32VALVALVALVAL(chain C and (resid 6 through 23 or (resid 24...CC2445
33LYSLYSILEILE(chain C and (resid 6 through 23 or (resid 24...CC6 - 33227 - 353
34LYSLYSILEILE(chain C and (resid 6 through 23 or (resid 24...CC6 - 33227 - 353
35LYSLYSILEILE(chain C and (resid 6 through 23 or (resid 24...CC6 - 33227 - 353
36LYSLYSILEILE(chain C and (resid 6 through 23 or (resid 24...CC6 - 33227 - 353
41LYSLYSGLUGLU(chain D and (resid 6 through 20 or resid 22...DD6 - 2027 - 41
42VALVALPROPRO(chain D and (resid 6 through 20 or resid 22...DD22 - 2343 - 44
43VALVALVALVAL(chain D and (resid 6 through 20 or resid 22...DD2445
44METMETALAALA(chain D and (resid 6 through 20 or resid 22...DD5 - 34126 - 362
45METMETALAALA(chain D and (resid 6 through 20 or resid 22...DD5 - 34126 - 362
46METMETALAALA(chain D and (resid 6 through 20 or resid 22...DD5 - 34126 - 362
47METMETALAALA(chain D and (resid 6 through 20 or resid 22...DD5 - 34126 - 362

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.689355, 0.724334, 0.01136), (0.724276, 0.688814, 0.030982), (0.014616, 0.029585, -0.999455)-1.64671, -0.24731, 44.1786
3given(1), (1), (1)
4given(0.649173, -0.71572, 0.257524), (-0.714203, -0.690028, -0.117367), (0.261701, -0.107733, -0.959117)29.39563, 84.468071, 44.613541
5given(1), (1), (1)
6given(-0.959374, -0.008409, -0.282012), (-0.013986, -0.996909, 0.077306), (-0.281791, 0.07811, 0.956291)40.118519, 80.932411, 2.5842
7given(1), (1), (1)
8given(-0.961531, -0.009414, -0.274536), (-0.012492, -0.99688, 0.077937), (-0.274413, 0.078368, 0.958413)40.011379, 80.829437, 2.512
9given(1), (1), (1)
10given(0.647116, -0.714937, 0.264775), (-0.712702, -0.690614, -0.122914), (0.270734, -0.109166, -0.956445)29.377069, 84.941994, 44.542889
11given(1), (1), (1)
12given(-0.686254, 0.727264, 0.011921), (0.726937, 0.685202, 0.045394), (0.024845, 0.039818, -0.998898)-1.53477, -0.69663, 43.49144

-
要素

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase, zinc-containing


分子量: 38485.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halomonas elongata (strain ATCC 33173 / DSM 2581 / NBRC 15536 / NCIMB 2198 / 1H9) (バクテリア)
遺伝子: adh2, HELO_2818 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLYsS / 参照: UniProt: E1V3M3, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: B8 PACT SCREEN (Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→48.54 Å / Num. obs: 15280 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 30.9 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.15 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 4→4.47 Å / 冗長度: 32.9 % / Rmerge(I) obs: 3.99 / Num. unique obs: 4182 / CC1/2: 0.643 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BALBES MODEL

解像度: 4→48.496 Å / SU ML: 0.73 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3671 1516 10 %RANDOM
Rwork0.3287 13647 --
obs0.3326 15163 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 274.58 Å2 / Biso mean: 115.9548 Å2 / Biso min: 56.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4→48.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9725 0 8 0 9733
Biso mean--95.99 --
残基数----1318
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5423X-RAY DIFFRACTION13.899TORSIONAL
12B5423X-RAY DIFFRACTION13.899TORSIONAL
13C5423X-RAY DIFFRACTION13.899TORSIONAL
14D5423X-RAY DIFFRACTION13.899TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
4.0003-4.12940.42011330.42151196
4.1294-4.27690.35471320.38941192
4.2769-4.4480.35431350.36211206
4.448-4.65030.41961340.3511208
4.6503-4.89520.35231340.33831214
4.8952-5.20160.37141340.35541216
5.2016-5.60270.42681360.34411217
5.6027-6.16550.41671400.36141258
6.1655-7.05530.35271380.35231242
7.0553-8.88010.32991440.29481289
8.8801-48.4960.35581560.28331409
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39340.1617-0.09040.353-0.0682-0.003-0.24460.0747-1.11080.9493-0.8063-0.2729-0.1189-1.8012-0.06581.73660.01940.46741.237-0.49361.2864-3.056233.201749.6535
20.06260.1534-0.0030.5664-0.23260.1912-0.08790.4672-0.74330.6573-0.27870.47670.3732-0.9403-0.09010.76830.31050.43031.1719-0.75721.0166-5.090136.284927.9631
30.2124-0.07290.13660.06250.11810.5351-0.0780.4296-0.2033-0.0108-0.3960.54140.23640.00560.0110.86510.52450.2560.4742-0.68210.78573.145825.237219.8341
40.21130.11120.23920.07380.15930.2615-0.08350.15170.1437-0.02310.26170.2284-0.64750.14260.10070.9082-0.02730.43080.1341-0.19071.3979-7.063543.631734.888
50.20280.03590.05210.0179-0.01070.0620.2263-0.213-0.15830.00350.14880.2704-0.1414-0.06830.03932.2093-0.27290.4910.6206-0.00621.6663-18.648228.320340.8552
60.3874-0.0126-0.3640.2127-0.06530.34260.5606-0.01770.11190.0007-0.25930.5879-0.0283-0.26010.2021.638-0.2029-0.07631.1038-1.12071.497726.650312.5741-11.3111
70.2524-0.3478-0.01520.4793-0.08040.2588-0.33020.8941-0.4478-0.11440.13030.5898-0.69990.16350.02840.7074-0.4951-0.28210.9682-0.89490.719723.977624.9334-1.7974
80.3346-0.0564-0.09320.54740.07110.04520.50820.3396-0.0483-0.01560.1125-0.4999-0.12150.66140.95581.08830.2769-0.15260.1359-0.64750.307630.993124.095916.2855
90.06020.00670.03140.0272-0.02780.0258-0.32180.2491-0.44190.273-0.09630.53370.03440.42-0.00061.39410.0518-0.4910.8639-0.42921.332625.644214.089335.5227
100.21660.03640.1171-0.01-0.02540.2286-0.11110.3676-0.8064-0.06180.1635-0.04320.5790.5689-0.00010.6463-0.21490.18220.7925-0.35860.982118.257822.712922.3946
110.0060.0229-0.03020.0389-0.07360.15240.1311-0.17190.01040.1839-0.0086-0.0792-0.1576-0.29960.17290.8159-0.26160.21631.6244-1.29350.984834.180210.23386.6605
120.11930.0884-0.05250.0823-0.0090.0664-0.59960.0203-0.1299-0.3218-0.24750.07310.53230.0039-0.00562.4451-0.50580.40832.80150.46391.40618.342266.5139-14.3396
130.2379-0.1115-0.04880.1471-0.0080.1488-0.7735-0.37850.265-0.1798-0.6133-0.55960.0119-0.4537-0.00592.19770.356-0.04451.42980.18941.202314.657758.1129-6.8183
140.4182-0.2191-0.12160.11440.06620.18750.36371.19320.51530.0749-0.59180.62650.1534-0.3695-0.02051.3548-0.17340.02261.5122-0.16331.123113.797253.16323.9454
150.0221-0.02470.00870.0185-0.00930.0225-0.08960.36660.0909-0.0606-0.2877-0.1714-0.0879-0.0890.00042.18080.6280.4571.5004-0.29531.36221.209862.593617.4185
160.03690.01520.07620.05820.11080.1446-0.31780.14260.41280.22750.27270.5028-1.4453-0.1715-0.00031.6550.1948-0.10030.8238-0.24051.23315.298264.053925.5713
170.15740.007-0.2050.25-0.45851.0176-0.01530.4981-0.1865-0.09640.45350.3987-0.82240.21820.03880.9116-0.17550.07921.9892-0.75221.51156.198364.31112.134
180.3358-0.17250.02220.16580.11250.33090.4687-0.00090.66710.4861-0.29081.1922-0.079-0.72420.012.2963-0.41670.19661.1964-0.36251.422831.621252.658355.9678
190.67530.1705-0.21020.24910.01010.07080.5103-0.432-0.30460.03270.1073-0.2315-0.00670.4018-0.07191.4492-0.72430.41770.647-1.05591.401825.62346.827247.767
200.0959-0.1020.00380.2867-0.19520.1972-0.4351-0.34540.50860.44970.1019-0.4095-0.088-0.0927-0.03920.9606-0.22050.13141.1193-0.37260.901540.724947.155825.008
211.0683-0.35130.17030.6333-0.29070.33580.42940.35960.7173-0.48590.0178-0.632-0.62970.79121.35940.41120.05290.93660.7613-1.0670.902633.734952.164829.7134
220.47750.1257-0.11690.29980.14160.13410.287-0.11050.09970.0265-0.0539-0.3103-0.0598-0.06870.38032.3262-0.2883-0.22031.4031-1.02540.954446.079356.014547.4862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 109 )A2 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 110 through 231 )A110 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 232 through 292 )A232 - 292
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 293 through 316 )A293 - 316
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 317 through 341 )A317 - 341
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 4 through 30 )B4 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 31 through 126 )B31 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 127 through 211 )B127 - 211
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 212 through 231 )B212 - 231
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 232 through 305 )B232 - 305
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 306 through 341 )B306 - 341
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 6 through 30 )C6 - 30
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 31 through 85 )C31 - 85
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 86 through 178 )C86 - 178
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 179 through 211 )C179 - 211
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 212 through 292 )C212 - 292
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 293 through 332 )C293 - 332
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 5 through 85 )D5 - 85
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 86 through 152 )D86 - 152
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 153 through 231 )D153 - 231
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 232 through 320 )D232 - 320
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 321 through 341 )D321 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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