[日本語] English
万見
- PDB-6z3s: Crystal structure of delta466-491 cystathionine beta-synthase fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z3s
タイトルCrystal structure of delta466-491 cystathionine beta-synthase from Toxoplasma gondii with O-Acetylserine
要素Cystathionine beta-synthase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Transulfuration / hydrogen sulfide / O-acetylserine / CBS
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine biosynthetic process via cystathionine / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain ...Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P1T / Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.048 Å
データ登録者Fernandez-Rodriguez, C. / Oyenarte, I. / Conter, C. / Gonzalez-Recio, I. / Quintana, I. / Martinez-Chantar, M. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BFU2013-47531-R スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BES-2014-068464 スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BFU2016-77408-R スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BES-2017-080435 スペイン
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Structural insight into the unique conformation of cystathionine beta-synthase from Toxoplasma gondii .
著者: Fernandez-Rodriguez, C. / Oyenarte, I. / Conter, C. / Gonzalez-Recio, I. / Nunez-Franco, R. / Gil-Pitarch, C. / Quintana, I. / Jimenez-Oses, G. / Dominici, P. / Martinez-Chantar, M.L. / ...著者: Fernandez-Rodriguez, C. / Oyenarte, I. / Conter, C. / Gonzalez-Recio, I. / Nunez-Franco, R. / Gil-Pitarch, C. / Quintana, I. / Jimenez-Oses, G. / Dominici, P. / Martinez-Chantar, M.L. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Cystathionine beta-synthase
A: Cystathionine beta-synthase
B: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,1086
ポリマ－160,1533
非ポリマー9553
水00
1
D: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子

D: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4054
ポリマ－106,7692
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area8700 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area35680 Å2
手法PISA
2
A: Cystathionine beta-synthase
B: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4054
ポリマ－106,7692
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area36340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.700, 82.700, 422.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 363 or (resid 364...
21(chain B and (resid 6 through 397 or resid 405 through 601))
31(chain D and (resid 6 through 462 or resid 496 through 601))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 6 through 363 or (resid 364...A6 - 363
121(chain A and (resid 6 through 363 or (resid 364...A364 - 366
131(chain A and (resid 6 through 363 or (resid 364...A6 - 601
141(chain A and (resid 6 through 363 or (resid 364...A6 - 601
151(chain A and (resid 6 through 363 or (resid 364...A6 - 601
161(chain A and (resid 6 through 363 or (resid 364...A6 - 601
211(chain B and (resid 6 through 397 or resid 405 through 601))B6 - 397
221(chain B and (resid 6 through 397 or resid 405 through 601))B405 - 601
311(chain D and (resid 6 through 462 or resid 496 through 601))D6 - 462
321(chain D and (resid 6 through 462 or resid 496 through 601))D496 - 601

-
要素

#1: タンパク質 Cystathionine beta-synthase


分子量: 53384.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
遺伝子: TGME49_259180
発現宿主: Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
参照: UniProt: A0A125YSJ9, cystathionine beta-synthase
#2: 化合物 ChemComp-P1T / 2-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]ACRYLIC ACID


分子量: 318.220 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.1 / 詳細: 10% PEG 3350, 0.1M MES pH 6.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.048→140.989 Å / Num. obs: 26412 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 16.8 % / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.719 / Rpim(I) all: 0.178 / Rrim(I) all: 0.742 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.065-3.32513.411.7141776413220.6383.18212.1661.638.3
9.363-140.98913.20.121736913200.9950.0320.12518.799.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JBQ

1jbq


解像度: 3.048→70.615 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2885 1308 4.96 %
Rwork0.2678 25066 -
obs0.2688 26374 79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.29 Å2 / Biso mean: 68.6063 Å2 / Biso min: 39.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.048→70.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10560 0 63 0 10623
Biso mean--49.43 --
残基数----1405
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4275X-RAY DIFFRACTION0.925TORSIONAL
12B4275X-RAY DIFFRACTION0.925TORSIONAL
13D4275X-RAY DIFFRACTION0.925TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.048-3.16990.3536110.42652507
3.1699-3.31410.3724610.360590727
3.3141-3.48880.35091270.3389256775
3.4888-3.70740.38341850.32063449100
3.7074-3.99360.34951850.30583496100
3.9936-4.39550.30241910.2733483100
4.3955-5.03140.26911610.2493527100
5.0314-6.33840.29541810.26473620100
6.3384-70.6150.21082060.2165376799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.4408 Å / Origin y: -13.3751 Å / Origin z: -33.5611 Å
111213212223313233
T0.2428 Å20.0534 Å2-0.0997 Å2-0.7157 Å20.0282 Å2--0.5684 Å2
L-0.1879 °2-0.0463 °2-0.2401 °2-0.8538 °20.5438 °2--0.8394 °2
S-0.0762 Å °-0.0419 Å °-0.0175 Å °-0.0167 Å °0.002 Å °-0.0005 Å °0.0788 Å °-0.1152 Å °0.0604 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allD6 - 601
2X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 601
3X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 601

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る