PDB-6z3d: L-FerritinMSA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z3d

タイトル

L-FerritinMSA

要素

Ferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Ferritin Iron storage protein

機能・相同性

機能・相同性情報

autolysosome / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Davidov, G. / Zarivach, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2020
タイトル: Folding of an Intrinsically Disordered Iron-Binding Peptide in Response to Sedimentation Revealed by Cryo-EM.
著者: Geula Davidov / Gili Abelya / Ran Zalk / Benjamin Izbicki / Sharon Shaibi / Lior Spektor / Dayana Shagidov / Esther G Meyron-Holtz / Raz Zarivach / Gabriel A Frank /

要旨: Biomineralization is mediated by specialized proteins that guide and control mineral sedimentation. In many cases, the active regions of these biomineralization proteins are intrinsically disordered. ...

履歴

登録	2020年5月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z3d.cif.gz	442.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z3d.ent.gz	362.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	11214C 11265C 11272C 11304C 11365C 6zh5C 6zlgC 6zlqC 1lb3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z9f-d 4z3b-1 7a6a-d 2z5q-1 7a6b-d 6soq-1 6tr9-1 6sop-1 3af7-1 6gxj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (9) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

ヘテロ分子

147 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

ヘテロ分子

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

ヘテロ分子

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

ヘテロ分子

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
586 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.297, 134.297, 166.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	LYS	LYS	A	A	2 - 181	22 - 201
2	1	THR	THR	LYS	LYS	B	B	2 - 181	22 - 201
1	2	THR	THR	LYS	LYS	A	A	2 - 181	22 - 201
2	2	THR	THR	LYS	LYS	C	C	2 - 181	22 - 201
1	3	THR	THR	LYS	LYS	A	A	2 - 181	22 - 201
2	3	THR	THR	LYS	LYS	D	D	2 - 181	22 - 201
1	4	THR	THR	LYS	LYS	A	A	2 - 181	22 - 201
2	4	THR	THR	LYS	LYS	E	E	2 - 181	22 - 201
1	5	THR	THR	LYS	LYS	A	A	2 - 181	22 - 201
2	5	THR	THR	LYS	LYS	F	F	2 - 181	22 - 201
1	6	MET	MET	HIS	HIS	B	B	1 - 182	21 - 202
2	6	MET	MET	HIS	HIS	C	C	1 - 182	21 - 202
1	7	MET	MET	HIS	HIS	B	B	1 - 182	21 - 202
2	7	MET	MET	HIS	HIS	D	D	1 - 182	21 - 202
1	8	MET	MET	HIS	HIS	B	B	1 - 182	21 - 202
2	8	MET	MET	HIS	HIS	E	E	1 - 182	21 - 202
1	9	THR	THR	LYS	LYS	B	B	2 - 181	22 - 201
2	9	THR	THR	LYS	LYS	F	F	2 - 181	22 - 201
1	10	MET	MET	HIS	HIS	C	C	1 - 182	21 - 202
2	10	MET	MET	HIS	HIS	D	D	1 - 182	21 - 202
1	11	MET	MET	HIS	HIS	C	C	1 - 182	21 - 202
2	11	MET	MET	HIS	HIS	E	E	1 - 182	21 - 202
1	12	THR	THR	LYS	LYS	C	C	2 - 181	22 - 201
2	12	THR	THR	LYS	LYS	F	F	2 - 181	22 - 201
1	13	MET	MET	HIS	HIS	D	D	1 - 182	21 - 202
2	13	MET	MET	HIS	HIS	E	E	1 - 182	21 - 202
1	14	THR	THR	LYS	LYS	D	D	2 - 181	22 - 201
2	14	THR	THR	LYS	LYS	F	F	2 - 181	22 - 201
1	15	THR	THR	LYS	LYS	E	E	2 - 181	22 - 201
2	15	THR	THR	LYS	LYS	F	F	2 - 181	22 - 201

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Ferritin 分子量: 24362.076 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ftl1, Ftl1-ps1 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): bacterial host / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CPX4
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6 and 2 M sodium formate / PH範囲: 4.6-8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.977999 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.977999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→166.85 Å / Num. obs: 166767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.225 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.73	26.5	4.065	8116	0.606	0.805	4.145	100
1.7-1.74	26.5	0.072	1186	0.998	0.014	0.074	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.32	データスケーリング
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LB3

1lb3

解像度: 1.7→166.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 3.38 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.0761 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1759	8321	5 %	RANDOM
R_work	0.1551	-	-	-
obs	0.1561	158407	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.47 Å² / B_iso mean: 25.306 Å² / B_iso min: 12.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.42 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→166.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8260	0	24	1137	9421
B_iso mean	-	-	53.79	38.49	-
残基数	-	-	-	-	1019

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	8670
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.67	1.64	11673
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.563	1.582	18736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.155	5	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.994	21.458	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.025	15	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.694	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	9877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1993

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5782	0.06
1	2	B	5782	0.06
2	1	A	5802	0.06
2	2	C	5802	0.06
3	1	A	5782	0.06
3	2	D	5782	0.06
4	1	A	5795	0.07
4	2	E	5795	0.07
5	1	A	5751	0.07
5	2	F	5751	0.07
6	1	B	5833	0.06
6	2	C	5833	0.06
7	1	B	5839	0.05
7	2	D	5839	0.05
8	1	B	5843	0.07
8	2	E	5843	0.07
9	1	B	5710	0.07
9	2	F	5710	0.07
10	1	C	5882	0.06
10	2	D	5882	0.06
11	1	C	5889	0.07
11	2	E	5889	0.07
12	1	C	5738	0.07
12	2	F	5738	0.07
13	1	D	5897	0.06
13	2	E	5897	0.06
14	1	D	5730	0.06
14	2	F	5730	0.06
15	1	E	5769	0.07
15	2	F	5769	0.07

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	663	5 %
R_work	0.282	11506	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5586	0.1984	0.4812	0.2263	0.2417	0.7297	-0.014	-0.0182	0.0606	-0.002	0.0066	-0.0052	-0.0879	0.0298	0.0075	0.0333	-0.0103	-0.0008	0.0088	-0.0063	0.023	7.344	-27.242	13.9855
2	0.6773	0.3201	0.2718	0.4309	0.2125	0.3264	-0.0047	0.0025	0.0339	-0.0183	-0.0053	0.0201	-0.056	0.0223	0.01	0.0139	-0.0053	0.0016	0.0067	0.0044	0.0092	20.8413	-45.0308	3.3432
3	0.8673	0.154	-0.3018	0.2489	-0.0484	0.3933	0.0107	-0.0426	0.0988	0.0642	0.0004	0.0252	-0.0923	-0.0193	-0.0111	0.1107	0.0156	0.0115	0.0603	-0.0461	0.0461	-9.9094	-19.4969	52.3673
4	0.7751	0.3508	-0.313	0.4354	-0.136	0.335	0.0055	-0.0433	0.0942	0.0433	-0.0053	0.0433	-0.0662	-0.0374	-0.0002	0.0638	0.0303	0.0071	0.0276	-0.0139	0.0296	-23.8692	-24.6775	32.7113
5	0.2324	-0.0116	0.0096	0.667	-0.3533	0.404	-0.0047	-0.0985	0.0258	0.1092	0.0017	-0.0165	-0.0573	-0.0078	0.003	0.1563	0.0069	-0.0072	0.1219	-0.0537	0.0265	2.9621	-36.9427	81.7606
6	0.1581	-0.0879	0.0518	0.5493	-0.4647	0.7053	0.0083	-0.0768	0.0455	0.0706	-0.0087	-0.0423	-0.0398	0.0111	0.0003	0.1246	-0.0236	-0.0459	0.1235	-0.0439	0.0439	25.0901	-35.4558	70.9444

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 182
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 182
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 182
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 183

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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