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万見
- PDB-6z3b: Low resolution structure of RgNanOx -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z3b
タイトルLow resolution structure of RgNanOx
要素(Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase) x 2
キーワードCARBOHYDRATE / enzyme / sialic acid / epimerase / oxidase / reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus gnavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Lee, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Uncovering a novel molecular mechanism for scavenging sialic acids in bacteria.
著者: Bell, A. / Severi, E. / Lee, M. / Monaco, S. / Latousakis, D. / Angulo, J. / Thomas, G.H. / Naismith, J.H. / Juge, N.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase
B: Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2036
ポリマ－83,4912
非ポリマー1,7114
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area28030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.100, 150.100, 193.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 368

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
1AA3 - 370
2BB1 - 368

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要素

#1: タンパク質 Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase


分子量: 41946.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus gnavus (バクテリア)
遺伝子: CDL25_11485, CDL27_13940, DW270_01520, DW812_00100, DWY88_14550, DWZ50_08505
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N5NNS3
#2: タンパク質 Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase


分子量: 41545.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus gnavus (バクテリア)
遺伝子: CDL25_11485, CDL27_13940, DW270_01520, DW812_00100, DWY88_14550, DWZ50_08505
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N5NNS3
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3000, sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→119 Å / Num. obs: 34401 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.58→2.7 Å / Num. unique obs: 1871 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UI9

5ui9


解像度: 2.58→118.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 25.866 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24971 1732 5 %RANDOM
Rwork0.21247 ---
obs0.21428 33071 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.122 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.21 Å2-0 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.58→118.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5792 0 114 70 5976
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0136064
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.6418198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2221.58112639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4965739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74123.241324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.692151040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9821530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5053.4632950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5053.4632948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5395.1873682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5395.1873682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.593.6933112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5893.693109
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6585.4754514
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.86240.166514
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.85340.1376506
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11887 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 121 -
Rwork0.376 2412 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2472-0.4093-0.27141.20580.23220.323-0.02650.1052-0.16370.1801-0.02970.37310.0210.08990.05620.0297-0.0050.01860.0603-0.02761.00510.538-16.41632.033
271.9535-20.1677-4.482210.0236-12.378942.8531-6.35131.59092.5881-0.75560.3751-2.69088.5743-2.36695.97622.7766-0.87310.45460.4153-0.07021.300932.011-19.02550.932
31.1921-0.1912-0.00810.8490.30390.77910.03880.00650.174-0.1023-0.0713-0.03160.0448-0.02710.03250.0638-0.0109-0.03410.10770.03260.844431.619-10.34925.485
42.4252-0.95340.08652.06220.02230.1931-0.00490.02650.09040.1217-0.10620.12330.0464-0.10770.11110.0545-0.0201-0.00340.09220.01790.781617.148-12.48329.532
51.25870.337-0.21441.0478-0.26830.4213-0.0287-0.064-0.1016-0.1741-0.0158-0.31280.0449-0.07510.04450.05650.01730.03510.0356-0.0080.964464.498-16.53425.856
62.38234.4447-5.716719.4053-2.182720.2036-0.4406-0.1333-0.6098-1.2973-1.3383-0.83170.7867-0.55181.77890.24440.16780.10420.5426-0.30630.719946.513-20.0728.847
71.768-0.1749-0.05680.32130.05840.03590.0431-0.04220.30140.0756-0.01240.03480.0510.0108-0.03070.08170.0168-0.0350.05-0.04170.932744.784-8.36233.182
82.13450.5047-0.09061.74860.06690.16410.0148-0.02410.1612-0.1666-0.1204-0.10390.07870.0670.10560.08030.0606-0.00360.0593-0.02820.853258.798-12.27727.609
928.47974.51535.051917.606-5.773219.17530.1037-0.5263-0.15230.4984-0.4763-0.18950.03680.05140.37250.26440.0331-0.02120.1014-0.0220.69550.352-33.73734.293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2A203 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3A209 - 271
4X-RAY DIFFRACTION4A272 - 372
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6B203 - 211
7X-RAY DIFFRACTION7B212 - 279
8X-RAY DIFFRACTION8B280 - 362
9X-RAY DIFFRACTION9B363 - 371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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