PDB-6z2n: Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z2n

タイトル

Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) in complex with BCV-L6

要素

Ferric enterobactin receptor

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TONB dependent transporter / siderophore

機能・相同性

機能・相同性情報

colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / outer membrane / enterobactin binding / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.029 Å

データ登録者

Naismith, J.H. / Moynie, L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: Hijacking of the Enterobactin Pathway by a Synthetic Catechol Vector Designed for Oxazolidinone Antibiotic Delivery in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Moynie, L. / Hoegy, F. / Milenkovic, S. / Munier, M. / Paulen, A. / Gasser, V. / Faucon, A.L. / Zill, N. / Naismith, J.H. / Ceccarelli, M. / Schalk, I.J. / Mislin, G.L.A.

履歴

登録	2020年5月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z2n.cif.gz	277.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z2n.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z2n_validation.pdf.gz	782.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z2n_full_validation.pdf.gz	796.9 KB	表示
XML形式データ	6z2n_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	6z2n_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/6z2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/6z2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nc3C 6y47C 6yy5C 6z33C 7obwC 6q5eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mzs-d 6y47-d 6i2j-d 5nr2-d 6r1f-d 5nc3-d 5fok-2 5nc4-d 6z33-d 6q5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Ferric enterobactin receptor

ヘテロ分子

79.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.240, 156.625, 77.492
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ferric enterobactin receptor 分子量: 78744.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: pfeA, PA2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05098
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-Q5N / BCV-L6 / [4-[[[(2~{S})-2,6-bis[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]hexanoyl]amino]methyl]-1,2,3-triazol-1-yl]methyl 4-[4-[(5~{R})-5-(acetamidomethyl)-2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl]-2-fluoranyl-phenyl]piperazine-1-carboxylate 分子量: 890.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₄₇FN₁₀O₁₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.18 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 8000, ADA, Magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.029→86.24 Å / Num. obs: 21109 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 3.03→3.08 Å / Num. unique obs: 1019 / CC_1/2: 0.485

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6q5e

6q5e

解像度: 3.029→75.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 50.249 / SU ML: 0.373 / 交差検証法: NONE / ESU R Free: 0.42 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2623	1031	4.894 %
R_work	0.2205	20036	-
all	0.223	-	-
obs	-	21067	99.82 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 122.234 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.667 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.444 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.029→75.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5370	0	35	0	5405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	5522
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	4873
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.078	0.01	8683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.111	1.648	7482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.118	1.578	11320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.733	5	697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.392	22.468	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.384	15	880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.659	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.025	0.02	6375
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	963
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	4883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.302	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.275	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.646	8.923	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.647	8.923	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.247	13.402	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.246	13.402	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.446	9.428	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.381	9.427	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.172	13.961	3995
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.171	13.961	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.358	190.476	11944
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.357	190.466	11945

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.029-3.107	0.417	72	0.358	1440	X-RAY DIFFRACTION	97.8641
3.107-3.192	0.367	79	0.328	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
3.192-3.285	0.316	69	0.294	1363	X-RAY DIFFRACTION	100
3.285-3.386	0.33	80	0.268	1340	X-RAY DIFFRACTION	100
3.386-3.497	0.328	71	0.244	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.497-3.619	0.235	58	0.232	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
3.619-3.755	0.261	69	0.226	1212	X-RAY DIFFRACTION	99.922
3.755-3.908	0.301	68	0.223	1166	X-RAY DIFFRACTION	100
3.908-4.082	0.252	54	0.209	1149	X-RAY DIFFRACTION	100
4.082-4.281	0.267	53	0.195	1068	X-RAY DIFFRACTION	100
4.281-4.512	0.208	43	0.175	1057	X-RAY DIFFRACTION	99.9092
4.512-4.784	0.185	46	0.156	978	X-RAY DIFFRACTION	100
4.784-5.114	0.207	50	0.158	932	X-RAY DIFFRACTION	100
5.114-5.522	0.251	45	0.178	862	X-RAY DIFFRACTION	100
5.522-6.046	0.306	35	0.205	806	X-RAY DIFFRACTION	100
6.046-6.756	0.311	37	0.195	736	X-RAY DIFFRACTION	100
6.756-7.793	0.262	36	0.192	661	X-RAY DIFFRACTION	100
7.793-9.525	0.231	27	0.196	557	X-RAY DIFFRACTION	100
9.525-13.389	0.196	24	0.222	446	X-RAY DIFFRACTION	100
13.389-75.66	0.359	15	0.414	280	X-RAY DIFFRACTION	98.9933

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -83.213 Å / Origin y: 26.9742 Å / Origin z: 95.2489 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0505 Å²	-0.0315 Å²	0.0356 Å²	-	0.0376 Å²	-0.0164 Å²	-	-	0.0516 Å²
L	2.0388 °²	0.3572 °²	0.2115 °²	-	4.9386 °²	1.1195 °²	-	-	4.453 °²
S	0.0811 Å °	-0.2272 Å °	0.0559 Å °	-0.1951 Å °	-0.0171 Å °	-0.342 Å °	-0.3546 Å °	0.1758 Å °	-0.064 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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