PDB-6z17: PqsR (MvfR) in complex with antagonist 6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z17

タイトル

PqsR (MvfR) in complex with antagonist 6

要素

Transcriptional regulator MvfR

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Pseudomonas aeruginosa / Antagonist / Quorum sensing

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Richardson, W.K. / Emsley, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Novel quinazolinone inhibitors of the Pseudomonas aeruginosa quorum sensing transcriptional regulator PqsR.
著者: Grossman, S. / Soukarieh, F. / Richardson, W. / Liu, R. / Mashabi, A. / Emsley, J. / Williams, P. / Camara, M. / Stocks, M.J.

履歴

登録	2020年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z17.cif.gz	94.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z17.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z17_validation.pdf.gz	688.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z17_full_validation.pdf.gz	691.2 KB	表示
XML形式データ	6z17_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	6z17_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/6z17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/6z17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yz3C 6z07C 6z5kC 4jvcS 6q7wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tpr-d 6yz3-d 4jvc-d 6z07-d 6q7w-d 4jvd-d 1i6a-d 6q7u-d 2v25-2 5v1z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Transcriptional regulator MvfR

ヘテロ分子

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.266, 120.266, 115.038
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Transcriptional regulator MvfR 分子量: 26749.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 遺伝子: mvfR, PA14_51340 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z7A6
#2: 化合物	ChemComp-Q4W / 6-chloranyl-3-[(2-propan-2-yl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-4-yl)methyl]quinazolin-4-one 分子量: 321.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆ClN₃OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM Sodium citrate, 200 mM Ammonium acetate, 5% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→60.13 Å / Num. obs: 8476 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 10.1 % / CC_1/2: 0.97 / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 3.15→3.37 Å / R_merge(I) obs: 0.803 / Num. unique obs: 1514 / CC_1/2: 0.966

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6q7w, 4jvc

6q7w

4jvc

解像度: 3.15→60.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 17.08 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.642 / ESU R Free: 0.352 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2411	406	4.79 %
R_work	0.1953	8070	-
all	0.198	-	-
obs	-	8476	94.524 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 131.882 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.972 Å²	2.486 Å²	0 Å²
2-	-	4.972 Å²	0 Å²
3-	-	-	-16.129 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→60.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1598	0	21	0	1619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.653	1.636	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.294	1.568	3536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.288	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.295	21.304	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.259	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.568	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	375
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	859
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.328	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.306	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	11.968	13.892	811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	11.973	13.889	809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	16.014	20.851	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	16.009	20.851	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.879	14.64	839
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.873	14.638	840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	18.016	21.63	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	18.008	21.629	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	22.707	266.682	6651
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	22.705	266.654	6652

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.15-3.232	0.425	15	0.31	600	X-RAY DIFFRACTION	95.7944
3.232-3.32	0.31	30	0.287	577	X-RAY DIFFRACTION	95.8926
3.32-3.416	0.272	28	0.262	558	X-RAY DIFFRACTION	95.7516
3.416-3.521	0.315	21	0.236	539	X-RAY DIFFRACTION	95.5631
3.521-3.637	0.296	31	0.22	529	X-RAY DIFFRACTION	95.8904
3.637-3.764	0.252	31	0.198	497	X-RAY DIFFRACTION	95.3069
3.764-3.906	0.267	23	0.199	485	X-RAY DIFFRACTION	95.1311
3.906-4.066	0.282	30	0.2	474	X-RAY DIFFRACTION	95.2741
4.066-4.246	0.18	20	0.194	455	X-RAY DIFFRACTION	94.6215
4.246-4.453	0.268	30	0.145	431	X-RAY DIFFRACTION	94.4672
4.453-4.694	0.186	20	0.137	411	X-RAY DIFFRACTION	94.7253
4.694-4.978	0.217	24	0.157	395	X-RAY DIFFRACTION	94.3694
4.978-5.321	0.168	12	0.168	370	X-RAY DIFFRACTION	93.6275
5.321-5.746	0.229	29	0.211	344	X-RAY DIFFRACTION	93.4837
5.746-6.293	0.358	19	0.22	311	X-RAY DIFFRACTION	92.9577
6.293-7.033	0.245	13	0.173	299	X-RAY DIFFRACTION	92.8571
7.033-8.116	0.271	5	0.162	264	X-RAY DIFFRACTION	92.1233
8.116-9.928	0.131	9	0.154	233	X-RAY DIFFRACTION	91.6667
9.928-13.988	0.266	7	0.164	185	X-RAY DIFFRACTION	91.4286
13.988-60.13	0.255	9	0.412	113	X-RAY DIFFRACTION	89.7059

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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