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- PDB-6z0f: Crystal structure of the membrane pseudokinase YukC/EssB from Bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z0f
タイトルCrystal structure of the membrane pseudokinase YukC/EssB from Bacillus subtilis T7SS
要素ESX secretion system protein YukC
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Type VIIb secretion system / pseudokinase / Bacillus subtilis
機能・相同性
機能・相同性情報


Type VII secretion system EssB, C-terminal-like domain / Type VII secretion system EssB / Type VII secretion system EssB, C-terminal / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukC / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX secretion system protein YukC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.553 Å
データ登録者Tassinari, M. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M. / Fronzes, R. / Gubellini, F.
引用
ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: The Antibacterial Type VII Secretion System of Bacillus subtilis: Structure and Interactions of the Pseudokinase YukC/EssB.
著者: Tassinari, M. / Doan, T. / Bellinzoni, M. / Chabalier, M. / Ben-Assaya, M. / Martinez, M. / Gaday, Q. / Alzari, P.M. / Cascales, E. / Fronzes, R. / Gubellini, F.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Central role and structure of the membrane pseudokinase YukC in the antibacterial Bacillus subtilis Type VIIb Secretion System
著者: Tassinari, M. / Doan, T. / Bellinzoni, M. / Chabalier, M. / Ben-Assaya, M. / Martinez, M. / Gaday, Q. / Alzari, P.M. / Cascales, E. / Fronzes, R. / Gubellini, F.
履歴
登録2020年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX secretion system protein YukC
B: ESX secretion system protein YukC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8772
ポリマ－97,8772
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area38320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.015, 83.41, 106.445
Angle α, β, γ (deg.)90, 108.16, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ESX secretion system protein YukC


分子量: 48938.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: yukC, BSU31890 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71070
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15 %w/v PEG 2K, 0.1 M MgCl2, 50 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.553→29.42 Å / Num. obs: 26268 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.227 / Rpim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.553→2.858 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1314 / CC1/2: 0.588 / Rpim(I) all: 0.579 / % possible all: 62.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YNQ, 4ANO

2ynq

4ano


解像度: 2.553→29.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU R Cruickshank DPI: 0.979 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.786 / SU Rfree Blow DPI: 0.356 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.373
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2685 1333 -RANDOM
Rwork0.2353 ---
obs0.2369 26268 65 %-
原子変位パラメータBiso mean: 88.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.8652 Å20 Å211.9594 Å2
2---6.5819 Å20 Å2
3----3.2833 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.553→29.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5827 0 0 8 5835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0065957HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.748125HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2687SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1028HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5957HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion811SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4415SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.73
LS精密化 シェル解像度: 2.553→2.75 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 31 -
Rwork0.2376 --
obs--6.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.302-2.2025.86363.3586-1.99866.78350.5709-0.62970.9692-0.6297-0.22930.98570.96920.9857-0.3417-0.13150.02520.2409-0.678-0.0764-0.7847114.711-11.93377.6504
20.13994.57657.11168.2638-4.23974.6492-0.080.4365-0.18950.43650.4369-0.7044-0.1895-0.7044-0.3569-0.18940.0080.0195-0.28240.1527-0.126479.5018-12.36871.3033
317.03074.10045.853802.09242.43440.4126-0.0250.2109-0.025-0.1025-0.020.2109-0.02-0.3102-0.493-0.13710.1794-0.6685-0.0095-0.332447.881-22.593855.5951
45.74832.3181-0.22184.59612.232713.34710.145-0.04881.0865-0.0488-0.2076-0.07551.0865-0.07550.0627-0.22920.10610.1162-0.84380.0211-0.430124.7487-32.353133.6264
56.9876-3.6401-5.832718.35172.819821.1575-0.5274-0.54151.8562-0.54150.4931-0.99141.8562-0.99140.03430.45870.25830.099-0.5024-0.0749-0.51528.3103-39.051316.3393
65.47141.60220.43517.7874-0.86556.9824-0.03830.2436-0.70810.2436-0.0923-0.2016-0.7081-0.20160.1306-0.63650.10590.1835-0.7124-0.0366-0.564694.95352.827794.4115
7-5.6764-2.85317.58046.1913-5.68316.5528-0.190.634-0.36760.634-0.1705-0.2979-0.3676-0.29790.3606-0.5629-0.12290.0467-0.36980.1605-0.272780.8084-17.761571.7185
810.40751.66155.062501.38992.63150.17050.1230.21130.123-0.4737-0.18370.2113-0.18370.3033-0.3017-0.10410.0261-0.3674-0.0111-0.023546.0589-20.784160.0348
911.6732-2.4463-3.69787.74312.541510.88050.77210.82690.1180.8269-0.4745-0.81160.118-0.8116-0.2976-0.2066-0.26820.2625-0.55860.0441-0.622912.1773-22.742959.7403
107.8224-5.5257-1.179812.40133.959919.45070.48241.2962-0.49051.2962-0.3163-1.153-0.4905-1.153-0.1661-0.1308-0.31370.47630.6218-0.2245-0.06890.9181-18.465274.0991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|204 }A3 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|205 - A|211 }A205 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|212 - A|259 }A212 - 259
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|260 - A|338 }A260 - 338
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|339 - A|386 }A339 - 386
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|4 - B|204 }B4 - 204
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|205 - B|211 }B205 - 211
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|212 - B|259 }B212 - 259
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|260 - B|338 }B260 - 338
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|339 - B|377 }B339 - 377

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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