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- PDB-6z03: DNA Topoisomerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z03
タイトルDNA Topoisomerase
要素DNA topoisomerase I
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Topoisomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / chromosome / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Yeast DNA topoisomerase - domain 1 / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 1 / DNA topoisomerase I, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha/beta subdomain / Topoisomerase I C-terminal domain / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type, N-terminal domain superfamily / : / Eukaryotic DNA topoisomerase I, DNA binding fragment ...Yeast DNA topoisomerase - domain 1 / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 1 / DNA topoisomerase I, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha/beta subdomain / Topoisomerase I C-terminal domain / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type, N-terminal domain superfamily / : / Eukaryotic DNA topoisomerase I, DNA binding fragment / C-terminal topoisomerase domain / DNA Topoisomerase I (eukaryota) / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / DNA topoisomerase I / DNA topoisomerase I, catalytic core, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha-helical subdomain, eukaryotic-type / Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caldiarchaeum subterraneum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Takahashi, T.S. / Gadelle, D. / Forterre, P. / Mayer, C. / Petrella, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-17-CE12-0032 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Topoisomerase I (TOP1) dynamics: conformational transition from open to closed states.
著者: Takahashi, D.T. / Gadelle, D. / Agama, K. / Kiselev, E. / Zhang, H. / Yab, E. / Petrella, S. / Forterre, P. / Pommier, Y. / Mayer, C.
履歴
登録2020年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase I
B: DNA topoisomerase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,1672
ポリマ－127,1672
非ポリマー00
水7,800433
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area53220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.470, 94.680, 92.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase I


分子量: 63583.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldiarchaeum subterraneum (古細菌)
遺伝子: HGMM_F15C04C08 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6NAV3, EC: 5.99.1.2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 6000, 1 M LiCl 100mM Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.197→86.016 Å / Num. obs: 61691 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.197→2.235 Å / Rmerge(I) obs: 0.982 / Num. unique obs: 3039 / CC1/2: 0.668

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSJan 26, 2018データ削減
autoPROC1.1.7 (20171219)データスケーリング
MOLREPCCP4Interface 7.0.053位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z01

6z01


解像度: 2.2→70.07 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2413 2972 4.82 %
Rwork0.1916 --
obs0.194 61683 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.08 Å2 / Biso mean: 54.8044 Å2 / Biso min: 21.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→70.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8707 0 0 433 9140
Biso mean---47.68 -
残基数----1043
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.230.37941250.282627712896
2.23-2.270.30291530.272427772930
2.27-2.310.32891450.249528002945
2.31-2.360.29391330.242827732906
2.36-2.410.27761310.228527942925
2.41-2.460.31411770.226527362913
2.46-2.510.30031370.2328282965
2.51-2.580.29531400.222527782918
2.58-2.650.29911260.223528002926
2.65-2.730.29851420.231127882930
2.73-2.810.29921470.229328012948
2.81-2.910.26521450.215327552900
2.91-3.030.28621330.230728152948
3.03-3.170.25621270.219528152942
3.17-3.340.26541310.210927862917
3.34-3.540.23451550.187427902945
3.54-3.820.20681300.179228242954
3.82-4.20.21041470.159827992946
4.2-4.810.19381390.153328192958
4.81-6.060.2151620.17127912953
6.06-70.070.20331470.154128713018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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