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- PDB-6yzz: Arabidopsis thaliana Naa50 in complex with AcCoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yzz
タイトルArabidopsis thaliana Naa50 in complex with AcCoA
要素N-alpha-acetyltransferase 50
キーワードTRANSFERASE / N-alpha-acetyltransferase / GNAT-fold / Naa50 / Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


seedling development / cell death / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / root development / response to endoplasmic reticulum stress / endoplasmic reticulum / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Weidenhausen, J. / Kopp, J. / Lapouge, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SI 586/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)201348542 - SFB 1036(TP22) ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural and functional characterization of the N-terminal acetyltransferase Naa50.
著者: Weidenhausen, J. / Kopp, J. / Armbruster, L. / Wirtz, M. / Lapouge, K. / Sinning, I.
履歴
登録2020年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-alpha-acetyltransferase 50
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2132
ポリマ－19,4031
非ポリマー8101
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALS: protein elutes as a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area8230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.164, 100.164, 100.164
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-386-

HOH

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要素

#1: タンパク質 N-alpha-acetyltransferase 50 / At5g11340 / Separation anxiety protein-like


分子量: 19403.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g11340, F2I11.230, F2I11_230 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9LFM3
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 34 mg mL-1 protein (20 mM HEPES pH 8.0, 250 mM NaCl) mixed with AcCoA (5.4 mM); drops (600 nL): 1:1 mix of (20 mM HEPES pH 8.0, 250 mM NaCl) and (0.9 M sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate ...詳細: 34 mg mL-1 protein (20 mM HEPES pH 8.0, 250 mM NaCl) mixed with AcCoA (5.4 mM); drops (600 nL): 1:1 mix of (20 mM HEPES pH 8.0, 250 mM NaCl) and (0.9 M sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5). Growth after 19 h, 20 % glycerol (v/v) as cryo protection

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→40.89 Å / Num. obs: 16046 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 33.54 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 914 / CC1/2: 0.616 / Rpim(I) all: 0.752 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Nov 11, 2017 BUILT=20171111データ削減
Aimless7.0.073データスケーリング
Coot0.8.9.2モデル構築
PHASER1.17.1_3660位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ob0

2ob0


解像度: 1.79→40.89 Å / SU ML: 0.1925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4281
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 852 5.31 %
Rwork0.1699 15184 -
obs0.1713 16036 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→40.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1207 0 51 86 1344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00691286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92121745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6939469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.90.32531470.2582492X-RAY DIFFRACTION99.85
1.9-2.040.26271390.22232512X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.250.26041030.19372550X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.570.21451380.18872528X-RAY DIFFRACTION99.89
2.58-3.240.18731650.18782508X-RAY DIFFRACTION99.93
3.25-40.890.16921600.14212594X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6029710084-0.4567282815232.930321690576.74676019202-2.140250002642.126653929820.4125690004131.00147859123-0.264711360195-1.48949433739-0.2094558337270.417499765491.006463356460.1959875343690.02444255761760.4739563331860.01994633508090.02153096143320.385765716489-0.06989056891820.259942696416-11.90050518121.4632462512-5.47102541358
25.668226579270.9733828370741.014071496582.16332948721-0.5535151819873.92869311648-0.07479537043280.1473163939220.072754178248-0.179123418058-0.0250450465036-0.142266295844-0.1325780943020.2533759931490.09149256700570.2428295774140.03072925951930.02993466758450.2120029662580.00381808274430.192685693607-7.875396581824.81197856784.60578463913
310.02681454333.75626159782-7.285222010025.40713911108-3.571034584499.16929449980.206218139525-0.6932337441010.2681798112660.360932390475-0.1862659794070.129493955971-0.3187276404710.755213373354-0.1984922245140.2563881857160.00147924845978-0.03720051039980.2918020910530.01364315861350.193425138814-15.401627458725.3200193925.00850747291
43.32741644894.59321256316-0.7812647227627.93394800082-3.550066046854.048148950220.162511331911-0.5558931653170.7925313411320.336294548394-0.1378107226010.738770902697-0.236586936647-0.0712801807866-0.1349269201580.2852832215170.0368849877675-0.002726098248830.291120084175-0.06685144356230.3115842773-22.899030519727.158230798510.2597538366
59.347249507372.22598826177-2.668014018542.53112069505-1.794379776963.54264235518-0.1108527185831.116927661950.262435727811-0.3613203021210.09823630057030.0356735718447-0.0832154532758-0.1815139831040.02194296417990.352035643461-0.0026757382191-0.05334644197630.3487028665130.04109854426960.227894936936-17.405310314829.443084627-4.66549500188
66.871046886253.194404900044.055838823042.627354845655.556802930838.80439958664-0.248240972774-0.03716955933580.9378690652950.324768064537-0.0265795945250.768491601371-0.4441936117030.1379448197730.2794671040810.2624930004360.0270501822515-0.03339256685010.209743078209-0.0001778784235080.298974834376-23.549319491632.89319893878.33828290349
72.225546919544.220291563435.005403182492.101276993541.756659239742.21298815953-0.5405406989220.9582645106551.43185643991-0.820757439690.08204887618870.430051886825-1.406328186160.5469186596050.4376440509990.601653690215-0.0205719104977-0.06266106966070.4899829487410.1301647082740.552275549515-21.190142326341.07347671880.0733057705887
82.225022720550.7113764653231.973902085692.208378146011.890435463662.13418247711-0.270116878383-0.246355798690.6168754001460.217746337685-0.1265736661150.948873976187-1.05148861502-0.8092960965930.8734954868780.5136144593180.114059099958-0.04303973217740.452977613154-0.04545082099320.543830469052-27.15410865539.76112519229.70379189997
92.05721405129-0.905869275885.277811408465.20405085039-3.551026919894.332039298860.3899150359440.11980987509-0.107220112916-0.337263495575-0.0404841594929-0.9348108141390.08486600799161.05004711044-0.3791108574580.4724052663930.0770002274153-0.1057567677740.552020047735-0.1903275446860.609842398254-13.678633690340.640578299318.2557447157
106.406459456592.654019307384.134932499836.444287295883.621553113072.45202227325-0.237262847361-0.4342781772830.02772999853120.04526338322760.1212853838850.151069198638-0.4127876335-0.513195040881-0.02926468597930.380160386204-0.0165592974362-0.07191572883620.3269141280270.01106561183320.413945379175-26.676293848236.12852934497.90414350142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 56 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 68 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 83 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 84 through 106 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 107 through 120 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 121 through 130 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 131 through 138 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 139 through 149 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 150 through 157 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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