PDB-6yz3: PqsR (MvfR) in complex with antagonist 19

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yz3

タイトル

PqsR (MvfR) in complex with antagonist 19

要素

LysR family transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Pseudomonas aeruginosa / Antagonist / Quorum sensing

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Richardson, W.K. / Emsley, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Novel quinazolinone inhibitors of the Pseudomonas aeruginosa quorum sensing transcriptional regulator PqsR.
著者: Grossman, S. / Soukarieh, F. / Richardson, W. / Liu, R. / Mashabi, A. / Emsley, J. / Williams, P. / Camara, M. / Stocks, M.J.

履歴

登録	2020年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年4月7日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yz3.cif.gz	95.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yz3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yz3_validation.pdf.gz	689.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yz3_full_validation.pdf.gz	690.4 KB	表示
XML形式データ	6yz3_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	6yz3_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z07C 6z17C 6z5kC 4jvcS 6q7wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6q7u-1 6z5k-1 6q7w-1 6z07-1 4jvi-1 6tpr-1 4jvd-1 6ady-d 6adx-d 4jvc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

AAA: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.318, 119.318, 114.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	LysR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator MvfR 分子量: 26749.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: mvfR, DY930_15985, E4V10_05145, F3H14_28375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C6ZJJ6
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-Q25 / 6-chloranyl-3-[(2-hexyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-4-yl)methyl]quinazolin-4-one 分子量: 361.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀ClN₃OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.508939 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.7378 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 100 mM Sodium citrate, 0.2 M Ammonium Acetate and 3% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→59.73 Å / Num. obs: 10169 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / R_merge(I) obs: 1.677 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1599 / CC_1/2: 0.932

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JVC, 6Q7W

4jvc

6q7w

解像度: 3→59.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 16.604 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.423 / ESU R Free: 0.319 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2551	428	4.222 %
R_work	0.1935	-	-
all	0.196	-	-
obs	-	10138	99.961 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 127.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.516 Å²	2.258 Å²	0 Å²
2-	-	4.516 Å²	0 Å²
3-	-	-	-14.651 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→59.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1598	0	28	8	1634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.343	1.638	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.333	1.568	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.042	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.598	21.304	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.329	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.845	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	815
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	903
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.233	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	11.582	13.336	811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	11.488	13.327	809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	15.287	20.012	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	15.249	20.016	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.393	14.27	845
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.388	14.268	846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	17.473	20.989	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	17.466	20.988	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	23.198	255.447	6722
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	23.196	255.422	6723

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.078	0.442	27	0.391	699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.078-3.162	0.368	25	0.378	686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.162-3.254	0.284	29	0.305	661	X-RAY DIFFRACTION	99.8553
3.254-3.354	0.241	27	0.274	643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.354-3.464	0.519	19	0.247	636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.464-3.585	0.333	28	0.22	617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.585-3.72	0.225	27	0.209	576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-3.872	0.28	28	0.205	563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.872-4.044	0.25	20	0.196	551	X-RAY DIFFRACTION	100
4.044-4.241	0.182	26	0.144	526	X-RAY DIFFRACTION	100
4.241-4.47	0.155	22	0.149	494	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-4.741	0.186	16	0.131	482	X-RAY DIFFRACTION	100
4.741-5.068	0.264	21	0.145	448	X-RAY DIFFRACTION	100
5.068-5.473	0.235	22	0.167	415	X-RAY DIFFRACTION	100
5.473-5.994	0.306	19	0.194	396	X-RAY DIFFRACTION	100
5.994-6.699	0.253	21	0.221	349	X-RAY DIFFRACTION	100
6.699-7.731	0.105	11	0.186	325	X-RAY DIFFRACTION	100
7.731-9.458	0.29	21	0.153	272	X-RAY DIFFRACTION	100
9.458-13.33	0.222	11	0.157	229	X-RAY DIFFRACTION	100
13.33-59.73	0.372	8	0.326	142	X-RAY DIFFRACTION	98.6842

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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