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万見
- PDB-6yyh: Crystal structure of beta-D-xylosidase from Dictyoglomus thermoph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yyh
タイトルCrystal structure of beta-D-xylosidase from Dictyoglomus thermophilum in ligand-free form
要素Beta-xylosidase
キーワードHYDROLASE / Carbohydrate
機能・相同性Glycosyl hydrolases family 39 active site. / Glycoside hydrolase, family 39 / Glycosyl hydrolases family 39 / xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / CITRIC ACID / Beta-xylosidase
機能・相同性情報
生物種Dictyoglomus thermophilum H-6-12 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Lafite, P. / Daniellou, R. / Bretagne, D.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Dictyoglomus thermophilum beta-d-xylosidase DtXyl unravels the structural determinants for efficient notoginsenoside R1 hydrolysis.
著者: Bretagne, D. / Paris, A. / de Vaumas, R. / Lafite, P. / Daniellou, R.
履歴
登録2020年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylosidase
B: Beta-xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,8596
ポリマ－122,4132
非ポリマー4464
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area40670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.140, 159.140, 100.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Beta-xylosidase


分子量: 61206.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyoglomus thermophilum H-6-12 (バクテリア)
遺伝子: DICTH_1792 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: B5YB78, xylan 1,4-beta-xylosidase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Ammonium Sulfate 0.1 M Na citrate pH 5.6 10% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→47.06 Å / Num. obs: 39616 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.886 % / Biso Wilson estimate: 72.964 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.859 / Net I/σ(I): 23.69 / Num. measured all: 827425
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.72-2.8821.0741.2072.74131984633862630.8781.23798.8
2.88-3.0821.2370.7394.74126341595059490.9540.757100
3.08-3.3220.4970.3848.92113962556055600.9860.394100
3.32-3.6421.1030.216.96108408513751370.9960.205100
3.64-4.0721.4940.11828.17100269466546650.9980.12100
4.07-4.6920.3170.07641.3183788412441240.9990.078100
4.69-5.7320.8340.06547.4973314351935190.9990.067100
5.73-8.0421.0280.05753.6758017275927590.9990.059100
8.04-47.0619.1110.03185.07313421649164010.03299.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.56 Å47.06 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.17.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PX8

1px8


解像度: 2.72→47.06 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 1979 5 %
Rwork0.1996 --
obs0.2024 39609 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.89 Å2 / Biso mean: 68.7327 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.72→47.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8298 0 27 35 8360
Biso mean--76.4 56.66 -
残基数----1002
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.72-2.780.42071360.3272581271797
2.78-2.860.36321400.297726692809100
2.86-2.940.31831420.267626922834100
2.94-3.040.34081390.256326482787100
3.04-3.150.36311400.250926682808100
3.15-3.270.34311410.249426652806100
3.27-3.420.33461410.251826792820100
3.42-3.60.31071400.236526702810100
3.6-3.830.28631430.212427032846100
3.83-4.120.24511410.194826782819100
4.12-4.540.24741420.164727012843100
4.54-5.20.20441430.155827152858100
5.2-6.540.22411440.181127382882100
6.54-47.060.18231470.170928232970100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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