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- PDB-6yy5: Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yy5
タイトルCrystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) in complex with TCV_L5
要素Ferric enterobactin receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TONB dependent transporter / siderophore
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transport / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / outer membrane / enterobactin binding / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-QDQ / Ferric enterobactin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.717 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Moynie, L.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative 英国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: Hijacking of the Enterobactin Pathway by a Synthetic Catechol Vector Designed for Oxazolidinone Antibiotic Delivery in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Moynie, L. / Hoegy, F. / Milenkovic, S. / Munier, M. / Paulen, A. / Gasser, V. / Faucon, A.L. / Zill, N. / Naismith, J.H. / Ceccarelli, M. / Schalk, I.J. / Mislin, G.L.A.
履歴
登録2020年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Ferric enterobactin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0003
ポリマ－78,7441
非ポリマー1,2562
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area27930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.795, 157.049, 77.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Ferric enterobactin receptor


分子量: 78744.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: pfeA, PA2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05098
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-QDQ / ~{N}-[2-[[(2~{S})-3-[[(2~{S})-3-[[1-[2-[2-[2-[4-[4-[5-(acetamidomethyl)-2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl]-2-fluoranyl-phenyl]piperazin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethoxy]ethoxy]ethyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methylamino]-2-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-2,3-bis(oxidanyl)benzamide


分子量: 1200.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H62FN13O18 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 8000, ADA, Magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.717→75.293 Å / Num. obs: 28920 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.717→2.76 Å / Rmerge(I) obs: 1.752 / Num. unique obs: 1334 / CC1/2: 0.443 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6q5e

6q5e


解像度: 2.717→75.293 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 32.532 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.58 / ESU R Free: 0.318 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1465 5.075 %
Rwork0.2144 --
all0.216 --
obs-28865 99.634 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 95.139 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.126 Å20 Å20 Å2
2---0.961 Å20 Å2
3----0.165 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.717→75.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5370 0 50 7 5427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0135533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174871
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.0550.018145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.6487508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1741.57711321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5275697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3622.468308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.75715880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4731540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.026408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2080.24706
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.22532
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.22681
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.070.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0790.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3980.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.340.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4846.5362791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4856.5362790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.3949.8243487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.3939.8253488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1887.0312742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.1757.0312740
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.62310.3744021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.62210.3754022
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.82136.21911522
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.82136.21711522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.717-2.7880.3681030.37919170.37821170.6290.62495.4180.375
2.788-2.8640.3921090.33119410.33520520.7630.76199.90250.32
2.864-2.9470.3051100.30118630.30119760.8280.8399.84820.282
2.947-3.0370.3421040.28218390.28519430.8380.8721000.258
3.037-3.1370.341050.26117910.26518970.8460.89699.94730.233
3.137-3.2470.275960.22417250.22718210.9110.9251000.197
3.247-3.3690.245830.2116810.21217650.9230.93599.94330.189
3.369-3.5060.2791100.21115890.21516990.9160.9361000.193
3.506-3.6620.256660.20915610.21116270.9250.9381000.197
3.662-3.840.265810.21214900.21515710.9160.9321000.201
3.84-4.0470.216660.19414140.19514800.9370.9441000.185
4.047-4.2920.241600.1813800.18214400.9290.9561000.177
4.292-4.5870.243520.18712810.18913330.9290.9521000.185
4.587-4.9530.245770.1811550.18412320.9270.9511000.181
4.953-5.4230.222590.19111090.19311680.9430.9551000.194
5.423-6.060.252530.20810020.2110550.9440.9591000.212
6.06-6.990.257440.1968970.1999410.9340.9521000.204
6.99-8.5420.25430.1777670.1818100.9260.9591000.189
8.542-12.0030.184310.1836120.1836430.960.9621000.201
12.003-75.2930.318130.3483860.3463990.9680.8511000.39
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -83.4932 Å / Origin y: 27.057 Å / Origin z: 95.3847 Å
111213212223313233
T0.0795 Å2-0.0466 Å20.0606 Å2-0.0647 Å2-0.0393 Å2--0.0507 Å2
L1.6976 °20.3767 °20.2187 °2-3.706 °21.3559 °2--4.0188 °2
S0.0613 Å °-0.1572 Å °0.025 Å °-0.4467 Å °0.1303 Å °-0.3753 Å °-0.2542 Å °0.2646 Å °-0.1916 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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