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- PDB-6yx3: Crystal structure of SAICAR Synthetase (PurC) from Mycobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yx3
タイトルCrystal structure of SAICAR Synthetase (PurC) from Mycobacterium abscessus in complex with ATP
要素Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
キーワードLIGASE / SAICAR synthetase / Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / PurC / Purine Biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Thomas, S.E. / Charoensutthivarakul, S. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L.
資金援助 スイス, 英国, 2件
組織認可番号国
Other privateFondation Botnar Grant No.6063 スイス
Other privateCystic Fibrosis Trust SRC010 英国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: Development of Inhibitors of SAICAR Synthetase (PurC) from Mycobacterium abscessus Using a Fragment-Based Approach.
著者: Charoensutthivarakul, S. / Thomas, S.E. / Curran, A. / Brown, K.P. / Belardinelli, J.M. / Whitehouse, A.J. / Acebron-Garcia-de-Eulate, M. / Sangan, J. / Gramani, S.G. / Jackson, M. / Mendes, ...著者: Charoensutthivarakul, S. / Thomas, S.E. / Curran, A. / Brown, K.P. / Belardinelli, J.M. / Whitehouse, A.J. / Acebron-Garcia-de-Eulate, M. / Sangan, J. / Gramani, S.G. / Jackson, M. / Mendes, V. / Floto, R.A. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G. / Abell, C.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7206
ポリマ－33,9001
非ポリマー8205
水7,314406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.758, 64.114, 49.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase


分子量: 33900.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア)
遺伝子: purC, MAB_0689 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B1MHW4, phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.28 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 25 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→45.61 Å / Num. obs: 62449 / % possible obs: 76.4 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 9.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 23.1 / Num. measured all: 302987
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.22-1.292.60.342619523410.8080.2470.4243.317.8
3.66-45.615.10.0331519229950.9970.0160.03742.696.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9-1692精密化
Aimless0.5.1データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YVQ

6yvq


解像度: 1.22→37.165 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1792 3066 4.91 %
Rwork0.1614 59352 -
obs0.1623 62418 76.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.28 Å2 / Biso mean: 16.8884 Å2 / Biso min: 5.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.22→37.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2275 0 47 406 2728
Biso mean--30.01 28.2 -
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1143295
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.612866
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.22-1.23880.5882180.40182638
1.2388-1.25920.2552290.259753115
1.2592-1.28090.2276390.232381623
1.2809-1.30420.2723550.213113532
1.3042-1.32920.2029920.1913143241
1.3292-1.35640.1893740.1861180251
1.3564-1.38590.22011010.1839220563
1.3859-1.41810.21041400.1802256473
1.4181-1.45360.21331660.1741302185
1.4536-1.49290.19311910.1701324494
1.4929-1.53680.16642090.1723349399
1.5368-1.58640.18191730.16953510100
1.5864-1.64310.23671580.16563565100
1.6431-1.70890.18351900.16963508100
1.7089-1.78670.1841530.17293539100
1.7867-1.88090.21471640.16933570100
1.8809-1.99870.17621990.16213511100
1.9987-2.1530.18531650.15263546100
2.153-2.36960.17291590.15513576100
2.3696-2.71240.17521880.1613352399
2.7124-3.4170.18291940.156353799
3.417-37.1650.14282090.1437346197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29780.24940.07533.5178-1.40352.80420.0928-0.15160.27410.16780.05510.0645-0.29060.044-0.1250.0966-0.00990.0060.0898-0.02350.097644.410815.194852.8602
20.53410.1232-0.54510.0698-0.15880.72820.0239-0.01280.0313-0.00210.00110.004-0.04390.0406-0.03220.07470.0021-0.00510.0831-0.00590.081637.2474.749662.1475
30.8976-0.37570.13580.7463-0.23770.84760.00490.00520.0327-0.0052-0.0199-0.0041-0.01630.03130.00420.0549-0.008-0.00460.0604-0.00340.075626.04371.046267.7344
40.6580.29560.59011.17990.65262.00390.0756-0.0824-0.02420.0903-0.0076-0.02370.0194-0.0155-0.0760.0615-0.00560.02460.10360.01140.08847.6024-2.05872.0037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 31 )A0 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 117 )A32 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 118 through 240 )A118 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 241 through 296 )A241 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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