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万見
- PDB-6yww: MeCP2 is a microsatellite binding protein that protects CA repeat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yww
タイトルMeCP2 is a microsatellite binding protein that protects CA repeats from nucleosome invasion
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*G)-3')
  • DNA/RNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*A)-R(P*(5HC))-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*A)-3')
  • Truncated methyl CpG binding protein 2 transcript 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Rett Syndrome / Microsatellite DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Truncated methyl CpG binding protein 2 transcript 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Ibrahim, A. / Papin, C. / Mohideen-Abdul, K. / Gras, S.L. / Stoll, I. / Bronner, C. / Dimitrov, S. / Klaholz, B.P. / Hamiche, A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: MeCP2 is a microsatellite binding protein that protects CA repeats from nucleosome invasion.
著者: Ibrahim, A. / Papin, C. / Mohideen-Abdul, K. / Le Gras, S. / Stoll, I. / Bronner, C. / Dimitrov, S. / Klaholz, B.P. / Hamiche, A.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22021年7月28日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.32021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Truncated methyl CpG binding protein 2 transcript 1
B: DNA/RNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*A)-R(P*(5HC))-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7373
ポリマ－23,7373
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.377, 48.986, 66.187
Angle α, β, γ (deg.)90, 90.53, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-221-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Truncated methyl CpG binding protein 2 transcript 1


分子量: 11441.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MECP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5L9I4
#2: DNA鎖 DNA/RNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*A)-R(P*(5HC))-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 6075.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*G)-3')


分子量: 6219.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM HEPES 7.5, 300 mM NH4Cl, 30% PEG 2000, 1% Dioxane and 1 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→66.18 Å / Num. obs: 6178 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.35 Å / Num. unique obs: 310 / CC1/2: 0.311

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C2I

3c2i


解像度: 2.102→66.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU R Cruickshank DPI: 1.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.338 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.328
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 312 -RANDOM
Rwork0.2205 ---
obs0.2225 6178 50.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1316 Å20 Å2-5.0558 Å2
2--12.8112 Å20 Å2
3----15.9428 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→66.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数570 816 0 82 1468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091498HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.992194HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d407SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes147HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1498HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion191SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact668SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion31.67
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.35 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3838 18 -
Rwork0.2385 --
obs--12.31 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41592.35863.46085.92371.21115.6901-0.2980.4747-0.33240.47470.2286-0.1009-0.3324-0.10090.0694-0.22140.3059-0.14980.1133-0.21-0.1216-6.3544-15.787817.9823
20.34441.4778-3.206100.575715.35860.4618-0.12090.4819-0.12090.15240.35390.48190.3539-0.61420.02190.305-0.15460.0488-0.1129-0.3344-20.4003-12.579719.7662
30.44261.5015-2.88970.44323.160816.57850.5287-0.0571-0.2189-0.0571-0.12130.3247-0.21890.3247-0.40740.04550.2331-0.08960.147-0.0336-0.3925-20.5285-12.346123.4834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A92 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C21 - 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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