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- PDB-6yuq: Capsule O-acetyltransferase of Neisseria meningitidis serogroup A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yuq
タイトルCapsule O-acetyltransferase of Neisseria meningitidis serogroup A in complex with polysaccharide
要素SacC
キーワードTRANSFERASE / O-acetyltransferase / a/b hydrolase fold / serine transferase / catalytic triad
機能・相同性Uncharacterised protein family (UPF0227) / Alpha/Beta hydrolase fold / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / Chem-BMX / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / SacC
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Cramer, J.T. / Fiebig, T. / Fedorov, R. / Muehlenhoff, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)262794208 ドイツ
German Research Foundation (DFG)412824531 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural and mechanistic basis of capsule O-acetylation in Neisseria meningitidis serogroup A.
著者: Fiebig, T. / Cramer, J.T. / Bethe, A. / Baruch, P. / Curth, U. / Fuhring, J.I. / Buettner, F.F.R. / Vogel, U. / Schubert, M. / Fedorov, R. / Muhlenhoff, M.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SacC
B: SacC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,26311
ポリマ－58,7492
非ポリマー1,5149
水84747
1
A: SacC
B: SacC
ヘテロ分子

A: SacC
B: SacC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,52622
ポリマ－117,4984
非ポリマー3,02818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area7960 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area38130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.483, 137.483, 70.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SacC


分子量: 29374.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌)
遺伝子: sacC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68216

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糖 , 2種, 4分子

#5: 糖 ChemComp-BMX / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-6-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE / N-acetyl-6-O-phosphono-alpha-D-mannosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16NO9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-ManpNAc6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#6: 糖 ChemComp-BM3 / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / N-acetyl-alpha-D-mannosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-mannose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-mannopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 52分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.47 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Native wild type CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of approx. 18mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother ...詳細: Native wild type CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of approx. 18mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother liquor contained 50mM HEPES pH 7.0, 100 mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 1mM EDTA, and 31-42% PEG200. Good quality crystals grew at 4, 12, and 18C.
PH範囲: 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.62 Å / Num. obs: 49502 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-2.0225.62.8181.248470.7740.5652.87499.9
2.02-2.127.31.9471.848750.8660.3781.984100
2.1-2.22.91.2052.948980.9420.2351.228100
2.2-2.31270.7984.548940.9710.1560.81399.9
2.31-2.4627.20.4427.949020.9920.0860.45100
2.46-2.6527.50.2731349090.9960.0530.278100
2.65-2.9126.90.14823.349510.9990.0290.15199.9
2.91-3.3325.60.08342.549650.9990.0170.08599.9
3.33-4.224.10.0567.5501610.010.05199.9
4.2-48.6223.70.0480.552450.9980.0080.04199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YUO

6yuo


解像度: 1.95→46.27 Å / SU ML: 0.2771 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.6893
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 2475 5 %
Rwork0.2095 --
obs0.21 49462 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3898 0 92 47 4037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00564070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75365518
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0523634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036683
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.65731451
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.990.42571350.38922556X-RAY DIFFRACTION99.89
1.99-2.030.35911360.35232572X-RAY DIFFRACTION99.74
2.03-2.070.36071360.32982576X-RAY DIFFRACTION99.85
2.07-2.120.34961340.30062566X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.170.31981360.29192569X-RAY DIFFRACTION99.93
2.17-2.230.29581340.26852573X-RAY DIFFRACTION99.96
2.23-2.30.27771380.26882589X-RAY DIFFRACTION99.93
2.3-2.370.3031370.25742599X-RAY DIFFRACTION99.89
2.37-2.460.27591340.25652569X-RAY DIFFRACTION99.74
2.46-2.560.27361370.26052586X-RAY DIFFRACTION99.93
2.56-2.670.33131360.25692600X-RAY DIFFRACTION99.82
2.67-2.810.27241390.25952615X-RAY DIFFRACTION99.93
2.81-2.990.25041370.25242591X-RAY DIFFRACTION99.74
2.99-3.220.30491380.26142633X-RAY DIFFRACTION99.93
3.22-3.540.22081380.2362626X-RAY DIFFRACTION99.86
3.54-4.060.18181410.19482656X-RAY DIFFRACTION99.96
4.06-5.110.1991400.16512678X-RAY DIFFRACTION99.96
5.11-46.270.17721490.17492833X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.25281784017-0.02146390075751.435333172583.105876358720.4163050565964.2815573614-0.08077584460280.607793412867-0.185272893419-0.2665041095420.211205946926-0.1686547588510.08536253479210.526052425546-0.1094347346860.431147250006-0.0383903206750.01193308550450.434130478689-0.04446547552320.33965301191-6.6631366186239.8526609007-29.4478050951
22.986769516471.08614677782-1.668604748673.08826241862-1.598424228954.10746816191-0.0834255272161-0.271833686261-0.3498488428080.169877097435-0.130594479159-0.2305817687140.5111800275050.3065367631950.2087243117960.4900681379550.0367205650154-0.06178457283520.435509048905-0.06918402745080.445063516037-1.2634356778431.12190247953.25547887035
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 1 - 245 / Label seq-ID: 1 - 245

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain A and resseq 1:245)AA
22(chain B and resseq 1:245)BE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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