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万見
- PDB-6yu8: RNA Methyltransferase of Sudan Ebola Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yu8
タイトルRNA Methyltransferase of Sudan Ebola Virus
要素
  • Methyltransferase domain of the L protein
  • VHH antiboby
キーワードTRANSFERASE / RNA Methyltransferase / Virus / Ebola / L protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / virion component => GO:0044423 / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity ...negative stranded viral RNA transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / virion component => GO:0044423 / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L, filovirus / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Sudan virus - Boniface
Sudan
1976
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.841 Å
データ登録者Ferron, F. / Valle, C. / Zamboni, V. / Canard, B. / Decroly, E.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05 フランス
French National Research AgencyANR-16_CE11_0031_01 フランス
French Ministry of Armed Forces2009.34.0038 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: First insights into the structural features of Ebola virus methyltransferase activities.
著者: Valle, C. / Martin, B. / Ferron, F. / Roig-Zamboni, V. / Desmyter, A. / Debart, F. / Vasseur, J.J. / Canard, B. / Coutard, B. / Decroly, E.
履歴
登録2020年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22021年8月4日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase domain of the L protein
B: VHH antiboby
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,99427
ポリマ－49,7152
非ポリマー1,27925
水7,728429
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.761, 153.761, 105.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2384-

HOH

21A-2485-

HOH

31A-2496-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methyltransferase domain of the L protein


分子量: 35632.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sudan virus - Boniface, Sudan,1976 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5XX01*PLUS
#2: 抗体 VHH antiboby


分子量: 14082.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lama glama (ラマ)

-
非ポリマー , 6種, 454分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 8% PEG 20000 Tris 0.1M NaCl 0,15M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.28242 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.841→82.622 Å / Num. obs: 63696 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.841→1.873 Å / 冗長度: 41 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3136 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (29-NOV-2019)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDS20190315データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6gkd

6gkd


解像度: 1.841→82.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.093
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2151 3165 4.97 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
obs0.1959 63695 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 148.59 Å2 / Biso mean: 39.24 Å2 / Biso min: 21.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7624 Å20 Å20 Å2
2---0.7624 Å20 Å2
3---1.5249 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.841→82.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3051 0 83 429 3563
Biso mean--63.54 54.02 -
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1095SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes525HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3185HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion418SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2998SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3195HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4326HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.27
LS精密化 シェル解像度: 1.841→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 69 5.42 %
Rwork0.2146 1205 -
obs--99.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28830.0718-0.16130.24940.03810.24250.02720.0603-0.0512-0.0319-0.0563-0.0182-0.04380.04810.0291-0.02020.00550.0079-0.0428-0.0134-0.049106.999441.689612.3691
21.27340.3067-0.43512.68910.89052.37310.0065-0.0291-0.08060.0554-0.09940.22930.5-0.1180.09280.0716-0.03340.0172-0.1411-0.0683-0.059992.76828.243513.9206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1755 - 2042
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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