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- PDB-6ytd: CLK1 V324A mutant bound with benzothiazole Tg003 (Cpd 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ytd
タイトルCLK1 V324A mutant bound with benzothiazole Tg003 (Cpd 2)
要素Dual specificity protein kinase CLK1
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Complex / CLK1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dual-specificity kinase / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EAE / Dual specificity protein kinase CLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schroeder, M. / Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: DFG-1 Residue Controls Inhibitor Binding Mode and Affinity, Providing a Basis for Rational Design of Kinase Inhibitor Selectivity.
著者: Schroder, M. / Bullock, A.N. / Fedorov, O. / Bracher, F. / Chaikuad, A. / Knapp, S.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8032
ポリマ－39,5531
非ポリマー2491
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.917, 64.702, 89.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity protein kinase CLK1 / CDC-like kinase 1


分子量: 39553.457 Da / 分子数: 1 / 変異: V324A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK1, CLK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49759, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-EAE / (1~{Z})-1-(3-ethyl-5-methoxy-1,3-benzothiazol-2-ylidene)propan-2-one / TG-003


分子量: 249.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 17% PEG 3350, 0,2M Na malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.56 Å / Num. obs: 27570 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 165050 / Scaling rejects: 78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.056.20.6181259420450.8510.2680.6752.898
8.94-48.565.90.07819943390.9910.0350.08623.398.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.3データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1z57

1z57


解像度: 2→45.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.371 / SU ML: 0.112 / SU R Cruickshank DPI: 0.1719 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.16
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1329 4.8 %RANDOM
Rwork0.1794 ---
obs0.1818 26239 96.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.33 Å2 / Biso mean: 28.811 Å2 / Biso min: 15.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å2-0.11 Å2
2---1.59 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→45.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2770 0 17 254 3041
Biso mean--19.67 38.8 -
残基数----339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132869
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5841.643880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3121.5866102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1615340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.35421.615161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23615505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7821520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02634
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 95 -
Rwork0.221 1947 -
all-2042 -
obs--97.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.105-2.18290.30594.2560.39191.6204-0.03450.04720.39240.10240.0859-0.6786-0.0120.1711-0.05140.007-0.0001-0.01660.033-0.0150.1127-13.8199.63718.686
22.0315-0.54090.07821.5765-0.14781.34050.0383-0.10810.01710.0446-0.0539-0.46790.09440.53380.01560.010.0339-0.01930.22290.01540.15058.581.88923.708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A146 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2A234 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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