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- PDB-6ys9: T_926 truncate of ChlH from Thermosynechococcus elongatus at 1.64... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ys9
タイトルT_926 truncate of ChlH from Thermosynechococcus elongatus at 1.64 A resolution
要素Magnesium-protoporphyrin methyltransferase
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Magnesium chelatase / chlorophyll / bacteriochlorophyll
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium chelatase / magnesium chelatase activity / chlorophyll biosynthetic process / photosynthesis / methyltransferase activity / methylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Magnesium-chelatase, subunit H / Magnesium chelatase, subunit H, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3479) / CobN/magnesium chelatase / CobN/Magnesium Chelatase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / magnesium chelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Bisson, C. / Hunter, C.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2020
タイトル: The active site of magnesium chelatase.
著者: Adams, N.B.P. / Bisson, C. / Brindley, A.A. / Farmer, D.A. / Davison, P.A. / Reid, J.D. / Hunter, C.N.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium-protoporphyrin methyltransferase
B: Magnesium-protoporphyrin methyltransferase
C: Magnesium-protoporphyrin methyltransferase
D: Magnesium-protoporphyrin methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,5318
ポリマ－184,3754
非ポリマー1564
水9,980554
1
A: Magnesium-protoporphyrin methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1332
ポリマ－46,0941
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Magnesium-protoporphyrin methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1332
ポリマ－46,0941
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Magnesium-protoporphyrin methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1332
ポリマ－46,0941
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Magnesium-protoporphyrin methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1332
ポリマ－46,0941
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.480, 140.330, 78.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Magnesium-protoporphyrin methyltransferase


分子量: 46093.746 Da / 分子数: 4 / 変異: Truncated at the N-terminus / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal His-tag
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
遺伝子: chlH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DM52
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20-22% PEG 6000, 100 mM Tris pH 8, 200 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97633 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97633 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.893
11-L, -K, -H20.107
反射解像度: 1.64→64.38 Å / Num. obs: 172739 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Num. unique obs: 10643 / CC1/2: 0.487 / Rpim(I) all: 0.442 / Rrim(I) all: 0.704 / % possible all: 76.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.5.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeMet poly-Ala model

解像度: 1.64→64.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 1.91 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 8572 5 %RANDOM
Rwork0.2008 ---
obs0.203 164121 86.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 24.569 Å2 / Biso min: 2.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.54 Å20 Å2-0.25 Å2
2--2.95 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→64.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12018 0 4 554 12576
Biso mean--28.01 23.65 -
残基数----1519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01312234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.01711320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.63816596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4191.57326202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41751511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.02922.514700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.266152123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7841596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022573
LS精密化 シェル解像度: 1.611→1.653 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 158 -
Rwork0.246 3225 -
all-3383 -
obs--22.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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