PDB-6yrx: Low-dose crystal structure of FAP at room temperature

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yrx

タイトル

Low-dose crystal structure of FAP at room temperature

要素

Fatty acid Photodecarboxylase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Low-dose / room temperature

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid photodecarboxylase / choline dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / lyase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorella variabilis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Sorigue, D. / Gotthard, G. / Blangy, S. / Nurizzo, D. / Royant, A. / Beisson, F. / Arnoux, P.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism and dynamics of fatty acid photodecarboxylase.
著者: Sorigue, D. / Hadjidemetriou, K. / Blangy, S. / Gotthard, G. / Bonvalet, A. / Coquelle, N. / Samire, P. / Aleksandrov, A. / Antonucci, L. / Benachir, A. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, ...

履歴

登録	2020年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yrx.cif.gz	137.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yrx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yrx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yrx_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yrx_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6yrx_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	6yrx_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yrx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yruSC 6yrvC 6yrzC 6ys1C 6ys2C 6zh7C 7av4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1k3c-d 6yrz-d 6asm-d 2py7-d 1k3d-d 6asi-d 4udp-2 4udq-1 2olr-d 6at4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.11577/1775333 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (6) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

62.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.650, 105.650, 158.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1124- HOH
2	1	AAA-1140- HOH

#1: タンパク質	Fatty acid Photodecarboxylase 分子量: 61086.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella variabilis (植物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2D0TC92
#2: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.06 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Na citrate, spermidine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.87→88 Å / Num. obs: 65032 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.278 % / B_iso Wilson estimate: 36.072 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_rim(I) all: 0.124 / Χ²: 0.971 / Net I/σ(I): 7.58

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.87-2	4.287	1.064	0.98	11946	0.436	1.208	99.7
2-2.16	4.19	0.628	1.83	10990	0.705	0.715	99.3
2.16-2.36	3.941	0.387	2.93	9774	0.857	0.445	98.2
2.36-2.64	4.057	0.241	4.82	8770	0.936	0.276	93.4
2.64-3.05	4.565	0.15	8.38	8251	0.977	0.171	99.8
3.05-3.73	4.545	0.076	15.71	6948	0.993	0.086	99.5
3.73-5.25	4.536	0.047	24.33	5365	0.997	0.054	98.2
5.25-88	4.437	0.04	27.15	2988	0.998	0.046	93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YRU

6yru

解像度: 1.87→47.181 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 3.759 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.18	3225	4.962 %
R_work	0.1544	-	-
all	0.156	-	-
obs	-	64990	97.984 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.631 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.073 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.282 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.209 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→47.181 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4216	0	93	340	4649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4459
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4125
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.698	1.649	6053
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.407	1.602	9580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.301	5	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.451	21.598	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.732	15	689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.029	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	802
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	3805
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.138	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.145	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.083	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.635	3.359	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.62	3.357	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.587	5.032	2848
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.582	5.031	2848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.235	3.858	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.235	3.861	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.579	5.556	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.578	5.559	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.237	39.988	4889
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.163	39.714	4839

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.918	0.335	241	0.33	4551	X-RAY DIFFRACTION	99.2132
1.918-1.971	0.319	250	0.305	4489	X-RAY DIFFRACTION	99.5797
1.971-2.028	0.275	207	0.281	4355	X-RAY DIFFRACTION	99.6723
2.028-2.091	0.257	254	0.248	4191	X-RAY DIFFRACTION	99.2188
2.091-2.159	0.251	217	0.231	4094	X-RAY DIFFRACTION	99.1947
2.159-2.235	0.247	205	0.219	3944	X-RAY DIFFRACTION	98.9506
2.235-2.319	0.237	208	0.202	3797	X-RAY DIFFRACTION	98.7183
2.319-2.414	0.225	168	0.188	3341	X-RAY DIFFRACTION	89.8822
2.414-2.521	0.184	155	0.181	3287	X-RAY DIFFRACTION	91.7377
2.521-2.644	0.238	162	0.17	3435	X-RAY DIFFRACTION	99.7504
2.644-2.787	0.196	163	0.155	3242	X-RAY DIFFRACTION	99.7948
2.787-2.956	0.188	174	0.143	3073	X-RAY DIFFRACTION	99.7236
2.956-3.159	0.179	157	0.152	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.7357
3.159-3.412	0.192	126	0.147	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.7564
3.412-3.737	0.165	118	0.128	2474	X-RAY DIFFRACTION	99.0447
3.737-4.178	0.128	119	0.1	2244	X-RAY DIFFRACTION	98.6639
4.178-4.822	0.11	118	0.082	1977	X-RAY DIFFRACTION	98.1265
4.822-5.901	0.109	70	0.095	1686	X-RAY DIFFRACTION	96.856
5.901-8.327	0.117	73	0.1	1274	X-RAY DIFFRACTION	94.6592
8.327-47	0.111	40	0.128	709	X-RAY DIFFRACTION	88.2214

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関連情報:EMDBヘッダ

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