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- PDB-6yrs: Structure of a new variant of GNCA ancestral beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yrs
タイトルStructure of a new variant of GNCA ancestral beta-lactamase
要素ancestral beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / ANCESTRAL RECONSTRUCTED
機能・相同性ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Risso, V. / Martinez-Rodriguez, S. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Modi, T. / Ozkan, S.B.
資金援助 スペイン, 米国, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2016-74875-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2015-66426-R スペイン
Human Frontier Science Program (HFSP)RGP0041/2017 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Hinge-shift mechanism as a protein design principle for the evolution of beta-lactamases from substrate promiscuity to specificity.
著者: Modi, T. / Risso, V.A. / Martinez-Rodriguez, S. / Gavira, J.A. / Mebrat, M.D. / Van Horn, W.D. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Banu Ozkan, S.
履歴
登録2020年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ancestral beta-lactamase
B: ancestral beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,68022
ポリマ－57,7502
非ポリマー1,93020
水4,558253
1
A: ancestral beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,19414
ポリマ－28,8751
非ポリマー1,31913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ancestral beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4868
ポリマ－28,8751
非ポリマー6117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.347, 81.402, 61.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ancestral beta-lactamase


分子量: 28874.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
非ポリマー , 6種, 273分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 9
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 9.0, 20% PEG200, 15% PEG4K, 10% PEG8K
PH範囲: 5.0-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日 / 詳細: monocromator
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.73 Å / Num. obs: 49578 / % possible obs: 97.68 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.03
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 4871 / CC1/2: 0.588 / % possible all: 96.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B88

4b88


解像度: 1.7→48.73 Å / SU ML: 0.206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9045
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 2530 5.1 %
Rwork0.176 --
obs0.1776 49570 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3800 0 126 253 4179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10195722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0599648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.87223387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.730.35561320.32692561X-RAY DIFFRACTION97.47
1.73-1.770.27571290.29082590X-RAY DIFFRACTION95.84
1.77-1.810.30981480.27242594X-RAY DIFFRACTION97.61
1.81-1.850.27931620.252585X-RAY DIFFRACTION97.72
1.85-1.890.28811420.2322619X-RAY DIFFRACTION98.19
1.89-1.950.22831470.20632594X-RAY DIFFRACTION98.14
1.95-20.21871640.19052607X-RAY DIFFRACTION98.33
2-2.070.20941480.17772613X-RAY DIFFRACTION98.05
2.07-2.140.22971380.17372563X-RAY DIFFRACTION97.16
2.14-2.230.17921230.1662642X-RAY DIFFRACTION97.74
2.23-2.330.19511340.16822632X-RAY DIFFRACTION98.05
2.33-2.450.20891180.16422650X-RAY DIFFRACTION97.91
2.45-2.610.20511460.16092645X-RAY DIFFRACTION98.83
2.61-2.810.18271440.16462607X-RAY DIFFRACTION98.07
2.81-3.090.24041070.18052676X-RAY DIFFRACTION97.99
3.09-3.540.23261450.16362626X-RAY DIFFRACTION98.3
3.54-4.450.1661740.14912584X-RAY DIFFRACTION96.77
4.45-48.730.21271290.18482652X-RAY DIFFRACTION96.23
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.932590477011.0830629206-1.2598957396.5835516675-0.9902845654351.82098032609-0.05636531167470.3000093525660.222411498023-0.1953463939270.2093064686880.966759067878-0.141840983392-0.375856355021-0.1520801851580.2547208778560.022066883797-0.02243746123420.32321249057-0.01806615445360.39720539413310.241152977546.3579503186-3.76235679859
22.85902944193-0.0737647328802-0.4015949631335.15187619044-0.2375585123481.597413559520.0544076379294-0.2283300455070.1135986417060.288333513605-0.0687747424807-0.655340351381-0.1198591194470.268004833682-0.01657148341550.28577883041-0.0425497127861-0.02521180443410.3283510365210.02465907615570.27787851078838.774501666738.566446854.76292303717
34.675493206090.794431757658-0.8011426753026.17593609099-0.6740318643692.8682053411-0.01822278188280.132285828254-0.434019861967-0.373468184318-0.0833971181788-0.5044031833320.3908787728530.2062704304840.1210895924030.3462082801070.006887767716590.01172208455230.3002051605060.01957803315760.3470146682538.02372800523.4907883181-0.442863006981
42.38417933082-0.2626059075250.4542446851232.33209579618-0.1075203831732.834164064910.0200143448136-0.3491449741480.0009118869761820.1392825924290.01789413178290.021223602094-0.100084164587-0.111160934387-0.006185302519390.260271673568-0.03533657012610.0007011049213560.2304062789380.02303434795170.20501391133428.29093940836.31773339716.75319578695
53.28248512984-1.409115089032.492499033715.15614662557-0.4992825158222.0740068013-0.0292056987449-0.007120469057370.4250442840120.2057977209790.1054773346420.0476868390476-0.157015663834-0.183449028535-0.01692901007080.2625581588220.01835248063650.02168926229540.209561280452-0.02459761474990.1961479362123.535162366349.29049457721.85992135186
63.081654144280.245245934291.582536216811.90215411432-0.3733528774944.19303383978-0.05017896598550.2270031483730.5421616171640.150392693589-0.110382962982-0.346518900546-0.3994758090850.2740030830690.3802858151720.396873557988-0.0862346816664-0.02005017594640.2737009295210.04845217610210.40173038521336.861633419149.2281614361-2.70428900522
72.82052586321-0.7709927199290.7471992056331.91578310933-1.872899997814.384868254880.001340347533880.3481148765870.0639010350291-0.459889417398-0.0742207966464-0.0538470295769-0.04014032778720.0164947883590.09391155340310.407639919094-0.01185906462570.01280633251930.291557963665-0.03549407308780.23673457659325.934048724341.9729721142-13.870194326
86.136475640454.58220828665-1.115782687728.63342590721-1.560408905552.60805221688-0.0006118189238040.08809400096790.0977206844653-0.3611415741860.09066455564220.4396002098260.0558112107283-0.0374202321536-0.05589889913860.2643191923580.0205968633228-0.02394813337970.210803419819-0.02050489667270.17971231397918.143870224441.8803897319-6.65654939743
94.810505345520.9434214500090.15306861327.218744993860.2912423426254.83701423238-0.2830690231490.3513032882410.461740386657-1.271766328590.3571381312180.32860333294-0.13556697033-0.148726628204-0.07482810612050.401526173150.0168636452973-0.1071976119590.317764383350.0028681674450.26746642003713.550890422745.499698949-13.8068821958
103.175218458231.20158818642-0.7634251721632.83159160305-0.3076926483011.384673530530.00226829409362-0.214489825905-0.1651047441860.158088381292-0.00860036042219-0.184785468714-0.08801503832340.1399937756220.004155083478710.265757152390.00977671355196-0.002362168886240.30437467714-0.0005014537399130.21289963522346.846845696832.875488320927.7126805929
115.55372542291-0.610896008331-1.801815015562.626655839070.1324950044942.5919259697-0.349477352987-0.2858814286870.2495012200060.904814849335-0.135380981878-0.590849806225-0.2636246225330.1908709409730.4802937722180.6408716184240.055571837088-0.1311838271390.4326856371620.05868941695130.41523143845442.348062875229.265057635437.1090295411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 179 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 180 through 195 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 196 through 212 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 213 through 238 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 240 through 271 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 272 through 294 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 28 through 195 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 196 through 293 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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