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- PDB-6yro: Streptococcus suis SadP mutant - N285D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yro
タイトルStreptococcus suis SadP mutant - N285D
要素SadP
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Bacterial adhesion / glycoconjugates / Streptococcus suis / galabiose / adhesins
機能・相同性LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / translation initiation factor activity / membrane / SadP
機能・相同性情報
生物種Streptococcus suis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Papageorgiou, A.C. / Haataja, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The binding mechanism of the virulence factor Streptococcus suis adhesin P subtype to globotetraosylceramide is associated with systemic disease.
著者: Madar Johansson, M. / Belurier, E. / Papageorgiou, A.C. / Sundin, A.P. / Rahkila, J. / Kallonen, T. / Nilsson, U.J. / Maatsola, S. / Nyholm, T.K.M. / Kapyla, J. / Corander, J. / Leino, R. / ...著者: Madar Johansson, M. / Belurier, E. / Papageorgiou, A.C. / Sundin, A.P. / Rahkila, J. / Kallonen, T. / Nilsson, U.J. / Maatsola, S. / Nyholm, T.K.M. / Kapyla, J. / Corander, J. / Leino, R. / Finne, J. / Teneberg, S. / Haataja, S.
#1: ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: Rationally Designed Chemically Modified Glycodendrimer Inhibits Streptococcus suis Adhesin SadP at Picomolar Concentrations.
著者: Haataja, S. / Verma, P. / Fu, O. / Papageorgiou, A.C. / Poysti, S. / Pieters, R.J. / Nilsson, U.J. / Finne, J.
履歴
登録2020年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_a5 / _atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_a6 ..._atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_a5 / _atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_a6 / _atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_b5 / _atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_b6 / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: SadP
A: SadP
B: SadP
C: SadP
E: SadP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,48315
ポリマ－126,7705
非ポリマー71410
水16,322906
1
D: SadP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5383
ポリマ－25,3541
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: SadP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5614
ポリマ－25,3541
非ポリマー2073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: SadP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5383
ポリマ－25,3541
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: SadP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4693
ポリマ－25,3541
非ポリマー1152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: SadP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3772
ポリマ－25,3541
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.132, 80.799, 130.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.133, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
SadP


分子量: 25353.961 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 遺伝子: sadP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5DSS1
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 906 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 % / 解説: Thin rods
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.3-1.5 M sodium citrate tribasic, 0.1 M sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→66.3 Å / Num. obs: 71993 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28.47 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3213 / CC1/2: 0.591 / Rrim(I) all: 0.717 / % possible all: 69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHASER位相決定
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
Aimlessデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5bob

5bob


解像度: 2.05→45.68 Å / SU ML: 0.2381 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3596
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 1712 2.38 %RANDOM
Rwork0.1738 70223 --
obs0.175 71935 94.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→45.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8175 0 45 906 9126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.932411376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05331247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0231100
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.110.33861040.25494285X-RAY DIFFRACTION69.76
2.11-2.180.27511190.24244878X-RAY DIFFRACTION79.28
2.18-2.260.30251370.22715609X-RAY DIFFRACTION91.11
2.26-2.350.28241490.21126077X-RAY DIFFRACTION99.27
2.35-2.450.26761480.20816113X-RAY DIFFRACTION99.49
2.45-2.580.26831500.2026144X-RAY DIFFRACTION99.49
2.58-2.740.28551490.20376112X-RAY DIFFRACTION99.73
2.74-2.960.2311510.19496169X-RAY DIFFRACTION99.94
2.96-3.250.21341510.17146192X-RAY DIFFRACTION99.89
3.25-3.720.20021500.14666170X-RAY DIFFRACTION99.83
3.72-4.690.17421510.13036200X-RAY DIFFRACTION99.78
4.69-45.680.1811530.1616274X-RAY DIFFRACTION99.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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