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- PDB-6yqx: Crystal structure of DeNovoTIM13, a de novo designed TIM barrel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yqx
タイトルCrystal structure of DeNovoTIM13, a de novo designed TIM barrel
要素de novo designed TIM barrel DeNovoTIM13
キーワードDE NOVO PROTEIN / de novo protein design / epistasis / stability landscape / TIM barrel / (beta/alfa)8 barrel
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.638 Å
データ登録者Romero-Romero, S. / Kordes, S. / Shanmugaratnam, S. / Fernandez-Velasco, D.A. / Hocker, B.
資金援助 メキシコ, 2件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)254514 メキシコ
Programa de Apoyo a Proyectos de Investigacion e Innovacion Tecnologica (PAPIIT)IN220516 メキシコ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: The Stability Landscape of de novo TIM Barrels Explored by a Modular Design Approach.
著者: Romero-Romero, S. / Costas, M. / Silva Manzano, D.A. / Kordes, S. / Rojas-Ortega, E. / Tapia, C. / Guerra, Y. / Shanmugaratnam, S. / Rodriguez-Romero, A. / Baker, D. / Hocker, B. / Fernandez-Velasco, D.A.
履歴
登録2020年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: de novo designed TIM barrel DeNovoTIM13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2453
ポリマ－22,1181
非ポリマー1282
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.722, 51.722, 63.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 de novo designed TIM barrel DeNovoTIM13


分子量: 22117.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: M (N-terminal) and GLEHHHHHH (C-terminal) come from the expresion vector.
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.17 M sodium acetate, 0.085 M TRIS pH: 8.5, 25% w/v PEG 4000, 15% v/v Glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.638→44.793 Å / Num. obs: 23407 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.638→1.7 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2280 / CC1/2: 0.659 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.15_3459位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Rosetta backbone model

解像度: 1.638→44.793 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2014 1983 8.47 %
Rwork0.1714 --
obs0.1738 23405 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.67 Å2 / Biso mean: 39.2143 Å2 / Biso min: 16.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.638→44.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1441 0 7 131 1579
Biso mean--61.34 53.69 -
残基数----181
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6384-1.67940.32691460.2739148897
1.6794-1.72480.27171450.26481539100
1.7248-1.77560.27451400.23471553100
1.7756-1.83290.25681390.21971521100
1.8329-1.89840.25841460.2081525100
1.8984-1.97440.23861400.19771527100
1.9744-2.06420.22591460.1921554100
2.0642-2.17310.20511420.17451528100
2.1731-2.30920.18591440.1688151299
2.3092-2.48750.20451480.1768154499
2.4875-2.73780.21961430.17221540100
2.7378-3.13390.20511350.18191520100
3.1339-3.9480.21221360.1473154699
3.948-100.15411330.1528152599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.2974 Å / Origin y: 16.4939 Å / Origin z: -2.6164 Å
111213212223313233
T0.1724 Å2-0.037 Å20.0167 Å2-0.1631 Å20.0297 Å2--0.1804 Å2
L2.1456 °2-0.8906 °2-0.1374 °2-2.9797 °21.0604 °2--2.5679 °2
S0.0262 Å °-0.0605 Å °-0.2594 Å °0.1231 Å °-0.1149 Å °0.1501 Å °0.1907 Å °-0.1388 Å °0.0595 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 2:184)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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