PDB-6yqm: Human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yqm

タイトル

Human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) complexed with dGMP and refined to 1.02 A

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / Nucleotide binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.02 Å

データ登録者

Dolot, R.D. / Seda, A. / Nawrot, B.C.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Biochemical, crystallographic and biophysical characterization of histidine triad nucleotide-binding protein 2 with different ligands including a non-hydrolyzable analog of Ap4A.
著者: Dolot, R. / Krakowiak, A. / Kaczmarek, R. / Wlodarczyk, A. / Pichlak, M. / Nawrot, B.

履歴

登録	2020年4月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yqm.cif.gz	133.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yqm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yqm_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yqm_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6yqm_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	6yqm_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yi0C 6yprC 6ypxC 6yqdC 6yvpC 3tw2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o7k-d 5fmr-1 4pn7-d 3o1x-1 5cve-1 3gj5-2 2zmk-3 2zmk-4 3qgz-1 4zgl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

BBB: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.658, 46.434, 64.102
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.244, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1 分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 16 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.02→39.963 Å / Num. obs: 116020 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 5.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.02→1.04 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5440 / CC_1/2: 0.785 / R_pim(I) all: 0.422 / R_rim(I) all: 0.63 / Χ²: 1.06 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TW2

3tw2

解像度: 1.02→39.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 0.678 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.022 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1356	6128	5.282 %
R_work	0.1118	-	-
all	0.113	-	-
obs	-	116016	99.056 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.705 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.117 Å²	-0 Å²	-0.011 Å²
2-	-	-0.047 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.163 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.02→39.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1773	0	30	483	2286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.013	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.021	0.017	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.403	1.665	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.991	1.604	4871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.398	5	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.209	22.9	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.428	15	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.186	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.323	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.102	0.2	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.273	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.27	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.369	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.926	0.912	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.931	0.912	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.524	1.347	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.524	1.347	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.508	1.117	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.506	1.118	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.804	1.595	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.802	1.596	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.017	14.213	2892
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.016	14.214	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.289	3	4315

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.02-1.046	0.214	405	0.203	7723	0.204	8613	0.925	0.921	94.369	0.176
1.046-1.075	0.181	447	0.174	7786	0.174	8428	0.943	0.944	97.6863	0.146
1.075-1.106	0.174	438	0.144	7680	0.145	8188	0.949	0.96	99.1451	0.118
1.106-1.14	0.14	433	0.125	7460	0.126	7931	0.968	0.971	99.5209	0.102
1.14-1.178	0.133	399	0.118	7240	0.119	7665	0.973	0.974	99.6608	0.095
1.178-1.219	0.125	411	0.109	7012	0.11	7438	0.977	0.979	99.7983	0.088
1.219-1.265	0.118	370	0.101	6832	0.102	7207	0.981	0.982	99.9306	0.083
1.265-1.317	0.122	375	0.101	6531	0.102	6910	0.978	0.982	99.9421	0.082
1.317-1.375	0.119	341	0.097	6309	0.098	6655	0.98	0.982	99.9249	0.081
1.375-1.442	0.123	322	0.09	6020	0.092	6366	0.979	0.985	99.623	0.077
1.442-1.52	0.112	349	0.087	5705	0.088	6070	0.984	0.987	99.7364	0.076
1.52-1.612	0.123	290	0.086	5388	0.088	5693	0.981	0.987	99.7365	0.077
1.612-1.723	0.114	227	0.085	5156	0.086	5389	0.984	0.988	99.8887	0.078
1.723-1.861	0.104	274	0.085	4731	0.086	5020	0.988	0.99	99.7012	0.081
1.861-2.038	0.116	249	0.1	4332	0.101	4614	0.984	0.987	99.2848	0.101
2.038-2.278	0.123	221	0.103	3966	0.104	4202	0.983	0.984	99.643	0.106
2.278-2.629	0.138	212	0.104	3469	0.106	3712	0.979	0.984	99.1649	0.112
2.629-3.216	0.147	158	0.118	2927	0.12	3141	0.975	0.978	98.2171	0.134
3.216-4.534	0.129	133	0.114	2327	0.115	2476	0.981	0.983	99.3538	0.137
4.534-39.963	0.251	74	0.192	1294	0.194	1403	0.946	0.964	97.5053	0.246

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