PDB-6yqh: GH146 beta-L-arabinofuranosidase bound to covalent inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yqh

タイトル

GH146 beta-L-arabinofuranosidase bound to covalent inhibitor

要素

Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase

キーワード

HYDROLASE / arabinofuranosidse / glycosidase / GH146

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Cysteine Nucleophiles in Glycosidase Catalysis: Application of a Covalent beta-l-Arabinofuranosidase Inhibitor.
著者: McGregor, N.G.S. / Coines, J. / Borlandelli, V. / Amaki, S. / Artola, M. / Nin-Hill, A. / Linzel, D. / Yamada, C. / Arakawa, T. / Ishiwata, A. / Ito, Y. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. ...

履歴

登録	2020年4月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yqh.cif.gz	588 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yqh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yqh_validation.pdf.gz	875.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yqh_full_validation.pdf.gz	881.1 KB	表示
XML形式データ	6yqh_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	6yqh_validation.cif.gz	52.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bzlC 7difC 5opjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5opj-d 4l9q-2 3vs9-3 4an4-2 4po0-d 4or0-1 2hmk-d 1254 5l9w-1 7bus-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase

ヘテロ分子

92.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.418, 95.418, 189.068
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1389- HOH
2	1	AAA-1574- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase 分子量: 91462.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_0349 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8AAW3

#1: タンパク質

Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase

分子量: 91462.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_0349 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8AAW3

-
非ポリマー , 7種, 593分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PJ5 / (1~{S},2~{S},3~{S},4~{S})-4-(hydroxymethyl)cyclopentane-1,2,3-triol / 4α-(ヒドロキシメチル)シクロペンタン-1α,2α,3β-トリオ-ル分子量: 148.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10 mg/mL enzyme treated with 200 uM inhibitor at 37C for 16 hours and subsequently mixed 1:1 with 20% PEG3350, 0.2 M ammonium formate, 170 mM arabinose, 0.1 M pH 6.0 MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→95.42 Å / Num. obs: 167826 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.2 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 16.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 8140 / CC_1/2: 0.5 / R_rim(I) all: 3.073 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OPJ

5opj

解像度: 1.41→85.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 2.258 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.17	8404	5.013 %
R_work	0.1286	-	-
all	0.131	-	-
obs	-	167656	96.983 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.174 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.057 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.057 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.114 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→85.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6099	0	87	573	6759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	6459
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5754
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.877	1.646	8767
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.604	1.575	13336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.862	5	809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.863	21.989	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.82	15	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	18.239	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.822	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	837
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	7323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	5520
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	3099
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2821
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.333	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.253	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.614	1.953	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.614	1.954	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.964	2.947	3923
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.964	2.947	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.557	2.242	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.405	2.221	3296
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.994	3.248	4825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.996	3.249	4826
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.787	23.601	7281
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.734	23.208	7167
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.925	3	12213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.43	0.287	373	0.257	7117	X-RAY DIFFRACTION	59.261
1.432-1.471	0.262	622	0.236	11690	X-RAY DIFFRACTION	99.7974
1.471-1.514	0.255	604	0.205	11350	X-RAY DIFFRACTION	99.8747
1.514-1.56	0.216	579	0.173	11054	X-RAY DIFFRACTION	99.9141
1.56-1.611	0.209	518	0.148	10789	X-RAY DIFFRACTION	99.947
1.611-1.668	0.187	526	0.126	10413	X-RAY DIFFRACTION	99.9726
1.668-1.731	0.183	527	0.113	10029	X-RAY DIFFRACTION	99.9811
1.731-1.802	0.167	544	0.099	9662	X-RAY DIFFRACTION	99.9608
1.802-1.882	0.169	518	0.096	9228	X-RAY DIFFRACTION	100
1.882-1.974	0.157	456	0.095	8903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.974-2.08	0.151	472	0.101	8477	X-RAY DIFFRACTION	99.9888
2.08-2.207	0.142	434	0.097	8000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.207-2.359	0.144	400	0.095	7584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.359-2.548	0.152	347	0.099	7087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.548-2.791	0.157	341	0.114	6528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.791-3.12	0.167	344	0.13	5898	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.603	0.165	286	0.146	5264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.603-4.412	0.158	235	0.125	4512	X-RAY DIFFRACTION	100
4.412-6.238	0.156	173	0.148	3576	X-RAY DIFFRACTION	100
6.238-85.33	0.232	105	0.201	2091	X-RAY DIFFRACTION	99.9545

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